В свою очередь, при наземной отработке ГСН выявилась непригодность первого варианта радиопрозрачного обтекателя. Проблема не была новой — с аналогичными трудностями столкнулись за несколько лет до того при отработке К-8М — первой доведенной до серийного производства самонаводящейся отечественной ракеты класса "воздух-воздух". Прорабатывалось несколько вариантов обтекателя, отличавшихся по применяемым материалам и технологии изготовления, в том числе керамические, а также стсклопластиковые, формируемые намоткой на специальных станках по схеме "чулок", и другие. По результатам отработки выявились большие искажения радиолокационного сигнала в процессе его прохождения через обтекатель ГСН. В ситуации, приближавшейся к критической, пришлось пожертвовать максимальной дальностью полета ракеты и применить более благоприятный для работы ГСН укороченный обтекатель, использование которого несколько увеличило аэродинамическое сопротивление.
В отчете по итогам работ за 1961 г. было отмечено, что из 39 изготовленных ракет В-860 только 22 были использованы при проведении испытаний. при этом лишь 18 пусков дали положительные результаты. В качестве основной причины задержек испытаний указывалось на отсутствие автопилотов и ген. Тем не менее, летные испытания полностью укомплектованных ракет начались в 1961 т. До апреля следующего года было выполнено 22 пуска. В то же время, поставленные на полигон опытные образцы наземных средств огневого канала еще не были состыкованы в единую систему — даже столь взаимосвязанные, как пусковая установка и кабина управления стартом К-3.
Для того, чтобы как можно скорее перейти на стадию совместных испытаний, решением ВПК № 6 от 10 января 1962 г. было предусмотрено сократить число пусков по плану заводских испытаний. К решению проблем с обтекателем привлекались научный потенциал НИИ-17 и производственные возможности фабрики им. А.И.Желябова, которую загрузили изготовлением обтекателя намоткой. Предусматривалось ускорение работ по двухканальному радиовзрывателю и по ускорителям ПРД-81 М на новом топливе, а также скорейшее завершение отработки малошумных электровакуумных приборов для ГСН.
Как уже отмечалось, в соответствии с Постановлением 1959 г., дальность зоны поражения для ракет комплекса С-200 задавалась на уровне 100 км, что существенно уступало заявленным показателям американского аналога — комплекса "Найк-Геркулес". В качестве средства расширения зоны поражения отечественных ЗРК. в соответствии с решением ВПК № 136 от 12 сентября 1960 г., предусматривалось использовать возможность наведения ракет на цель на пассивном участке траектории. после окончания работы двигателя ее маршевой ступени. В связи с тем. что на ракете комплекса С-200 аппаратура задействовалась от бортового источника питания, представлявшего собой турбогенератор, работающий на тех же компонентах топлива, что и двигатель ракеты, для увеличения продолжительности работы этого генератора требовалось доработать топливную систему. Наряду с другими причинами это дало хорошее обоснование для реализации давно наметившейся необходимости увеличения запаса топлива с соответствующим утяжелением ракеты с 6 до 6,7 т и некоторым наращиванием ее длины.

Летающая мишень МиГ-17М
В 1961 г. была изготовлена первая усовершенствованная ракета, получившая наименование В-86011 (изделие "1Ф"), а в следующем году предусматривалось прекратить производство ракет В-860 в пользу нового варианта.
К этому времени основные задачи по производству ЗУР ставились уже не перед опытным производством ОКБ-2, а перед намного более мощным ленинградским заводом № 272. Неоднократно отмечавшаяся в те годы катастрофическая недопоставка ракет на полигон не была свидетельством нерасторопности ленинградцев. В основном план выпуска ракет срывался из-за задержек с поставкой автопилотов ленинградским заводом № 212 и, в особенности, вследствие того, что завод № 463 ("Красное Знамя") Рязанского совнархоза так и не освоил к этому времени производство ГСН. В результате были сорваны планы и из 1961 г… и на 1962 г.
Впрочем, и рязанский завод объективно не мог нести ответственность за срыв планов. Первопричиной было то, что в основу задуманной в ЦНИИ-108 и доводившейся уже в КБ-1 головки самонаведения ракеты были заложены не самые удачные конструктивные решения, что и предопределило большой процент брака па производстве и множество аварий в процессе летных испытаний ракеты.
Еще одним мобилизующим решением того времени стали изданные 24 марта 1962 г. приказы руководителей Госкомитетов по радиоэлектронике и авиационной технике, которыми Анатолий Георгиевич Басистов от КБ-1 и Григорий Филиппович Бондзик от ОКБ-2 были назначены ответственными руководителями испытаний по комплексу и ракете соответственно.
В начале 1962 г. на полигоне были произведены облеты средств системы С-200 истребителем МиГ-15, которые проводил летчик-испытатель летной части КБ-1 В.Г. Павлов, лет за десять до того участвовавший в легендарных испытаниях пилотируемого варианта авиационного противокорабельного самолета-снаряда КС. Целью облетов средств С-200 стала проверка работоспособности радиовзрывателя и ГСН. При этом разработчики, давая задания летчику-испытателю, стремились обеспечить минимальные расстояния между самолетом и отрабатываемыми элементами ракеты, по соображениям безопасности недопустимые при летной отработке на двух сближающихся самолетах. Радиовзрыватель и ГСН размещались на деревянной вышке, а самолет, находясь в луче радиолокатора подсвета цели, имитировал сближение ракеты с самолетом-целью. Мастер пилотажа, Павлов на сверхмалой высоте проходил буквально в нескольких метрах от вышки, при этом его самолет шел с различными углами крена, имитируя возможные сочетания угловых положений цели и ракеты в процессе их сближения.