Русская авиация 18 апреля провела поиск германских кораблей. Нагурский на "Морисе Фармане-11" пытался бомбить крейсер "Тетис" - ни одна бомба не попала в цель, зато выстрелом из орудия главного калибра был поврежден мотор самолета. Нагурский опустился на воду, сумел исправить повреждения и вернулся на станцию.
Русским войскам пришлось покинуть Либаву 25 апреля 1914 г. В руки противника попали богатые трофеи. Особое восхищение у немецкого командования вызвали прекрасные железобетонные ангары, которые немедленно стали использоваться для базирования германских самолетов.
Нагурский принимал участие практически во всех пер-зых боевых действиях авиации Балтийского флота и 29 иая 1915 г. ему "за отличия в службе" присвоили чин штабс-капитана. Однако в зтом сухопутном звании он пробыл недолго. В июле Яна Иосифовича зачислили в действующий состав флота (до этого он считался прикомандированным) и перевели в лейтенанты. В те годы в российском флоте следующим званием после -старшего лейтенанта" был "капитан 2-го ранга". В известном смысле перевод на флот явился для Нагурского понижением в воинском звании.
Первый в истории отечественной морской авиации воздушный бой произошел на Балтике 20 июля 1915 г. Лейтенант Лишин с наблюдателем авиационным унтер-офицером Смолиным на летающей лодке ФБА поднялись на перехват двух немецких самолетов, пытавшихся атаковать миноносец "Московитянин" и подводную лодку "Аллигатор". Открыв огонь из маузера и карабина, авиаторы заставили немцев отойти к Либаве. Один неприятельский самолет, видимо подбитый, сел на воду в районе маяка Михайловского.
В тот же день над Церелем появился немецкий дирижабль. Пять русских самолетов, из которых пулемет был лишь на "фармане" (его пилотировал Я. И. Нагурский), вылетели на перехват. Сбить дирижабль не удалось - он развернулся и ушел к Виндаве. Но этот случай наглядно показал необходимость установки пулеметов на всех самолетах морской авиации.
Попытки немецкого флота прорваться в Рижский залив потребовали усиления боевой работы с российской стороны. С июля 1915 г. русские летчики (в том числе и Нагурский), не ограничиваясь проведением разведок вблизи Моонзунда, стали совершать полеты к Виндаве. уже захваченной немцами, и далее к Либаве - для разведки и бомбардировки германского флота. Ян Иосифович успешно освоил новые для него типы боевых машин: летающие лодки ФБА, а затем, уже в 1916 г. - М-9, М-11, М-15.
За июль-август 1915 г. русские летчики сделали 52 боевых самолетовылетов. Такая активность вызвана изменением оперативной обстановки; в июле войска неприятеля заняли Виндаву, а 7 августа вышли к Риге. Немцы организовали ежедневные разведывательные полеты над Церелем, Аренсбургом, акваторией Рижского залива, систематически бомбили российские корабли, батареи и порты. Кроме Либавы и Виндавы по приказу германского командования была развернута авиационная станция на озере Ангерн.
Имя Я И.Нагурского часто упоминается в боевых донесениях 1915-1916 гг. Как и многих летчиков, Яна Иосифовича неоднократно "перебрасывали" с одной станции на другую. Нагурский принимал участие во многих разведывательных полетах, а также в бомбежках немецких кораблей, пытавшихся тралить Ирбенский пролив. Его удостоили двумя орденами: св.Анны 4-й степени с надписью "за храбрость" (19 сентября 1915 г.) и св.Владимира 4-й степени с мечом и бантом с надписью "за отличия в делах против неприятеля" (1 ноября 1915 г.).
Отмечу кстати, что всего за 1915 г. немцы потеряли три дирижабля, пять самолетов, и три экипажа были взяты в плен.
На Балтике в 1916г. приступили к созданию Передовой позиции - минных полей от Тахконы (о.Даго) до острова Эре (Аландские о-ва), прикрытых на флангах батареями. Благодаря этому сеть авиационных станций к концу года существенно расширилась.
В марте того же года решено было организовать станции на островах Дегерэ, Эккерэ, Юнгфрузунд, в Лапвике и Або. которые образовали 2-й воздушный район Службы связи Балтийского моря. В 1-й воздушный район включались станции южного побережья Финского залива и Моонзунда - Кильконд, Церель, Ревель, Гогенгольм, Арен-сбург. В июле 1916 г. была открыта временная авиационная станция в Рижском заливе на острове Руно.
Отряды базировавшиеся на станции 2-го воздушного района, в основном занимались противолодочной и противовоздушной обороной Ботнического залива, разведкой акваторий на подступах к передовой позиции и к побережью Швеции.
Отряды 1-го воздушного района осуществляли прикрытие с воздуха баз и сил флота, решали задачи противолодочной обороны а также поражения наземных укреплений противника бомбометания, разведки противника на следующих оперативных направлениях: Моонзунд - Швеция, Моонзунд - Либава, Ирбенский пролив, рижский залив.
В феврале 1916 г. Нагурского перевели на авиатранспорт "Орлица" где с 15 марта по 17 мая 1916 г. он исполнял обязанности начальника гидроавиационного отряда.
20 апреля 1916 г. немцы впервые использовали свою авиацию для интенсивного противодействия нашим самолетам. В этот день летчик Горковенко, проводивший разведку, был атакован двумя самолетами противника преследовавшими его до Цереля. Стремясь завоевать господство в воздухе, немцы предприняли РЯД налетов 20, 27. 29 июля 1916 г. бомбардировкам подверглись авиационные станции в Кильконде, Церели. Аренсбурге, на которые в общей сложности было сброшено 247 бомо. Налет вражеской авиации на Кильконд 31 июля 1916 г. сорвали вылетевшие на перехват русские летчики среди которых был и экипаж Нагурского.