Летные испытания продолжались всю осень и начало зимы, и были прерваны с декабря по февраль из-за ледостава на Эльбе. По плану весной планировалось совершить несколько дальних перелетов. Люфтваффе предложила совершить несколько таких полетов для перевозки грузов, и "Блом унд Фосс" согласилась модернизировать самолет, прорезав грузовые люки и переделав интерьер для приема груза. Со знаками люфтваффе на борту CC+EQ, BV 222 VI совершил первый полет в интересах люфтваффе 10 июля 1941 г из Гамбурга в Киркенес на Баренцевом море. Семь полетов между Гамбургом и Кирке несом были выполнены к 19 августа. Было покрыто около 30000 км, доставлено 65 т грузов и был эвакуирован 221 раненный.
После профилактики в Финкенвер-дере BV 222 VI возобновил полеты с 10 сентября 1941 г, отправившись на сей раз в Афины, откуда совершал челночные рейсы в Дерну (Ливия). Правда, вскоре лодку опять пришлось вернуть на завод для очистки корпуса от "морских желудей". В период с 16 октября по 6 ноября 1941 г BV 222VI совершил 17 челночных полетов между Афинами и Ливией, перевезя 30 т груза и эвакуировав 515 раненых. Во время полетов на высоте 4500 м была зафиксирована максимальная скорость 382 км/ч. Максимальная дальность рассчитывалась в 7000 км. Самолет вмещал до 72 человек раненых и до 92 полностью экипированных солдат.
BV 222 VI совершенно не имел оборонительного вооружения и обычно сопровождался парой Bf ПО. Но иногда истребители опаздывали в точку встречи и летающая лодка была вынуждена совершать полет без прикрытия. Во время одного такого полета одиночную лодку перехватили два британских "Бофай-тера", которые по неизвестным причинам не атаковали самолет. В ноябре 1941 г BV 222 VI вернулся на мБлом унд Фосс" для установки оборонительного вооружения, включая 7,9-мм пулемет MG 81 в носу, 13-мм MG 131 в передней и задней башнях и четыре MG 81 в боковых окнах. Тем временем второй опытный BV 222 V2 7 августа 1941 г приступил к летным испытаниям. 28 ноября 1941 г к нему присоединился BV 222 V3. Были заложены и новые самолеты на заводе в Финкенвердере.
Первая партия из пяти предсерийных летающих лодок должна была получить двигатели "Брамо-Фафнир"-323Я-2 и рассматривались уже самолетами А-серии, хотя и имели номера "ферзух", но четвертый из них BV 222 V7 был переделан под дизели и должен был послужить прототипом С-серии.
BV 222 V4, V5, V6, V8 поступили в люфтваффе между 20 апреля и 26 октября 1942 г. Они имели усиленную конструкцию с переделанным реданом по образцу V2. Самолеты были также вооружены и начали свою служебную карьеру в качестве транспортных. V4 и V5 использовались в составе эскадрильи воздушного сообщения "С", а потом в составе эскадрильи See 222 на Средиземном море. Вместе с двумя из трех первых самолетов эти машины были задействованы с баз в Италии и в Греции для поддержки африканского корпуса Ромм ел я. Посадки совершались в Табруке и в Дерне, возвращаясь с раненными.
Первая потеря из состава LTS See-222 была понесена 24 ноября 1942 г, когда BV 222 V6 во время одиночного полета был перехвачен и сбит британскими истребителями к югу от Пантел-лерии. В результате этой потери командование KG.z.b.V2, которой подчинялась LTS See-222, приказало, чтобы BV 222 совершали все полеты группой на малой высоте. Несмотря на эту предосторожность, 10 декабря 1942 г летевшие курсом на Триполи на малой высоте BV 222 VI, V4 и V8 были перехвачены тремя британскими "Бофа Итера ми". V8 был сбит, a V4 был серьезно поврежден, хотя и сумел дотянуть до Триполи.
В отчете по поводу этого инцидента штаффель-капитан эскадрильи отмечал, что мможет считаться доказанной неадекватность оборонительного вооружения BV 222, полет на малой высоте, рассматривавшийся до сего времени лучшим способом защиты, теперь имеет небольшое значение, так как любой истребитель, заняв позицию сзади и на три метра ниже летающей лодки, не может быть поражен ни с одной стрелковой точки. Кроме того, летя в плотном строю, BV 222 не может использовать для уклонения маневр."
Этот доклад привел к решению перейти на ночные полеты до тех пор, пока не будет усилено оборонительное вооружение. Но вскоре выяснилось, что такие ночные полеты не менее опасны, чем дневные. Так северо-африканские порты, в которые летали BV 222, постоянно бомбились по ночам союзной авиацией, и ни один огонь не мог зажечься для проводки самолета в порту. Как следствие во время рулежки резко возрастала вероятность столкновения с плавающими и притопленными предметами. Действительно, в феврале 1943 г в Афинах затонул BV 222 VI после столкновения с буем, который пропорол несколько метров обшивки днища. В результате эскадрилья See-222 прекратила полеты, а "Викинги" были отправлены для перевооружения и модернизации.
Новое оборонительное вооружение, установленное на четыре оставшиеся летающие лодки, включало одну 20-мм пушку MG 151 в передней верхней башне. Такое же вооружение было размещено за концевыми гондолами двигателей. 13-мм пулемет МО 131 размещался в окне носовой части, а два 7,9-мм MG 81 в задних окнах. Двигатели были оборудованы системой впрыска водноспиртовой смеси, повышавшей мощность до 1200 л. с. К концу работ стало ясно, что катастрофа немецких войск в Северной Африке неминуема. Вновь встала задача взаимодействия с подводными лодками. Было решено передать все четыре BV 222 командованию "Атлантике В результате гидросамолеты были оснащены поисковыми локаторами и дополнительным радиооборудованием, включая FuG 200 "Хохентвиль", радиостанцию FuG 16Z с возможностью определения местоположения, FuG 25а и радиовысотомер FuG 101а. Бомбодержатели ETC 501 могли нести радиобуи FuG 302с мШван" (Лебедь).