Визуальная ориентировка при выходе на курс осуществлялась через экран турели. Для определения аэронавигационных элементов пользовались прицелом ОПБ-2. Связь с летчиком при выходе на курс была только письменной- Оборудование для радиовождения отсутствовало. При астроориентировке высовывались с секстантом в верхний люк, но встречный поток воздуха мешал работе. Для уменьшения его напора требовался откидной козырек.
Прицельное бомбометание показало, что грубую наводку самолета на цель осуществлять трудно из-за отсутствия окон в носу лодки под турелью, поскольку цель быстро уходила под самолет. Сбрасывание производилось от ЭСБР-3 и АС-5.
Одной из задач военных испытаний было решение вопроса о гидродроме для МДР-6. Самолет мог храниться в ангаре и под открытым небом. Выводка из ангара, передвижение по площадке производилось с помощью трактора типа ХТЗ. В передвижении без трактора участвовала команд из 8 человек
Спуск и подъем с воды выполняли два водолаза и технический состав из 3 человек. Время спуска со снятием выкатного шасси составляло 3-5 минут, а время подъема с воды и установки шасси – всего 5-7 минут. При спуске самолет удерживался концом, закрепленным к хвостовому гаку. Для обслуживания самолета требовались: трактор ХТЗ, кран ППК-35, хвостовой подъемник самолета, катер «Ярославец», бензозаправщик БЗ-35, подогреватель моторов воздушного охлаждения АПВ-4Н, водомаслотермос ВМТ-35, автостартер ГАЗ-АА (для запуска в зимних условиях), трактор ЧТЗ (для буксировки на лыжах).
При эксплуатация лодки, монтажных и ремонтных работах не возникало проблем – в сравнении с рядом других самолетов. Заправка горючим от бензозаправщика Б3-35 двумя шлангами занимала 10 минут, а маслом – до 30 минут (ввиду малого сечения заливной горловины). Слив горючего происходил долго, спуск масла в холодную погоду затруднялся малыми сечениями кранов на выходе.
Смотровые люки по всему самолету были малы, что затрудняло осмотр и ремонт агрегатов. Доступ к мотору был хорошим, но имелись и недостатки. Например, невозможность просмотра и снятия задних свечей без съемки капотов, невозможность регулировки давления бензина мотопомпы на месте (приходилось ее снимать и раскапотировать мотор). Капотировки и раскапотировки мотора длились 1,5-2 часа.
В целом пришли к выводу о пригодности самолета к эксплуатации на спусках и гидродромах, существующих для самолетов типа МБР-2.
Эксплуатация вооружения на морских самолетах имеет некоторые особенности. При температурах ниже минус 20-25° количество отказов замков ДЕР-19 возрастало на самолетах с низким расположением крыла (типа МДР-6).
Соприкосновение с соленой морской водой требовало частой полной разборки и чистки замков, что увеличивает срок боеготовности самолета. На гидросамолете необходимо иметь механизацию, которая обеспечит подвеску бомб при любой летной погоде на суше и на воде с учетом перебазирования на оперативные аэродромы.
Опыт эксплуатации вооружения в морских условиях показывает, что плохая обработка деталей, отсутствие хорошего доступа для осмотра и чистки способствуют сильной коррозийности. Носовая стрелковая установка и кабина штурмана МДР-6 на рулежке и взлете заливались водой. После каждого полета турель и кабину тщательно чистили. Люковая стрелковая установка при открытии люка обливалась водой, что ухудшало маневр оружием на расчалке.
При наземных испытаниях и на плаву стрелковые установки «СЭТ» и «НУ» отклонений от норм прочности не имели. Люковая установка была отстреляна со стапеля (на заводских испытаниях).
При летных испытаниях маневрировать оружием и турелью «НУ» было возможно во всех положениях, на разных высотах и в разном обмундировании, разница заключалась в быстроте маневра. Вполне был возможен выбор прицельных углов обстрела, но только до крайних положений турели, где можно еще двигать пулемет.
Обзор обеспечивался экраном: в какую угодно сторону его не разверни, все точки передней полусферы находились в поле зрения стрелка. В механизме запирания экрана отсутствовали ограничители, что могло привести к прострелу винтомоторной группы. Питание пулеметов у испытателей никаких сомнений не вызвало. Вырез турельного кольца обеспечивал беспрепятственное проникновение к пулемету и возращение обратно в кабину.
На рулежке вследствие низкой осадки лодки происходило заливание водой кабины летчика, турели и пулемета, причем величина заливания зависела от силы ветра. Вода оставалась на дне кабины и при низких температурах замерзала, не оказывала влияния на работу огневой точки.
Самое удобное положение пулемета в воздухе, когда пользоваться им не нужно – это развернутая в правое крайнее положение турель и чуть приподнятый ствол пулемета. В таком положении не было задувания в кабину штурмана, и сам пулемет не мешал летчику пилотировать машину.
Кронштейн кислородного прибора, смонтированный на подвижном кольце турели, мешал ставить мешок для гильз и звеньев. Короткий шланг кислородного прибора не позволял произвести переход из средней точки в люковую без переключения на другой прибор, что затрудняло стрельбу. Приборная доска располагалась удобно – находясь у пулемета и повернувшись, можно было видеть показания приборов.