Крыло самолета имело кессонную конструкцию и состояло из центроплана, изготовленного заодно с лодкой, и консолей. На крыле имелись щелевые закрылки и элероны также щелевого типа. В крыле размещались 22 мягких топливных бака емкостью 10 200 л.
Управление самолетом было смешанным, дублированным. К проводке с помощью тросов подключались рулевые машинки автопилота АП-5.
Противообледенительное устройство состояло из воздушно-теплового (для обогрева носков крыла и оперения источником тепла служили 4 бен-зообогревателя), жидкостного (лопасти винтов, переднее стекло кабины
штурмана омывались спиртом). Имелся также электрообогрев и электромеханические очистители на передних стеклах фонаря летчиков.
Радиооборудование типовое для того периода: радиостанция дальней связи, командная, автоматический радиокомпас АРК-5, радиовысотомер малых высот и др.
Комплект морского оборудования включал донный якорь с лебедкой, плавучие якоря, багры, концы, мегафон, пластыри, флажки. Имелось также аварийно-спасательное снаряжение: две авиационные спасательные лодки ЛАС-5М, два контейнера с аварийным продовольственным запасом, бачки с пресной водой, аварийная радиостанция АВРА-45.
Экипаж самолета был довольно большим и состоял из восьми человек: двух летчиков, штурмана, оператора РЛС, борттехника, радиста и двух стрелков.
В зависимости от варианта применения на Бе-6 можно было подвесить (под крыло и центроплан) до 16 бомб калибром 100 кг, 7 ФАБ-250, 2 торпеды (практически никогда не применялись), восемь мин типа АМД-500. Для прицеливания при бомбометании использовался ночной коллиматорный прицел НКПБ-7, а оптический синхронный прицел ОПБ-6СР на многих самолетах не устанавливался. Самолетная радиолокационная станция называлась «прибор слепого бомбометания и навигации» (ПСБН-М).
Стрелковое вооружение состояло из пяти пушек НР-23 (одна в носу и по две в составе турельной и кормовой установок).
Бе-6. В хвостовой части фюзеляжа видна штанга, в которой размещен магниточувствительный блок магнитрона
При нормальном полетном весе (23 450 кг) самолет мог выполнять виражи с креном до 60°, продолжать горизонтальный полет в случае отказа одного из двигателей (при условии, что винт последнего установлен во флюгерное положение).
Максимальная скорость полета самолета у воды составляла 377 км/ ч, крейсерская (соответствуящая максимальной дальности полета) - 260-280 км/ч, техническая дальность полета (до полного израсходования запасов топлива) при начальном полетном весе 29 000 кг - 5 000 км, продолжительность полета - 16 ч.
Гидросамолеты, к которым относятся и летающие лодки, оцениваются еще и по их мореходным качествам, и в первую очередь по способности производить взлет и посадку на водную поверхность при определенных граничных условиях. Бе-6, как показали результаты испытаний, мог производить взлет и посадку при высоте волны до 0,8-1,0 м, что считалось неплохим показателем. В основном это объясняется относительно небольшой посадочной скоростью самолета (150 км/ч) и удачной конструкцией обводов лодки.
В период между полетами все Бе-6 размещались на бетонированных стоянках, соединенных рулежными дорожками с бетонированными гид-роспусками. Спуск самолета на воду и подъем его после полетов производится с использованием перекатных шасси, крепившихся к специальным узлам на корпусе лодки, и хвостовой тележки.
Первый Бе-6 поступил в ВВС Северного флота в июне 1951 г. Это был опытный экземпляр, переданный из института Na 15 ВВС ВМФ, располагавшегося в тот период в Риге.
26 июня следующего года из этой же организации поступил второй самолет. Его перегнал заместитель командира эскадрильи майор Лившиц. Оба самолета разместили в Сафонове. На этих двух самолетах и было осуществлено переучивание летного состава. В числе первых летчиков переучились старший инструктор ВВС СФ майор Галдин, заместитель командира полка по летной подготовке майор А. Т. Козлов.
Через год с завода № 86 МАП из Таганрога пригнали еще 8 самолетов. Один из первых привел летчик капитан Л. И. Анифер со своим экипажем. В 1969 г. он на этом же самолете выполнил последний полет после выработки ресурса, а затем его установили на пьедестале в бухте Грязная. На Черном море такой памятник есть на озере Донузлав.
Летный и инженерно-технический состав ВВС двух западных флотов к исходу 1953 г. в основном завершил переучивание, а в июле-сентябре 1954 г. экипажи 977 одрап ВВС ЧФ перегнали на ТОФ 18 Бе-6, используя для промежуточных посадок озера и реки.
Следует отметить, что экипажи, летавшие на самолетах «Каталина», переучивались на Бе-6 без особого энтузиазма - слишком различна была техническая культура исполнения самолетов и комфорт.
Таким был самолет, на котором предполагалось разместить радиогидроакустическую систему «Баку» и магнитометр АМП-56, причем последняя аппаратура поступила раньше - в 1954-1955 гг. Это объяснялось тем, что заказать СПАРУ-55 на Московском радиозаводе оказалось не совсем просто из-за перегруженности его заказами.
Для того, чтобы установить магни-точувствительный блок магнитометра, пришлось демонтировать кормовую пушечную установку Ил-К6-53Бе.