Тем не менее, именно в эти годы ОКБ им. А.И. Микояна активизировало работы по ряду новых тем в интересах Минобороны России и потенциальных зарубежных заказчиков. Так, как раз в сложные 90-е удалось довести до этапа летных испытаний опытно-экспериментальный образец истребителя пятого поколения МФИ — изделие «1-44». Целевая комплексная программа создания истребителей пятого поколения была развернута по инициативе руководства ОКБ им. А.И. Микояна еще в начале 80-х — в соответствии с постановлением советского правительства от 5 июля 1981 г. Результатом программы стала разработка в ОКБ им. А.И. Микояна в 1985 г. технических предложений по Многофункциональному истребителю МФИ и Легкому фронтовому истребителю ЛФИ. Опытно-экспериментальный образец МФИ («1-44») был построен в опытном производстве АН ПК «МиГ» в 1994 г., и в декабре того же года летчик-испытатель Роман Таскаев выполнил на нем первую скоростную рулежку, однако затем наступил долгий перерыв. В первый полет «1-44» поднял 29 февраля 2000 г. новый шеф-пилот ОКБ Владимир Горбунов. Но машина смогла выполнить всего два испытательных полета, после чего дальнейшее развитие темы было признано нецелесообразным ввиду изменения тактико-технических требований заказчика.
Другой важной темой ОКБ в этот период стало создание перспективного реактивного учебно-тренировочного самолета МиГ-AT, начатое еще в 1990 г. и ставшее первым практическим опытом широкого сотрудничества ОКБ при разработке новой авиатехники с зарубежными партнерами. Первый полет на опытном образце самолета МиГ-AT, оснащенном французскими двигателями «Ларзак» и БРЭО французского производства, выполнил 16 марта 1996 г. летчик-испытатель Роман Таскаев. Спустя три года на испытания поступил и второй экземпляр машины с отечественной авионикой. На МАПО готовилось серийное производство МиГ-AT, однако ВВС России в итоге предпочли альтернативный проект, предложенный ОКБ им. А.С. Яковлева. В настоящее время оба МиГ-АТ по-прежнему остаются в строю и используются в качестве летающих лабораторий.
Много внимания в постсоветский период ОКБ стало уделять модернизации ранее выпущенной техники. Крупнейший контракт на модернизацию 125 истребителей МиГ-21бис пришел от ВВС Индии. Прототип модернизированного МиГ-21-93, получившего современную РЛС «Копье», новое приборное оборудование и вооружение, поднялся в первый полет 25 мая 1995 г., а с 1998-го стартовала программа доработки самолетов заказчика, основная часть которой выполнялась с использованием поставляемых Россией комплектов непосредственно в Индии. Сходные программы модернизации были предложены ОКБ им. А.И. Микояна и для эксплуатантов самолетов МиГ-23.
В 90-е гг. были также заложены основы для получивших успешное развитие уже в новом тысячелетии программ дальнейшей модернизации наиболее современных истребителей ОКБ — МиГ-29 и МиГ-31 в интересах как зарубежных заказчиков, так и ВВС России.
МиГ-29СМТ
Опытно-экспериментальный самолет пятого поколения «1-44»
Второй экземпляр учебно-тренировочного самолета МиГ-АТ
МиГ-31 БМ
РСК «МиГ» сегодня
Одним из важнейших результатов первого десятилетия нового века в жизни РСК «МиГ» стало укрепление компании как интегрированной структуры, объединяющей разработчика и производителей самолетов «МиГ». Основой корпорации сегодня являются Инженерный центр «ОКБ им. А.И. Микояна», уже 10 лет возглавляемый Владимиром Барковским, Производственный центр (включает Производственный комплекс № 1 в подмосковных Луховицах, Производственный комплекс № 2 в Москве и Калязинский машиностроительный завод) и Летно-испытательный центр им. А.В. Федотова, возглавляемый нынешним шеф-пилотом ОКБ Павлом Власовым. Общее руководство РСК «МиГ» в должности Генерального директора — Генерального конструктора в эти годы осуществляли Николай Никитин (с февраля 1999 по октябрь 2003 гг.), Валерий Торянин (с ноября 2003 по сентябрь 2004 гг.), Алексей Федоров (с сентября 2004 по октябрь 2007 гг.), Анатолий Белов (с декабря 2007 по декабрь 2008 гг.). С января 2009 г. корпорацию возглавляет Генеральный директор — Генеральный конструктор РСК «МиГ» Михаил Погосян, одновременно являющийся Генеральным директором ОАО «Компания «Сухой» и первым вице-президентом ОАО «ОАК». Назначение Михаила Погосяна главой РСК «МиГ» вписывается в общую концепцию реформирования российской ' авиапромышленности, согласно которой завершившее в этом году процедуру акционирования ОАО «РСК «МиГ» в октябре вошло в состав Объединенной авиастроительной корпорации и в ближайшем будущем, наряду с компанией «Сухой» и НАЗ «Сокол», составит ядро бизнес-единицы «ОАК — Боевые самолеты».
Основные работы РСК «МиГ» в последние годы и на ближайшую перспективу связаны с дальнейшей модернизацией и поставкой заказчикам новых самолетов семейства МиГ-29 (МиГ-29СМ, МиГ-29СМТ, МиГ-29К/КУБ, МиГ-35), модернизацией МиГ-31 (МиГ-31БМ), участием в работах по созданию боевых пилотируемых и беспилотных летательных аппаратов нового поколения. Важнейшими событиями 2008–2009 гг., наряду с заметным прогрессом по главным «экспортным» программам корпорации (ремонт и модернизация строевых МиГ-29, поставки МиГ-29СМТ, разработка и поставки МиГ-29К/КУБ, разработка МиГ-35) стало «возвращение» после длительного, более чем 15-летнего, перерыва главного заказчика — ВВС России. В результате, в прошлом году в отечественные войска поступили первые модернизированные перехватчики МиГ-31БМ, а в начале этого года начались поставки в части российских ВВС истребителей МиГ-29СМТ. Прорабатывается вопрос заказа Министерством обороны России и «МиГов» новой постройки — многоцелевых корабельных МиГ-29К/КУБ для авиации ВМФ России и многофункциональных истребителей поколения «4++» МиГ-35С для ВВС.