Следует сказать, что некоторая перекомпоновка машины (проведенная при ее трансформации из противолодочного самолета в стратегический ракетоносец) улучшила центровку, сделав пилотирование Ту-95МС более легким. В то же время максимальная взлетая масса нового ракетоносца несколько возросла, составив 185000 кг.
В 1981 г. в Таганроге, с использованием деталей и агрегатов от Ту-142, был построен первый серийный ракетоносец, которому было присвоено название Ту-95МС. Эта машина получила многопозицонную пусковую установку МКУ-6-5У на шесть крылатых ракет, размещенную в фюзеляже, а также 10 подкрыльевых узлов подвески для Х-55. Таким образом, суммарный боекомплект ракетоносца составлял 16 КР типа Х-55. Применение этого оружия обеспечивала система подготовки пуска КР «Осина». Первый старт крылатой ракеты с борта самолета Ту-95МС состоялся 3 сентября 1981 г.
Как уже говорилось, серийный выпуск ракет Х-55 первоначально был организован на Харьковском авиационном заводе, однако в 1986 г., в силу загруженности этого предприятия, он был перенесен в Россию. Дальнейшие события подтвердили правильность такого решения.
Несколько раньше, в 1983 г., вследствие перегруженности Таганрогского завода производством противолодочных машин типа Ту-142, выпуск ракетоносцев Ту-95МС также пришлось передать на более мощное предприятие в Куйбышев (Самару), где традиционно осуществлялось производство тяжелых ударных самолетов А.Н. Туполева (Ту-4, Ту-16, Ту-95).
Одновременно с переносом производства, сам ракетоносец также был несколько усовершенствован. Так, его кормовая турель была заменена на новую, оснащенную двумя 23-мм двухствольными пушками ГШ-23Л, обеспечивающими суммарную скорострельность 4600 выстр./мин. Вместо «набора» различных средств радиоэлектронного противодействия, не связанных между собой, Ту-95МС получил значительно более эффективный бортовой комплекс РЭБ.
Важным нововведением стало и появление на борту Ту-95МС вспомогательной силовой установки (ВСУ), обеспечивающей самолет электроэнергией и теплым воздухом на стоянке без включения основной силовой установки или подключения самолета к наземным источникам питания. Применение ВСУ значительно упростило запуск двигателей как на земле, так и в воздухе (в аварийной ситуации).
Первый серийный Ту-95МС прибыл в строевую часть (1226-й ТБАП, дислоцированный тогда на аэродроме Наган в Казахстане) 31 декабря 1982 г. Следует отметить, что это было всего на неделю позже, чем прибытие первого переоборудованного для доставки КР ALCM AGM-86B американского бомбардировщика-ракетоносца В-52 в строевую часть ВВС США.
В августе 1984 г. с борта Ту-95МС были успешно выполнены пуски крылатых ракет Х-55 на максимальную дальность, подтвердившие боевые возможности комплекса. Впрочем, следует сказать, что внешняя подвеска КР под крылом привела к уменьшению практической дальности полета ракетоносца.
В середине 1980-х гг. начался серийный выпуск облегченного варианта самолета, получившего обозначение Ту-95МС-6. Этот ракетоносец имел облегченное крыло без узлов внешней подвески (все крылатые ракеты размещались в фюзеляже, в грузовом отсеке), а также несколько упрощенную систему подготовки к пуску ракет. В дальнейшем Ту-95МС-6 полностью вытеснили Ту-95МС-16 из сборочного цеха Куйбышевского авиационного завода. На самолетах Ту-95МС-16, уже находящихся в строевых частях Дальней Авиации, также сняли АКУ для внешней подвески крылатых ракет, уровняв эти машины по ударному потенциалу с Ту-95МС-6.
К концу 1991 г. (когда распался Советский Союз), Дальняя Авиация, по данным, содержащимся в открытых источниках, располагала 56 самолетами Ту-95МС-16 и 27 Ту-95МС-6. Еще один Ту-95МС-6 (который промышленность не успела передать ВВС СССР) находился на заводе в Куйбышеве, а четыре машины этого типа пребывали на заводе в завершающей стадии производства. К тому времени, по данным СМИ, на вооружение ДА поступило около 2000 крылатых ракет Х-55, которыми оснащались как самолеты Ту-95МС, так и Ту-160.
В 1987 г. началось серийное производство усовершенствованных крылатых ракет Х-55СМ с дальностью, увеличенной до 3500 км. Система наведения ракеты осталась прежней, однако значительное повышение дальности потребовало почти полуторократного увеличения запаса топлива. Чтобы не менять уже отработанную конструкцию ракеты, по бокам ее корпуса, снизу, разместили конформные баки, практически не повлиявшие на аэродинамику и балансировку ракеты. Такое необычное решение позволило сохранить прежние габариты и возможность размещения шести ракет на многопозиционной пусковой установке внутри фюзеляжа Ту-95МС.
В тяжелые для страны 1990-е гг. парк самолетов Ту-95МС, несмотря на труднейшую экономическую ситуацию, в которой оказались отечественные ВВС, сумели сохранить. Наверное, излишне говорить о том, каких сил, пота и нервов это стоило людям, служившим в те годы в вооруженных силах России или работавших в отечественной «оборонке».
Как сообщалось, в 2012 г. Дальняя Авиация России имела 63 ракетоносца Ту-95МС. Таким образом, общая численность всей группировки самолетов типа Ту-95МС за 20 лет сократилась всего на 20 единиц. Следует признать, что, с учетом существовавшей в стране (особенно в 1990-е гг.) политической и экономической ситуации, это весьма низкий уровень «потерь». И заслуга в минимизации этого уровня принадлежит не только личному составу ВВС, сумевшему сохранить свои самолеты для Родины, но и работникам авиационной промышленности, создавшим авиационный комплекс, который с честью пережил «смутные времена», пронесшиеся над Россией, сохранив свою боеспособность.