В 1998 г. "Трансаэро" первой в России (и второй в мире — после американской Southwest Airlines) приобрела самолеты Boeing 737NG (нового поколения) — 737-700. К этому времени она уже являлась третьей по величине российской авиакомпанией, занимая лидирующие позиции на рынке внутрироссийских магистральных пассажирских авиаперевозок и полетов в страны СНГ. (Подробнее об освоении эксплуатации "иномарок" в "Трансаэро" в 1990-е гг. — см. "Взлёт" №9/2012, с. 38—44).
В апреле 1994 г. парк "Трансаэро" пополнился двумя новыми Boeing 757-200, летавшими вместе с тремя другими однотипными лайнерами, полученными позднее, до начала 1999 г.
Экзотический для России широкофюзеляжный пассажирский DC-10-30. В июне 1996 г. "Трансаэро" приобрела три таких лайнера, ранее летавших у American Airlines, от которых они унаследовали не только американские регистрационные номера, но и характерную "хромированную" окраску. Их эксплуатация в "Трансаэро" продолжалась до начала 1999 г.
Кризис 1998-го
1998 г. стал первым серьезным испытанием для "Трансаэро". В июле среди акционеров компании произошел раскол: после того, как в 1996 г. "Трансаэро" стала открытым акционерным обществом, Александр Плешаков постепенно утратил контрольный пакет акций (его доля к лету 1998 г. снизилась примерно до 20%), и более 55% акций стали контролировать структуры, близкие к Борису Березовскому. 24 июля 1998 г. на собрании акционеров представителями этих компаний было выражено недоверие совету директоров компании, а 8 августа, втайне от действующего руководства, было проведено "альтернативное" внеочередное собрание акционеров, избравшее новый совет директоров и нового генерального директора ОАО "Авиакомпания "Трансаэро". Однако Александр Плешаков не подчинился решениям сепаратного собрания акционеров, предложив действовать "цивилизованными методами", и обратился в суд, который 14 сентября 1998 г. признал "альтернативное" собрание акционеров и его решения незаконными, что позволило сохранить авиакомпанию и "статус-кво" ее руководства. Спасти "Трансаэро" от "рейдерского захвата" помогла и поддержка Егора Строева, являвшегося с 1993 по 2009 гг. бессменным губернатором Орловской области, а в 1996—2001 гг. одновременно и Председателем Совета Федерации. В марте 1998 г. "Трансаэро" была перерегистрирована в Орле (до сих пор ее ИНН начинается с цифр, соответствующих коду Орловской области), получила там серьезные налоговые льготы, а пакет акций Александра Плешакова (около 20%) был передан в фонд имущества Орловской области (позднее, в 2001 г., он вернулся к основателю компании).
Накалившееся противостояние акционеров совпало по времени с экономическим кризисом в России и августовским дефолтом 1998 г., который сильно ударил по всем российским предприятиям, ведущим международную деятельность. "Трансаэро" пришлось отказаться от большинства ранее приобретенных самолетов и закрыть многие направления. Парк компании сократился почти втрое: если накануне дефолта 1998 г. авиаперевозчик располагал 16 "боингами" и "дугласами", то к лету 1999-го у него осталось только четыре старых Boeing 737-200, да пара новых 737-700. Фактически выжить "Трансаэро", а затем снова начать расширять бизнес позволила только активная позиция руководства компании, имеющего поддержку со стороны авиационных властей России. Бытует мнение, что в преодолении трудностей не обошлось без деятельного участия председателя Межгосударственного авиационного комитета Татьяны Анодиной, с 1991 г. входившей в совет директоров "Трансаэро" и лично владевшей небольшим (около 3%) пакетом акций. Как бы там ни было, восстановление после кризиса и начало возвращения на ведущие места в рейтинге российских авиакомпаний, которые "Трансаэро" занимала до дефолта, заняло более пяти лет.
Первый "эрбас" в "Трансаэро": этот широкофюзеляжный А310-300 "Тулуза" был получен компанией в ноябре 2000 г., но пролетал недолго, до сентября 2001-го, после чего был возвращен лизингодателю, конвертирован в грузовой и эксплуатировался FedEx
Весной 1998 г. "Трансаэро" первой в России и в Европе в целом приобрела два новых Boeing 737-700NG, пролетавших у нее до начала 2005 г.
В ноябре 2000 г., впервые после кризиса 1998 г., "Трансаэро" получает новый самолет — 12-летний широкофюзеляжный А310-300. Правда, полетал он недолго, до сентября 2001-го, после чего был возвращен лизингодателю, и у компании осталось всего четыре самолета — пара 20-летних Boeing 737-200 (летали до августа-сентября 2002 г.) и два Boeing 737-700.
Важным событием 2001 г. в жизни компании стала смена ее базового аэропорта — она перешла из Шереметьево в реконструированное по европейским нормам Домодедово. В том же году генеральным директором компании была назначена Ольга Плешакова — супруга основателя и одного из главных акционеров "Трансаэро" Александра Плешакова, избранного в 2001 г. в Совет Федерации Федерального Собрания РФ. Обоим супругам Плешаковым к 2005 г. принадлежало в общей сложности 40,89% акций компании.
В 2002 г. в состав парка "Трансаэро" вводятся новые самолеты — дальнемагистральные Boeing 767-200 и среднемагистральные Boeing 737-300, а в следующем году — Boeing 767-300. Появляется восемь новых направлений, активно развивается чартерная программа: "Трансаэро" расширяет работу с ведущими российскими туроператорами. Как и в прежние годы, большое внимание уделяется повышению качества услуг. С 2002 г. для пассажиров "Трансаэро" вводится бесплатный проезд на скоростном электропоезде из Москвы в аэропорт Домодедово. С 2003 г. в Домодедово впервые в России становится возможна регистрация на любой рейс "Трансаэро" с каждой из стоек авиакомпании, что позволяет значительно экономить время пассажиров. В том же году "Трансаэро" первой из российских авиакомпаний открывает в Домодедово собственный зал для пассажиров бизнескласса.