Сегодня 689-й ГвИАП представляет собой основу авиационной компоненты ПВО Балтийского флота и Калининградского особого оборонительного района в целом. Полк является единственным сухопутным полком в системе ВВС и ПВО ВМФ России, вооруженным истребителями типа Су-27. Командиром полка с 2003 г. является полковник Владимир Талабирчук.
125-я отдельная вертолетная эскадрилья
20 декабря 1976 г. является датой создания 288-го отдельного вертолетного полка, сформированного в г. Владимир (Московский военный округ). В 1977 г. личным составом полка были освоены различные варианты вертолета Ми-24. В 1978 г. полк перебазировался на аэродром «Нивенское» (Калининградская обл.), войдя в состав Сухопутных войск Краснознаменного Прибалтийского военного округа. С 1980 по 1989 гг. личный состав полка принимал участие в боевых действиях в Афганистане, где потери полка составили 18 человек, при этом четырем офицерам 288-го ОВП было присвоено звание Героя Советского Союза. В 1986 г. личный состав части участвовал в ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС. По данным иностранной печати, в 1990 г. в полку насчитывалось 48 вертолетов Ми-24 и 20 вертолетов Ми-8 различных модификаций.
В 1997 г. 288-й ОВП был передан из состава ликвидировавшейся 11-й гвардейской армии в состав морской авиации Балтийского флота и в 2002 г. преобразован в 125-ю отдельную вертолетную эскадрилью, которая в том же году была перебазирована на аэродром «Чкаловск». В настоящее время на вооружении эскадрильи находятся вертолеты Ми-24ВП и Ми-8.
125-я ОВЭ выполняет задачи в интересах обеспечения флота и приданных ему сухопутных частей, в т.ч. функции огневой поддержки, а также частично задачи ПВО Калининградского особого оборонительного района. Эскадрилья является единственной частью в составе ВВС и ПВО ВМФ России, вооруженной вертолетами типа Ми-24.
396-я отдельная корабельная противолодочная вертолетная эскадрилья
История противолодочной вертолетной эскадрильи берет свое начало 30 июля 1955 г., когда на Балтийском флоте была сформирована 509-я отдельная авиационная эскадрилья вертолетов. В течение последующих нескольких лет эта часть не раз меняла наименование, то становясь полком, то снова сокращаясь до отдельной эскадрильи. 4 октября 1961 г. эскадрилья была преобразована в 745-й отдельный противолодочный вертолетный полк и с этим наименованием вошла в историю противолодочной авиации Балтийского флота. Часть постоянно базируется на аэродроме «Донское», с начала 60-х годов «единолично» эксплуатирующемся только этим полком.
Транспортно-боевой вертолет Ка-29, вооруженный блоками неуправляемых ракет С-8 и универсальными вертолетными гондолами
Поисково-спасательный вертолет Ка-27ПС из состава 396-го ОВПЛЭ используется для решения широкого круга задач в интересах авиации Балтийского флота
При формировании часть получила вертолеты Ми-4М, которые служили до 1975 г. В 1961 г. на вооружение полка поступили также вертолеты Ка-15, а задачи перевозки тяжелых грузов выполняли Ми-6. В 1970 г. парк полка пополнился вертолетами Ми-8, а через год к боевой службе приступили корабельные вертолеты Ка-25. С 1975 по 1994 гг. на вооружении 745-го ОПЛВП состояли также вертолеты-амфибии Ми-14. Примечательно, что на базе полка на этот тип вертолетов с 1979 по 1984 гг. готовились военные летчики Польши, ГДР, Болгарии и Югославии.
В 1986 г. на вооружение части пришли корабельные противолодочные и поисково-спасательные вертолеты Ка-27 и Ка-27ПС, а в 90-х гг. поступили первые транспортно-боевые Ка-29. Однако вскоре полк был переформирован в 396-ю ОКПЛВЭ, и на ее вооружении остались только Ка-27 и Ка-29. По данным иностранной печати, всего в часть поступило 12 вертолетов типа Ка-27 и несколько Ка-29.
В настоящее время основное назначение эскадрильи, как и прежде, заключается в поиске подводных лодок, осуществлении поисково-спасательных операций на море, а также в обеспечении и огневой поддержке высадки морского десанта. Вертолеты и экипажи эскадрильи выполняют задачи боевой службы на эсминцах «Настойчивый» (флагман Балтийского флота) и «Беспокойный», СКР «Неустрашимый». С 1996 года 396-я ОКПЛВЭ регулярно принимает участие в ежегодных международных учениях серии BALTOPS.
398-я Таллиннская Краснознаменная ордена Ушакова и ордена Нахимова отдельная транспортная авиационная эскадрилья
10 июля 1944 г. на аэродроме «Горы Валдай» под Ленинградом была сформирована 1-я смешанная авиационная эскадрилья ВВС БФ, главной задачей которой являлось обеспечение наступающих советских войск, включая доставку боеприпасов, продовольствия и других грузов, в т.ч. в интересах частей, базирующихся на островных аэродромах, решение задач связи, а также доставка раненых и больных в тыл. 1-я САЭ получила на вооружение 20 самолетов различных типов: C-47, Ил-4, Ли-2, УТ-2, По-2 и др. По окончании Великой Отечественной войны часть не раз переформировывалась. В течение 40 лет (с 1956 по 1995 гг.) она носила наименование «263-й отдельный транспортный авиационный полк». Основными типами самолетов, эксплуатируемыми в полку в послевоенные годы, были Ли-2, Ил-14, Ан-2, Ан-12, Ан-24 и Ан-26. Многие самолеты полка имели на борту специализированное оборудование для выполнения разнообразных задач – радиотехнической разведки, отработки элементов ПВО и ПРО кораблей флота и т.д. С 1946 г. часть базировалась на аэродроме «Девау» в городской черте Калининграда. В 1971 г. 263-й ОТАП перебазировался на аэродром «Храброво». Почетное наименование и ордена 51-го минно-торпедного полка, прославившего себя в годы войны в боях над Балтикой, часть получила при переформировании в 316-й ОСАП в 1996 г. Свой сегодняшний статус 398-й ОТАЭ часть приобрела в 1998 г. С тех пор на ее вооружении остаются самолеты Ан-26.