Неопределенность с двигателем Люльки могла очень не понравиться Сталину, особенно с учетом отрицательного результата в работах по самолету «БИ». Да и кое-какая разведывательная информация о разработках немецких авиаконструкторов в области реактивного самолетостроения начала к нам поступать. Поэтому в июне-июле 1943 г. руководство НКАП предприняло очередную попытку наметить собственный план работ по реактивной тематике. К сожалению, кроме В. Ф. Болховитинова, имевшего в этом деле наибольший практический опыт, а главное, без спроса к Сталину и Маленкову не «вылезавшего», и намечаемых экспериментальных исследований ЦАГИ и ЦИАМ рассчитывать было не на кого. Видимо поэтому направленный 22 июля 1943 г. в ЦК ВКП (б) проект постановления ГОКО о развертывании в НКАП работ по авиационным реактивным силовым установкам для создания реактивного самолета не содержал принципиально новых позиций и так и не воплотился в жизнь.
Пришлось дожидаться разрешения ситуации с конкурентом Костиковым. Хотя М.Р. Бисноват создал неплохой планер самолета, а Л.С. Душкин - новый ЖРД с тягой 1400 кг, разработку третьего важного компонента - ВРД (даже прямоточного, не говоря уже о ВРД с компрессором) в НИИ-3 осуществить не удалось. Костиков недооценил сложность задачи. В проект необходимо было внести коррективы: выпускать самолет как чисто ракетный перехватчик, что означало резкое сокращение продолжительности полета. И здесь генерал совершил еще одну ошибку - не оформил это изменение соответствующим постановлением ГОКО, а заручился только устным согласием Г. М. Маленкова. Вдобавок, сроки выпуска машины (март-май 1943 г.) оказались сорваны.
Лишь в начале октября первый опытный экземпляр самолета «302» смог взлететь, да и то на буксире, в качестве планера. Новый ЖРД конструкции Душкина находился еще на стадии стендовой доводки.
Руководители НКАП внимательно и ревностно наблюдали за развитием событий. Нарком Шахурин 22 октября 1943 г. направил Маленкову докладную записку «О реактивных самолетах» с анализом состояния дел в этой области. В ней констатировалось, что ни «БИ», ни самолет «302» Костикова с установкой одних только ЖРД не могут являться боевыми самолетами-перехватчиками из-за малой продолжительности полета и, главное, малого ресурса и ненадежности ЖРД. Причина виделась в одном: «ГИРТ не обеспечивает авиапромышленность необходимыми научно-исследовательскими и экспериментальными работами ввиду общей слабости лабораторий и неправильного уклона работы. Вместо решения самой насущной задачи быстрого создания реактивного двигателя разных схем и его доводки, институт занялся постройкой самолетов, затрачивая силы и время на обучение самолетному конструированию». И далее предложение: «Освободить ГИРТ в дальнейшем от постройки самолетов, перепрофилировав завод № 55 под постройку малых серий ЖРД».
Последовавшее в ГИРТ разбирательство показало, что А. Г. Костиков сумел настроить против себя не только НКАП, но и многих в собственном институте. В ЦК ВКП (б) пошли «сигналы», затрагивающие как производственную деятельность генерала, так и его негативные взаимоотношения с подчиненными. Обстановка накалялась. Костиков попытался перейти в контратаку и 6 декабря 1943 г. направил заместителю Председателя СНК В. М. Молотову докладную записку, где фактически признавал слишком малую продолжительность полета своего самолета. Он надеялся , тем не менее, на создание «воздушных авианосцев» - тяжелых бомбардировщиков (которых у нас почти не было) с подвешенными под ними ракетными перехватчиками. Однако основной целью записки был представленный там обширный и, надо сказать, более глубокий, чем в записке НКАП, анализ состояния и перспектив развития реактивной авиации и всех типов ракетных двигателей. Причины затяжки с созданием реактивных самолетов виделись Костикову в сложности и масштабности задачи, в необходимости участия в этом деле многих заводов, НИИ и лабораторий промышленности и Академии Наук, что выходило за рамки возможностей одной организации и даже одного наркомата. Как видим, от прежних «шапкозакидательских» настроений не осталось и следа. Предложение Костикова: «… для быстрого решения этой важной задачи необходимо создать Комитет реактивной авиации во главе с членом Государственного Комитета Обороны. Наличие Комитета позволит координировать все вопросы, связанные с реактивной авиацией, и эффективно использовать возможности всей промышленности, научно-исследовательских организаций с их лабораториями и опытными производствами и обеспечить делу реактивной авиации должный размах и развитие».
Так люди, ответственные за создание реактивной авиации в нашей стране, втянулись в борьбу единственно за возможность возглавить перспективное направление, вместо того, чтобы сосредоточить усилия на решении реальных технических проблем.
Развязка наступила в начале 1944 г. Силы противников оказались неравными: Костиков со своим «пестрым» по составу НИИ не смог противостоять наркомату, тем более, что прежние его заслуги уже забыли, а новых ни в авиации, ни в реактивной артиллерии на наблюдалось. Была создана специальная комиссия под председательством А. С. Яковлева для оценки деятельности ГИРТ. По результатам ее работы А. Г. Костикова признали виновным в срыве выполнения задания ГОКО по самолету «302», отстранили от руководства институтом. Вскоре он был репрессирован.