После длительных подготовлений, крайне затруднявшихся бдительностью украинских и немецких властей, отряд вылетел 16 сентября 1918 г. из Одессы в Екатеринодар. Вылетели следующие летчики и самолеты: полковник Руднев (Ньюпор), штаб-ротмистр Надеждин (Ньюпор), прапорщик Шевчук (Ньюпор), прапорщик Каминский (Ньюпор), лейтенант Ивашкевич (Ньюпор), лейтенант Ярыгин (Ньюпор), поручик Каминский (Декан) и поручик Энгельмейер (Ф-XXX).
Благополучно до Екатеринодара с посадкой у заранее подготовленной базы на о. Бирючьем и в Анапе, долетел только прапорщик Шевчук, лейтенант Ивашкевич и прапорщик Каминский разбили аппараты при взлете в Одессе. Полковник Руднев, вследствие порчи мотора, опустился между Николаевом и Херсоном и переодевшись в крестьянское платье, пробирался затем в Екатеринодар. Поручик Каминский, вынужденный из-за недостатка бензина опуститься на Тамани, в расположении большевиков, скапотировал и пешком пробрался в Темрюк, а оттуда в Екатеринодар. Штаб-ротмистр Надеждин, лейтенант Ярыгин и поручик Энгельмейер благополучно долетели до о. Бирючьего, где на самолетах штаб-ротмистра Надеждина и лейтенанта Ярыгина перестали работать моторы, вследствие чего дальнейший путь штаб-ротмистр Надеждин, лейтенант Ярыгин и поручик Энгельмейер совершили втроем на Ф-XXX. Над Керчью, вследствие порчи карбюратора, они принуждены были опуститься и были взяты в плен немцами, которые, продержав арестованных летчиков в крепости 1 месяц и 5 дней, под конвоем отправили их в Одессу для выдачи украинским властям. В Мелитополе летчикам удалось бежать и они прибыли в Екатеринодар.
Приказом Инспектора Авиации Добровольческой Армии от 17 октября 1918 г. полковнику Рудневу было поручено приступить к сформированию 3-го авиотряда, в который тем же приказом были назначены летчики поручик Скроботов и прапорщик Шевчук, а приказом № 38 от 1 ноября, летчики: ротмистр Надеждин, поручики Энгельмейер и Каминский и военно-морской летчик Ярыгин.
Приказом Инспектора Авиации от 7 ноября 1918 г., за № 44, вместо полковника Руднева (тогда еще капитана) командиром Отряда назначен ротмистр Надеждин.
Приказом Главнокомандующего от 21 ноября, за № 177, 3-й авиотряд был признан сформированным с 1 ноября, в составе трех Ньюпоров, Сопвича и двух Вуазенов, а 10 декабря 1918 г. вступил на фронт, будучи придан к оперировавшей в Донском бассейне группе войск генерал-лейтенанта Май-Маевского.
В апреле 1919 г. ротмистр Надеждин, переведшийся в гидроавиацию, сдал командование капитану Стройновскому. Вместе с ротмистром Надеждиным из отряда ушли поручик Энгельмейер, лейтенант Ярыгин и наблюдатель поручик Прокопенко. На их место разновременно были назначены: есаул Кованько, поручик Барковский и наблюдатели: есаул Просвирин (ныне — летчик), штабс- капитан Денисенко (ныне — летчик), штабс-капитаны Гурин и Яковлев, подпоручик Матисов, поручики Стрельцов и Байрунас и ротмистр Феоктистов.
Следуя с армией генерал-лейтенанта Май-Маевского, отряд имел стоянки в следующих пунктах: Розовка, Криничная Соль, Изюм, Балаклея и Харьков. Работа отряда, все время крайне напряженная, заключалась в разведке, бомбометании, рассеивании скоплений противника пулеметным огнем, разбрасывании прокламаций и фотографировании позиций неприятеля.
Из отдельных налетов заслуживают внимания: 1/ полет поручика Скроботова с прапорщиком Крючковым, на Вуазене, в конце апреля 1919 г., в районе ст. Волновах, где было замечено большое скопление противника; данные этой разведки послужили к принятию командованием мер, приведших к началу нашего прошлогоднего наступления; 2/ тогда же, вылетев из Кутейникова, на Вуазене, с наблюдателем прапорщиком Крючковым, поручик Скроботов имел в районе Ханжонков-Кирпичная первый в истории Добровольческой армии бой с двумя большевистскими самолетами (Ф-XXX и Ньюпор), которые были отогнаны; 3/ полет 12 июня 1919 г. капитана Стройновского с прапорщиком Крюковым, на Сопвиче, из Солей в Харьков для сбрасывания бомб и прокламаций; 4/ полеты прапорщика Шевчука, в декабре-январе 1918–1919 гг., для бомбометания с высоты 80-100 метров на Пологи, Гуляй-Поле; 5/ Групповые полеты, во главе с полковником Коноваловым, для бомбометания на Юзово и Никитовку и т. д.
После взятия Харькова, в июне 1919 г. отряд был отозван в Екатеринодар для перевооружения на Ариэйты, а в конце августа снова выступил на фронт, через Харьков, в Киев, где имел стоянки в Борисполе, Дарнице и на посту Волынском. Полетов в этот период вследствие туманов и ненастной погоды было мало. При оставлении Киева нашими войсками отряду, не имевшему паровоза, удалось вывезти часть своего эшелона с боевым имуществом лишь при помощи работы мотора одного иэ Ариэйтов, фюзеляж которого был накрепко привязан к товарной платформе. Вследствие загромождения путей отступавшими эшелонами, отряд долгое время стоял со своими эшелонами на посту Волынском, где 4 декабря, не взирая на сигналы и фонари, на эшелон налетел шедший полным ходом поездной состав тыловиков.
Из-за происшедшей катастрофы было утрачено почти все имущество отряда, личный состав которого добрался в Одессу, где на заводе Анатра летчики и начали собирать несколько старых самолетов. При эвакуации Одессы отряд погрузил на транспорт «Корнилов» и привез в Севастополь 6 Ньюпоров, 1 самолет «LF-9», 1 Ариэйт и 1 Анасаль. Начальник авиации Крыма полковник Усов приказал отряду сдать все Ньюпоры в Качинскую авиашколу, «LF-9» взял полковник Гартман, а Ариэйт был доставлен отрядом в Симферополь.
