Вообще, необходимость разработки по сути нового корабля под очередную модификацию оружия стала бичом отечественного кораблестроения. Одним из немногих исключений являлись атомоходы пр. 675, постепенно перевооружавшиеся с П-5 на «Базальт», а затем и на «Вулкан», да и носители баллистических ракет первого поколения пр. 629 и 658 с самоубийственным надводным стартом, логично переоснащенные с комплекса Д-2 на Д-4 с обеспечением пуска ракет из-под воды. При создании новой ракеты не обеспечивалась даже преемственность по габаритам, что практически приравнивало модернизационный ремонт по стоимости и срокам к постройке нового корабля. Напротив, в США для большинства стратегических подводных лодок постройки середины 1960-х гг. обеспечивалась возможность последовательного перевооружения с «Полариса» на «Посейдон», а затем и на «Трайдент-1» с поддержанием высокой боевой эффективности вплоть до вывода из строя в конце XX века.
Специально под комплекс «Малахит» в соответствии с постановлением от 29 мая 1964 г. проектировалась атомная подводная лодка пр. 686 водоизмещением 3500 т с вооружением из 16 крылатых ракет. Скорость должна была составить 31-33 узла, глубина погружения - 400 м. Эскизный проект лодки пр. 686 в развитие пр. 705А был разработан в СКБ-143 под руководством А.К. Назарова. За счет использования достижений, реализованных в комплексно автоматизированной лодке пр. 705 с атомной паропроизводящей установкой на жидкометаллическом теплоносителе, нормальное водоизмещение пр. 686 предусматривалось ограничить величиной 4085 т, а в случае использования вместо титановых сплавов стали - 5160 т. Помимо размещенных по бортам ракет, лодку предполагалось оснастить шестью торпедными аппаратами с 12 запасными торпедами. Скорость лодки с экипажем 24 человека должна была составить около 30 узлов. Кораблестроительной программой на 1964-1973 гг. предусматривалась постройка трех лодок пр. 686, но последующие этапы проектирования предполагалось выполнить после завершения постройки головной лодки пр. 705. Работы затянулись, требования к оружию и кораблям изменились. Вместо атомоходов пр. 686 началось строительство кораблей пр. 949 с комплексом «Гранит».
В целом, с созданием ракеты «Малахит» пришла к завершению линия развития, начатая разработкой «Аметиста». Флоту требовалась ракета подводного старта, по дальности и скорости не уступающая «Базальту», а добиться столь высоких показателей с применением твердотопливных двигателей было невозможно. Завершив виток спирали развития, ракетная техника возвращалась на исходные позиции использования высокоэкономичных турбореактивных двигателей и дальнейшего задействования систем загоризонтного целеуказания.
Необходимость создания противокорабельной ракеты подводного старта, по дальности не уступающей ракете комплекса «Базальт», определилась еще в середине 1960-х гг. После отстранения Н.С. Хрущева с высших партийно-государственных постов в ходе ревизии тематики работ В.Н. Челомею была поставлена задача обеспечения подводного старта для ракет комплекса П-500 «Базальт», уже находившихся на достаточно продвинутой стадии разработки. Однако этот комплекс предназначался для оснащения надводных кораблей, а также для перевооружения подводных лодок семейства пр. 675, пусковые установки которых не допускали подъема контейнеров для пуска ракет при движении атомохода подводой. Переоборудование лодок под пусковые установки, зафиксированные в наклонном положении для подводного пуска ракет (например, по типу реализованных для комплекса «Аметист»), потребовало бы радикального изменения общей архитектуры корабля, а стоимость и длительность модернизационного ремонта сравнялась бы с новым строительством. Да и компоновка ракеты «Базальт» с подфюзеляжным расположением воздухозаборника не отвечала условиям подводного старта.
Используя эти обстоятельства, В.Н. Челомей сумел «разрулить» ситуацию. Работы по «Базальту» продолжились применительно к ракете надводного старта, а новый комплекс П-500П с ракетой подводного старта на дальность 400-600 км со скоростью полета 3200-3600 км/ч предусматривалось создать в более поздние сроки для вооружения перспективных подводных лодок пр. 688.
Первоначально предусматривалось вписать новую ракету в габариты пусковой установки комплекса «Малахит», что открывало перспективу перевооружения этим комплексом лодок пр. 670М либо оснащения им очередной модификации лодок сормовской постройки. Но этим планам помешали, с одной стороны, свойство практически всех летательных аппаратов «грузнеть» в процессе разработки, а с другой - выявившаяся неперспективность лодок семейства пр. 670 как носителей противоавианосного ракетного комплекса. С конца 1960-х гг. в США началась разработка нового авиационно-ракетного комплекса на базе истребителя F-14 и ракеты «Феникс». Истребитель F-14 оснащался РЛС, способной обеспечить одновременный обстрел до шести воздушных целей (в том числе и в нижней полусфере, на фоне водной поверхности), а дальность ракет класса «воздух- воздух» составила более 140 км.