Начало сентября ознаменовалось крупными успехами Красной Армии: 1 -го сентября пал Бухарест, 5-го – вышла из войны Финляндия, 6-го – советские бойцы перешли государственную границу Югославии. Тем не менее, немцы продолжали огрызаться, давление на части НОАЮ усиливалось. Всем было ясно – это агония, но раненный зверь зачастую опаснее здорового. Напоследок враг решил «хлопнуть дверью» – захватить югославский Гибралтар, остров Вис. Операция не состоялась, поскольку советское наступление скорректировало все планы фашистов, главной заботой которых стало стремление унести ноги со славянской земли. Тем не менее, зная о планах захвата о. Вис, маршал Тито покинул остров. 18 сентября его забрал Дуглас с советским экипажем под командованием П. Михайлова.
Успешное наступление Красной Армии вскоре поставило перед немцами проблемы, схожие с проблемами союзников: снабжение своих частей и эвакуация раненых по воздуху. Люфтваффе задействовало около ста Ju -52/ Зш, двадцать Не-111, тридцать гидросамолетов Ju-52/3w и летающих лодок Do-24. Для борьбы с ними активно использовались тяжелые бомбардировщики В-24 из состава 15-й воздушной армии США. «Либерейторам» удалось уничтожить на немецких аэродромах около пятидесяти транспортных самолетов. Перехватчики балканских ВВС сбили в воздухе еще десять Ju -52/Зт, два Не-111 и семь гидросамолетов. Таким образом, союзникам удалось практически сорвать воздушные перевозки немцев.
В сентябре самолеты балканских ВВС продолжали ставшие уже обычными полеты к партизанам, охоту за паровозами и автомобилями. Новым стала охота за кораблями. Самолеты и раньше патрулировали Далматинское побережье, однако в сентябре морские перевозки немцев резко возросли – в какой-то мере это было следствием провала «воздушного моста». За месяц англичане потопили 25 судов, включая итальянский лайнер «Рекс» водоизмещением 51 000 т, – самое крупное торговое судно, потопленное во второй мировой войне. «Рекс» потопили «Бо- файтеры»; прежде чем лайнер затонул, в него попало более 100 неуправляемых авиационных ракет. Потери балканских ВВС, в свою очередь, тоже были высокие – 50 сбитых и 24 поврежденных самолетов.
Кроме самолетов балканских ВВС к действиям над Югославией привлекалась авиация из состава Средиземноморских ВВС и воздушной армии Пустыни. Огромной моральной поддержкой бойцам НОАЮ стало освобождение 21 октября 1944 г. Красной Армией столицы Югославии – Белграда; 28 октября в Белграде состоялся парад НОАЮ, принимал его Иосип Броз Тито.
В дальнейшем подразделения НОАЮ действовали совместно с частями Красной Армии, а авиация балканских ВВС переключилась главным образом на удары по коммуникациям германских войск. «Веллингтоны» из 38 эскадрильи привлекались к ведению «психологической» войны – разбрасывали листовки. Советские самолеты из состава балканских ВВС в конце 1944г. перебазировались на территорию Югославии.
На освобожденной территории страны Тито сформировал в дополнение к существующим подразделениям НОАЮ новую 4-ю армию в составе 9- й, 13-й, 19-й, 20-й и 26-й пехотных дивизий, а также танковой бригады. На вооружении танковой бригады находилось более пятидесяти американских танков «Стюарт». Главный удар вновь сформированная армия наносила на Бихач – ключевой опорный пункт немцев в западной Боснии. Непосредственную авиационную поддержку и воздушное прикрытие 4-й армии осуществляли самолеты балканских ВВС. Часть самолетов балканских ВВС перебросили на территорию Югославии в феврале 1945 г. На аэродроме Пркос, расположенном вблизи г. Задар, базировались 1231 и 1328 крылья RAF, в середине марта к ним прибавились 281 авиакрыло и две югославских эскадрильи.
Наступление началось на рассвете 19 марта 1945 г. с бомбардировки немецких позиций в районе Бихача. В налете приняли участие 24 «Мустанга» и 80 «Балтиморов». В ходе тяжелых боев части НОАЮ ворвались в Бихач 25 марта, а через три дня сопротивление противника почти прекратилось. Во время боев за Бихач немцы не смогли противостоять господству в небе авиации союзников. На аэродроме Загреб базировалось несколько Bf. 109 Люфтваффе, пять Bf. 109 и несколько Do-17 ВВС Хорватии. По данным союзников, вражеские самолеты приняли участие всего в трех налетах, самый серьезный из которых состоялся 30 марта – когда наземное сражение уже было проиграно. Четыре «мессера» сопровождали трех «дорнье». В тридцати километpax к северу от Госпича немецко-хорватская «армада» была перехвачена «Спитфайрами» балканских ВВС. В ходе воздушного боя был сбит Do-17, один Bf. 109 – тяжело поврежден.
«Бофайтер» наносит ракетный удар по скоплению немецких войск и техники
Дальнейшее наступление частей НОАЮ развивалось вдоль хорватского побережья Адриатики; 25 мая начались бои за Фиуме, а 3 мая город был очищен от немцев. Германские войска беспорядочно отступали на северо-запад страны. 3 мая триумфальное наступление войск маршала Тито увенчалось встречей с частями британской 8-й армии в местечке Монфальконе в нескольких километрах от Триеста. Война в Югославии закончилась.
Всего за время боевых действий самолеты балканских ВВС совершили не менее 38100 боевых вылетов, а две югославских эскадрильи RAF официально были переданы НОАЮ 15 июня 1945 г., образовав 1 -й истребительный полк возрожденных ВВС Югославии. Балканские же ВВС были расформированы 15 июля 1945г.