Для противодействия неприятелю в начале августа 1916 г. сводный отряд под командованием лейтенанта Дитерихса перебросили на остров Руно откуда 1 августа два российских самолета осуществили атаку немецкой авиационной станции на зере Ангерн. Сброшенными бомбами были подожжены здания и ангары.
Немцы, в свою очередь, 2 и 3 августа бомбили станцию на острове Руно и повредили три самолета.
Ответный удар состоялся в ночь на 4 августа - пятью машинами, на одной из которых полетел Нагурский. Были подожжены немецкие ангары. Это первый в истории отечественной морской авиации ночной налет группы самолетов. При возвращении летчики давали условный сигнал из ракетниц На эсминце "Гиляк" включали прожекторы и спускали на воду шлюпки. Эсминец "Поражающий" стоял в 8 милях от Мессарогоцена, чтобы обеспечить поиск экипажей в случае совершения ими вынужденной посадки вблизи курляндского берега.
Разведывательные и бомбардировочные полеты морских летчиков в районе немецкой станции Ангерн позволили выяснить систему противовоздушной обороны неприятеля. Благодаря этому самолеты "Илья Муромец" 2-го отряда Эскадры воздушных кораблей из Зегевольда совершили 22 августа успешный налет на германскую гидроавиастанцию - подожгли пристань, два ангара, повредили несколько самолетов.
В августе 1916 г. Нагурского перевели в состав 2-го воздушного района Службы связи, то есть на побережье Ботнического залива.Он временно исполнял обязанности начальника отряда Л- на острове Дегерэ. В сентябре 1916 г. Яна Иосифовича назначили начальником воздушного отряда в Цереле на острове Эзель.
В том же месяце Всероссийский императорский аэроклуб обратился к командованию флотом с просьбой предоставить более подробную информацию о полете Я.И. Нагурского на М-9, во время которого якобы впервые в мире была выполнена "мертвая петля" на гидросамолете. Однако архивные материалы не дают однозначного ответа, действительно ли произошло это событие.
8 октябре 1916 г. "за самоотважение, мужество, а также за отличные труды в обстановке военного времени- Нагурский был награжден орденом св.Станислава 2-й степени с мечами.
До конца 1916г. авиацией флота всего было совершено 1022 самолетовылета, сброшено около 200 бомб. Противник потерял шесть самолетов, наши - 3 машины. По состоянию на ноябрь 1916 г. в авиации Балтийского моря насчитывалось восемнадцать летающих лодок М-5, 53 М-9. 12 М-11.
В начале 1917 г. ввиду суровой зимы летчики с обеих сторон практически бездействовали.
Уже в 1916г. совершенно очевидной стала способность авиации (в том числе и морской) самостоятельно решать ряд оперативных задач. В связи с подписанным царем Николаем Вторым приказом за № 222 от 30 апреля 1916 г. о сформировании Российского императорского Военно-воздушного флота была проведена соответствующая организационная и структурная перестройка этого рода войск.
Слева направо: 1 - Еременко, 4 - Зайценский, 5 - Нагурский
В январе 1917 г. по приказу командующего флотом создали воздушную дивизию Балтийского моря, состоявшую из двух бригад по три дивизиона в каждой Бригады опирались на существующую инфраструктуру воздушных районов. Штаб дивизии располагался в Ревеле, там же находился и штаб 1-й бригады, а штаб 2-й бригады размещался в Або.
В среднем воздушную дивизию Балтийского моря укомплектовали на 40%, в том числе 1-ю бригаду, принявшую "на свои крылья" основную тяжесть боевой работы.
В декабре 1916 г. Нагурский возглавил 5-й воздушный дивизион 2-й бригады. Под его началом оказались отряды, базировавшиеся в Юнгфрузунде, Юрмо. Лапвике. Дивизион прикрывал подступы к передовой минно-артил-лерийской позиции. Главная боевая задача заключалась в поиске подводных лодок противника и эсминцев. Полеты на перехват были редкостью. Ян Иосифович не только руководил подчиненными, но и сам вылетал на разведку.
В феврале 1917 г. после отречения царя от престола произошли волнения матросов в Ревеле, Гельсингфорсе. Командующего Балтийским флотом адмирала Непенина убили. В Аренсбурге 5 марта заработал Совет депутатов воинских частей Моонзундской укрепленной позиции, три дня спустя - Або-Аландской. Несомненно, эти события оказали негативное влияние на состояние морской авиации.
С апреля акватория начала очищаться от льда. Боевые действия в воздухе возобновились и усиливались день ото дня - прежде всего в районе Моонзунда, который являлся "ключом" к Финскому заливу. Немцы количественно и качественно пополнили парк морских летательных аппаратов. Кроме того, они стали привлекать крупные соединения сухопутных самолетов (разведчиков, истребителей, бомбардировщиков, включая дальние - "Гота", "Райзены") для завоевания господства в воздухе. Над Моонзундом развернулись ожесточенные воздушные сражения.
Ян Иосифович Нагурский в этих боевых действиях участия уже не принимал. По приказу начальника Береговой обороны Ботнического залива генерал-майора флота Мазурова в марте 1917 г. его освободили от занимаемой должности и направили в штаб Воздушной дивизии Балтийского моря "…для принятия надлежащих мер". Вскоре Нагурского отчислили в резерв чинов.
Это событие вызвало большое недоумение среди офицеров морской авиации и командования флота. "Дело" Нагурского оказалось настолько засекреченным, что даже в Главном морском штабе, ведающем боевой подготовкой и кадровыми вопросами, не знали причины отчисления и за разъяснениями обратились в Морской Генеральный штаб. Причина крылась в том, что на Нагурского "вышла" агентура немецкой разведки, резко активизировавшая свою деятельность на территории Финляндии. И хотя явных улик сотрудничества с врагом не имелось, на всякий случай заслуженного авиатора отстранили от боевой работы.