Указывая на то, что госкомитеты по радиоэлектронике, авиационной и оборонной технике не приняли необходимых мер по ликвидации допущенного отставания в разработке системы, ВПК предписывала госкомитету по авиационной технике ускорить решение вопроса об обеспечении падения отделяющихся в полете элементов первой ступени ракеты В-860 за пределами огневой позиции комплекса, обращала внимание главного конструктора электрогенератора бортового источника питания ракеты В-860 Федосеева на неудовлетворительную работу его изделия, а также ставила задачу рассмотреть возможность создания на базе мишени ВРПМ высотной мишени с имитатором цели, обеспечивающей возможность проведения испытаний системы С-200 во всем диапазоне скоростей и высот.
Следует отметить, что оргвыводы постепенно делали свое дело. В 1961–1963 гг. были изготовлены опытные образцы пусковых установок, заряжающих и транспортно-перегрузочных машин — техники стартовой и технической позиций.
К очередной годовщине Великого Октября на полигоне с использованием самолетов ту-16 провели облеты РПЦ в режиме работы радиолокатора с разрешением целей по скорости и по дальности. Там же при проведении экспериментальных работ по использованию комплексов С-75 в режиме ПРО, создатели С-200 воспользовались уникальной возможностью и попутно, сверх плана, осуществили и проводку’ оперативно-тактической баллистической ракеты Р-17 (SCUD) радиолокационными средствами системы С-200.
К этому времени, с целью сопровождения выпуска серийной продукции, внедрения доработок на выпускаемых изделиях, перестройки производства на выпуск модифицированных и новых вариантов ракет системы С-200, на заводе № 272 было создано специальное конструкторское бюро, которому впоследствии пришлось заняться и модернизацией ЗУР этой системы после того, как основные силы ОКБ-2 (переименованного в МКБ "Факел") переключились на работы по другим ракетам.
Помимо организации текущих дел по новой зенитной ракетной системе, решением ВПК также развертывались перспективные работы по совершенствованию бортовой аппаратуры и стартовых двигателей ракеты. В целях повышения надежности и помехоустойчивости была начата разработка нового, на этот раз двухканального радиовзрывателя, позднее получившего обозначение 5Е24. Предписывалось уже в начале следующего года испытать этот взрыватель в составе ракеты.
Как уже отмечалось, первоначально в ускорителях ракеты, получивших обозначение ПРД-81 (5С21), использовалось баллиститное топливо — сначала рецептуры РСТ-43, затем — РНДСИ-59. Заряд был выполнен в виде одноканальных шашек наружным диаметром 58 мм и длиной 2035 мм.
Но к началу 1960-х гг. наметился определенный прогресс и в создании новых высокоэнергетических смесевых твердых топлив, В отличие от баллиститных, новые составы допускали формирование зарядов литьем непосредственно в корпус двигателя. При этом обеспечивалось прочное скрепление топливного заряда со стенками корпуса двигателя. В результате, на протяжении большей части времени работы двигателя заряд выполнял функции теплозащитного покрытия, надежно защищающего стенки камеры от продуктов сгорания топлива.
Решением ВПК от 28 августа 1961 г. для В-860 была задана разработка стартовых двигателей, использующих смесевое топливо. Эти работы велись применительно к рецептуре ТФА-70, затем ТФА-53КД Заряд топлива представлял собой моноблок с центральным каналом в форме звезды (сначала — с восемью, а позднее — с двумя лучами). Разработчик топлива — коллектив НИИ-130 под руководством Л.И. Козлова — совместно с проектантом двигателя — КБ-2 завода № 81, возглавляемым И.И. Картуковым — должен был поставить первые двигатели ПРД-81М (армейское обозначение — 5С25) на смесевом топливе уже в октябре — ноябре 1961 г. С учетом особой чувствительности таких топливных зарядов к морозу и жаре, для первых десяти комплектов двигателей допускалось сузить диапазон допустимых эксплуатационных температур до +10 — +35 град/С.
Фактически наземная отработка стартовых двигателей 5С25 на смесевом топливе для подтверждения их пригодности к применению в заданном для системы широком диапазоне температур эксплуатации началась во второй половине 1962 г. Но, как показал дальнейший ход событий, использованное в них смесевое топливо не обладало необходимой совокупностью характеристик и, в частности, стабильностью при низких температурах. Тем не менее, в ряде пусков В-860 использовались именно такие ускорители.
Для обеспечения испытаний воздушными мишенями были выданы указания о начале переоборудования в беспилотные мишени самолетов Як-25РВМ, Tv-16M, МиГ-17М, МиГ-19М, а также об ускорении разработки запускаемой с Ту-16К специальной крылатой ракеты-мишени КРМ, создаваемой на базе боевых ракет семейства КСР-2/КСР-11 в соответствии с Постановлением от 19 июня 1959 г. № 684–312. Рассматривалась также возможность использования в качестве мишеней зенитных ракет "400" системы "Даль", стрельбовый комплекс и техническая позиция которой еще в 1950- е гг. были развернуты на 35-ой площадке полигона "А".
Однако принятые меры по ускорению испытаний не смогли обеспечить решение основной задачи — стрельбы полностью укомплектованными ракетами так и не начались. К концу августа 1961 г. число пусков достигло 15. новее они были выполнены в рамках бросковых и автономных испытаний. Задержка с переходом к испытаниям в замкнутом контуре определялась не только отставанием с вводом в строй наземных радиоэлектронных средств, но и трудностями с созданием бортовой аппаратуры ракеты. Катастрофически срывались и сроки создания бортового источника электропитания.