Первый YB-49 сразу перелетел из Хоуторна в Мюрок 21 октября 1947 г. Его поднял в воздух тот же экипаж, что и на ХВ-35. Реактивное «летающее крыло» внушало всем большие надежды. Восемь ТРД J35-A-11 (так стал называться серийный TG-180) с тягой 1814 кг должны были обеспечить YB-49 характеристики, превышающие данные остальных реактивных бомбардировщиков США на то время. При взлетном весе почти в 97 тонн YB-49 брал 40 тонн керосина и при крейсерской скорости 650 км/ч (максимальная скорость ожидалась выше 800 км/ч) мог доставить 13, 5 тонн бомб на дальность 8700 км.
К сожалению, не обошлось без катастрофы. 5 июня 1948 г. самолет YB-49 выполнял полет по определению ограничений скорости при пикировании. Неожиданно потеряв управление, машина рухнула на землю, похоронив под обломками весь экипаж из пяти человек во главе с летчиком-испытателем ВВС Гленом Эдвардсом. В память о погибшем пилоте базу Мюрок переименовали в базу Эдварде.
Трагические события не повлияли на ход дальнейших испытаний, которые закончили на втором YB-49. Обстановка в послевоенном мире оставалась напряженной, началась эпоха «холодной войны», в которой гонка вооружений стала основной козырной картой. Главным средством доставки атомных бомб пока оставались самолеты, и в начале 1948 г. Стратегическое командование ВВС США заказывает Норт-ропу 30 первых серийных «крыльев» В-49, а общее число основного заказа обсуждается в размере от 100 до 500 машин. К выпуску В-49 собираются привлечь заводы фирмы «Конвэр», чей шестимоторный В-36 также должен был поступить на вооружение вместе с «летающими крыльями».
Внезапно в январе 1949 г. руководство ВВС США отказывается от программы строительства В-49, а все деньги передает фирме «Конвэр» для выпуска дополнительного количества В-36. Трудно сказать, что послужило причиной такого решения: некомпетентность авиационных специалистов ВВС, боязнь принятия на вооружение необычной схемы или активное лоббирование фирмы «Конвэр» в верхних эшелонах власти. Во всяком случае, руководство компании стремилось доказать американским налогоплательщикам, что отказ от серийного выпуска В-49 в пользу В-36 является единственно правильным решением. Чиновники «Конвэра» разослали во все центральные газеты США официальную телеграмму на пяти страницах, где подробно доказывали преимущества своего самолета перед «летающим крылом» Нортропа. Но почему-то в сравнительных таблицах фигурировали характеристики поршневого ХВ-35, а не реактивного YB-49. Теперь уже не установить, случайный или намеренной оказалась ошибка. Да и спор уже ни на что не влиял - военные от своего решения не отказались.
Джон Нортроп на неудачу отреагировал по-бойцовски. Конструктор не собирался сдаваться и предложил ВВС разведывательный вариант «крыла» - YRB-9A. К тому времени со стапелей в Хоуторне сошло 15 фюзеляжей гигантских самолетов. Один летал как ХВ-35, два выпустили в варианте YB-49 (один разбился) и оставалось без двигателей еще 12 невостребованных машин. Нотроп добился небольшого заказа не переоборудование десяти из них в стратегический разведчик. Но и эту программу военные после недолгих раздумий закрыли, и лишь один YBR-49A сумел подняться в воздух.
Этот единственный YRB-49A впервые оторвал от взлетной полосы 4 мая 1950 г. экипаж в составе: Фред Бретчер (командир), Дэйл Джонсон (второй пилот), Фред Шредер (бортинженер). Разведчик имели шесть ТРД Аллисон J35-A-21 (тяга 2540 кг), причем схема их размещения отличалась от YB-49A. По паре двигателей стояло на старом месте у задней кромки крыла, а еще два ТРД на пилонах размещались снизу несущей плоскости. Это сделали с одной целью - освободить объем в крыле для многочисленного оборудования, радаров и топливных баков. Бомбы разведчику не нужны, поэтому почти вся полезная нагрузка приходилась на керосин, и дальность YRB-49A по расчетам составляла почти 15000 км, а максимальная скорость более 800 км/ч. Правда, проверить эти цифры в реальном полете так и не удалось.
Еще до вылетов разведывательного варианта на дальних маршрутах испытали YB-49. В феврале 1949 г. бомбардировщик пролетел с базы Эндрюс до Вашингтона расстояние в 3635 км, показав максимальную скорость 823 км/ч. Таким образом, «сорок девятый», от которого официально отказались ВВС, наглядно продемонстрировал свое преимущество в скорости - почти на 160 км/ч - перед принятым на вооружение В-36. Позднее YB-49 совершил еще один перелет с грузом болванок, имитирующим полную бомбовую нагрузку, на расстояние 5600 км со средней скоростью 615 км/ч. Но руководство ВВС США не обращало внимания на перелеты «летающих крыльев», ведь основным «стратегом» считали В-36.
Восемь двигателей Аллисон J35 размещались по четыре с каждой стороны. Лучшую путевую устойчивость самолету придавали кили
Проигрыш Нортпора означал не только окончание летной жизни YB-49 и YRB-49A, но практически закрывал все работы по «летающим крыльям». Однако история все расставила по своим местам. Суперсекретный бомбардировщик В-2 впервые поднялся в воздух 17 июля 1989 г. и лишь через несколько лет был показан широкой публике. В этом самолете, выполненном по технологии «стеле», без труда угадываются фамильные черты «летающих крыльев» Джона Нортропа. А обтекаемая форма без выступающих частей и резких переходов идеально подошла бомбардировщику-невидимке. Таким образом, идеи гениального авиаконструктора доказали свою жизнеспособность, возродившись через 40 лет. И теперь необычные самолеты, гордо носящие имя Нортропа, называют летательными аппратами XXI века.