В начале марта 1943 г. полк понес тяжелейшие потери – в марте в полку осталось всего пять летчиков. Высшим командованием было принято решение полк расформировать, а остаткам личного состава прибыть в Рыбинск для формирования нового полка. Командир полка Лукин на свой страх и риск принял решение тайно доставить в Рыбинск Боевое Знамя полка. Правдами и неправдами командир добился отмены приказа о расформировании. 6- й дальнебомбардировочный авиаполк был укомплектован до полного штата и вооружен новенькими самолетами Ил-4. Летом 1943 г. по указу Президиума Верховного Совета СССР полк получил новое знамя, а старый, иссеченный осколками полковой стяг передан на хранение. Ныне первое знамя 6-го ДБАП хранится в Центральном музее Вооруженных сил.
Пополнение прибыло в полк с Дальнего Востока. Никто из новых летчиков не имел боевого опыта. Нехватка, а точнее отсутствие боевого опыта привела к трагедии 13 июля 1943 г. Полк в новом составе ушел на боевое задание всего во второй раз. Над Орлом зенитками было сбито сразу десять самолетов…
В 1944 г. полк был перевооружен бомбардировщиками Ту-2, одна эскадрилья получила именные самолеты «Москва». 20 августа полк в парадном строю прошел на Ту-2 над Красной площадью – парад в честь Дня Воздушного Флота. Первый боевой вылет на новой технике личный состав выполнил в декабре 1944 г. с аэродрома Шауляй, который после войны на долгие годы станет родным домом полка.
25 января 1945 г. две девятки Ту-2 под командованием майора Салова бомбили порт Либава. Перед бомбометанием истребители прикрытия отошли с сторону, чтобы не входить в зону действия ПВО противника. Как выяснилось, решение командира группы истребителей оказалось роковым. Над целью бомбардировщики встретил не только огонь зениток, но и группу Fw 190. «Фоккеры» атаковали спереди снизу. В первой же атаке истребители противника подожгли Ту-2 капитана Первушина и ст. лейтенанта Трифонова.
Трифонов направил горящий самолет в скопление немцев и сбросил бомбы. Самое удивительное заключается в том, что отважный летчик остался жив! Чудом ему удалось покинуть самолет. Первушин дотянул горящий бомбардировщик до территории, занятой нашими войсками, после чего отдал приказ экипажу покинуть самолет. При прыжке у парашютов стрелка и радиста перехлестнулись стропы, а штурман ударился о шайбу киля. В тот раз Первушина судьба хранила, он погиб позже. Надпись «За Петра Первушина» появилась на Ту-2 с бортовым номером «2», на котором летал майор Са- лов – еще один забытый герой 6-го полка.
Василий Геннадьевич Салов за войну выполнил 432 боевых вылета, награжден пятью орденами Красного Знамени. По количеству орденов Красного Знамени, полученных в годы войны, Салова в ВВС превзошли только знаменитые летчики-истребители Кожедуб и Лавриненков. К званию Героя Салов представлялся, но Героя так и не получил. За последние годы ветераны и штаб 117-го ВТАП неоднократно пытались восстановить справедливость, добиваясь присвоения В.Г. Салову звания Герой России, пока – безуспешно…
За успешные боевые действия по взятию Кенигсберга полк Указом Президиума ВС СССР от 24 апреля 1945 г. был награжден орденом Кутузова III степени.
В конце войны полк базировался в Польше, в местечке Заган. Последние боевые вылеты полк сделал по Берлину.
25 апреля 18 Ту-2 бомбили район Имперской канцелярии. Из шести полков корпуса в тот день по причине плохой погоды на цель вышли только бомбардировщики 6-го полка. Приказом Главнокомандующего вооруженными силами СССР от 11 июня 1945 г. за содействие войскам 1-го Белорусского фронта в штурме Берлина полку было присвоено почетное наименование «Берлинский».
С окончанием войны с Германией полки, вооруженные новейшими бомбардировщиками Ту-2, получили приказ перебазироваться на Дальний Восток. Личному составу объявили лишь о перебазировании в Европейскую часть Союза, однако личный состав прекрасно представлял себе маршрут «в общих чертах». Очень красочно и подробно история перелета 6-го ДБАП на Дальний Восток отражена в книге Масленникова:
"Первые промежуточные аэродромы посадки – город Кобрин в Белоруссии и подмосковная Кубинка. На каких аэродромах нам еще предназначено побывать – пока что было не известно, секрет. Впрочем, это был секрет полишинеля. Потому что, как ном стало известно, не только нашему авиакорпусу бомбардировщиков Ту-2 генерала Скока приказано осуществить перелет самолетов на восток, но и такому же корпусу генерала Ушакова. И мы понимали, что беспримерный воздушный бросок более четырехсот бомбардировщиков предполагается совершить не ради прогулки, а для боевых действий против империалистической Японии.
Экипаж машины "За Петра Первушина" после последней бомбардировки Берлина
Лейтенант Погодин А. И. у своего Ту-2 №26, о. Сахалин, 14 сентября 1945 года
Ту-2 именной эскадрильи "Москва"
1 июля. Перелет Заганг – Кобрин. … при установленном 30-секундном интервале взлета, экипаж последнего самолета нашей, замыкающей общий строй полка, эскадрильи взлетел через 13 минут после начала взлета группы. … Полковая группа – колонна эскадрилий в строю клиньев звеньев Ту- 2 следовала в направлении Кобрина."