В этот же период в кораблестроительных конструкторских организациях, а также в соответствующих НИИ судостроительной промышленности и флота проводилась проектная примерка ракетного оружия под корабли: как переоборудованием уже строившихся крейсеров и эсминцев с заменой на ракеты их штатного артиллерийского и торпедного вооружения, так и разработкой специально спроектированных кораблей. Из-за особой секретности отечественного ракетостроения корабелы нашпиговывали корпуса проектируемых ракетоносцев немецкими «Фау», уделяя должное внимание размещению собственно летательных аппаратов, в крайнем случае – пусковых устройств, но не задумываясь об антеннах и приборных стойках корабельных систем управления ракетным оружием, возможно, просто не подозревая об их необходимости.
Как и следовало ожидать, на первом этапе развития отечественного морского ракетостроения до принятия на вооружение был доведен только один комплекс «Комета». Позднее на базе этой авиационной системы были разработаны корабельный и береговой комплексы, последний из которых также поступил на вооружение и эксплуатировался много лет Кроме того, авиационная «Щука» послужила прообразом первого отечественного корабельного комплекса с ракетой КСЩ (корабельный снаряд «Щука»), поступившего на вооружение значительно позже, к концу 1950-х гг.
Следующий период с середины 1950-х по первую половину 1960-х гг. стал этапом становления соответствующей отрасли морского ракетостроения. Успешное создание в предшествующие годы первых систем наведения противокорабельных ракет, разработка пригодных для размещения на ракетах относительно компактных и легких спецзарядов, растущая угроза со стороны авианосной авиации не только для прибрежных, но и для центральных районов СССР обусловили ускоренное развитие ракетного оружия Партия и правительство в середине 1950-х гг. принимают ряд постановлений по созданию «реактивного вооружения» для флота, проектированию и строительству соответствующих кораблей-носителей К созданию крылатых ракет наземного и морского базирования наряду с ранее задействованными организациями привлекались также и мощнейшие ОКБ А.Н. Туполева, С.А. Лавочкина. С В. Ильюшина, В М Мясищева, а также коллектив Г.М. Бериева Однако, за исключением почти полностью переключившегося на ракетостроение С. А Лавочкина, крылатые ракеты рассматриваются «самолетчиками» как «принудительный ассортимент» и ни одна из их разработок в этой области не доводится до серийного производства и принятия на вооружение Напротив, почти монополистом по крылатым ракетам для флота становится воссозданный после расформирования в 1953 г коллектив В.Н. Челомея – ОКБ-52, создавший в эти годы «стратегическую» П-5, а также целый спектр противокорабельных изделий: П-35 для надводных кораблей, П-6 для применения с всплывающих подводных лодок и «Аметист», стартующий из-под воды Кроме челомеевских ракет на вооружение флота поступают катерные П-15, спроектированные под руководством А.Я. Березняка в дубнинском филиале ОКБ-155 («микояновской фирмы»). К разработке систем управления помимо КБ-1 подключаются относящиеся в те годы к судостроительной отрасли НИИ-49 и НИИ -10 Развертывается строительство надводных и подводных ракетоносцев
Развитие отечественных крылатых ракет в последующие два десятилетия шло в основном по пути дальнейшего совершенствования характеристик созданных к середине 1960-х гг. противокорабельных комплексов в направлении многократного наращивания дальности, обеспечения высокой сверхзвуковой скорости, малой высоты полета, повышения избирательности и помехозащищенности систем самонаведения. «Стратегическое» направление в эти годы не получило дальнейшего развития из-за очевидных преимуществ баллистических ракет при решении задачи поражения стационарных объектов.
На смену П-6 пришел «Базальт», а затем "Вулкан», на базе «Аметиста» был создан «Малахит», поступивший на вооружение не только подводных лодок, но и малых ракетных кораблей, а модернизированный комплекс П-15 (П-15М) нашел применение не только на катерах, но и на кораблях размерности эсминцев. Вслед за П-15М коллективом Березняка была разработана уникальная ракета «Москит», сочетающая предельно низкую высоту на всей траектории полета со скоростью, более чем вдвое превышающей звуковую. Высшим достижением коллектива Челомея в эти годы стал комплекс «Гранит», совместивший возможность подводного старта и полностью автономную от носителя систему управления, ранее реализованные на «Аметисте» и «Малахите» с большой дальностью и высокой скоростью.
Наряду с этими достижениями в развитии отечественных крылатых ракет в 1950-1970-е гг проявился и ряд недостатков.
Во-первых, повышение летно-тактических характеристик ракет достигалось дальнейшим ростом их массогабаритных показателей. Между тем и исходные образцы противокорабельных ракет уже характеризовались внушительными массами и габаритами. Помимо извечного отставания по уровню миниатюризации элементной базы бортовой аппаратуры это определялось и боевыми задачами, стоящими перед отечественными ракетными комплексами.