На исходе 23 июня С-7 заряжала аккумуляторы в районе Овизи, пользуясь сумерками. На расстоянии 7-8 кабельтов показались два торпедных катера, которые дали правильные опознавательные (вероятно они были захвачены на одном из постов СНИС; выдвигавшееся предположение, что документы захвачены на борту подлодки С-3, не соответствует действительности,^ к. эта субмарина погибла 25 июня). Лисин не погружался, так как хотел передать на катера больного краснофлотца. Сблизившись до двух кабельтов катера дали торпедный залп, практически в упор. Только услышанный хлопок торпедных аппаратов да реакция командира позволили срочно погрузиться, уклонившись от торпед. Они прошли в 1-2 метрах от левого борта. Катера сбросили 4 глубинные бомбы. В седьмом отсеке возник пожар, но его быстро потушили. Отлежавшись на грунте до 5 часов утра лодка с трудом всплыла. Ее легкий корпус немцы довольно серьезно продырявили из зенитных пулеметов, к счастью их калибр не мог повредить прочного корпуса. Поднявшись на поверхность, С-7 прибыла в Виндаву, откуда 25 июня перешла в Усть-Двинск. После небольшого ремонта 27 июня С-7 вышла на позицию к Либаве, где и находилась до 20 июля. Несколько раз обнаруживала корабли противника, но атаковать их не удалось. 22 июля субмарина вернулась в базу.
Во второй половине августа три подводные лодки, в том числе С-7, перешли в Ленинград и встали у стенки Балтийского завода. Их начали готовить к переходу на Северный флот через Беломоро-Балтийский канал (часть кораблей уже успела уйти таким путем). Однако канал оказался перерезан немцами до завершения подготовки. Тогда у командования 1й бригады родилась идея – все-таки отправить несколько лодок на Север, но поскольку внутренний водный путь заблокирован – прорываться через Датские проливы, далее в Англию, а оттуда на Север.
Подводники прекрасно понимали, что шансов на успешный прорыв практически нет – мелководные проливы, контролируемые немцами, идеальное место для противолодочных операций, причем в некоторых местах с глубинами 8-9 метров пришлось бы идти только надводным ходом в течение нескольких часов. К счастью, в середине сентября переход отменили. Позднее С-7 долго дежурила у Лавен- саари, ожидая прорыва в Балтику немецких крупных кораблей , которого так и не произошло.
27 октября С-7 вышла из Кронштадта в Нарвский залив. Она имела две задачи – уничтожение вражеских кораблей и судов и артиллерийский обстрел целей на берегу- железнодорожных станций Вайвара и Иеве, сланцевого завода в Асери и города Нарва. Боезапас приняли усиленный, набив снарядными ящиками первый и седьмой отсеки.
В ходе крейсерства до 15 ноября было произведено 6 обстрелов берега. Можно смело сказать, что С-7 стала самой артиллерийской субмариной советского флота. За это время выпущено 406 (!) снарядов (224-х 100 мм и 182- х 45 мм). Результаты стрельб остались неизвестными, только 6 ноября в Нарве что-то очень сильно взорвалось. 16 ноября С-7 вернулась на базу.
Зимой 1941/1942 года на лодке проводились ремонтные работы, тем более что она 16 декабря получила повреждения от близкого разрыва трех снарядов.
К весне 1942 года субмарины КБФ начали готовиться к прорыву в Балтику сквозь мощную противолодочную позицию в Финском заливе. К этому времени С-7 входила в состав 1-го дивизиона бригады подлодок КБФ.
В соответствии с директивой Военного Совета КБФ от 28 мая 1942 года за номером оп/497сс вместе с десятью другими лодками С-7 получила назначение в состав первого эшелона подводных лодок, прорывающихся в открытое море. Прорыв в Балтику планировался в 1942 году в 3 этапа. Первый – лодка проходила размагничивание и осуществляла прорыв из Ленинграда в Кронштадт. Это был действительно прорыв по мелководному Морскому каналу в надводном положении под артиллерийским огнем, без возможности маневра. Второй – по прибытии в Кронштадт лодка догружалась до необходимого уровня боеприпасами, топливом, продовольствием (раньше нельзя было взять полный запас, т.к. осадка корабля в этом случае не позволила бы пройти по Морскому каналу) и снова проходила размагничивание, что сильно снижало вероятность подрыва на магнитной мине, если у взрывателя не было акустического канала и если лодка прошла над миной более чем в 15 метрах. После выполнения всех действий лодка выходила под эскортом надводных кораблей до острова Лавенсаари, причем в районе Шепелевского маяка предписывалось погрузиться и далее идти в подводном положении. Третий – прорыв с Лавенсаари через Финский залив в Балтику. Охранение выделялось "по способности".
Пробившись из Ленинграда в Кронштадт С-7 догружалась и размагничивалась там в течение 11 суток. Лодка вышла оттуда в поход 2 июля, а 5 числа отошла от Лавенсаари к своей позиции в район Норчепингской бухты. О прорыве в Балтику лодка должна была сообщить особой радиограммой.
9 июля к западу от о. Арке лодку атаковал шведский самолет. В туманной дымке самолет заметили очень поздно, он зашел с бреющего полета, но сброшенные бомбы особого вреда не принесли. В тот же день в 16.17 командир обнаружил отставший от конвоя шведский пароход "Noreg" и атаковал его двумя торпедами, но "швед" увернулся. Через некоторое время появился еще один конвой- 8 судов в охранении 4 боевых кораблей, но в атаку выйти не удалось. Все же к вечеру заметили одиночный транспорт. Первая атака в 18.26 не удалась, зажало хвостовой стопор торпеды. Лисин всплыл, догнал цель и в 19.58 торпедировал шведский транспорт "Margareta" в 20 милях к востоку от острова Эланд.
