В апреле 1942 г. из состава JG54 «Грюн Херц», находившейся на северном фланге Восточного фронта отозвали ещё одного аса планеризма гауптмана Вольфганга Шпёте 3* . Помимо испытательной работы, на Шпёте была возложена координация проекта. Поскольку количество построенных, хотя и пока ещё не имевших двигателей самолётов, постепенно увеличивалось, Шпёте начал формирование испытательной части Eprobungskommando 16 (ЕК 16), лётный состав которой должен был отработать тактику применения Ме163 и особенности эксплуатации ракетных истребителей. Уже летом к тренировочным полётам приступили обер-лейтенанты Йоганес Киль 4* , Герберт Лангер, Иозеф Пёс 5* и гауптман Антон Талер. Первым завершил курс учебной подготовки обер-лейтенант Йозеф Пёс, вскоре получивший досрочно звание гауптмана и оказавший помощь своим коллегам в прохождении подготовки.
Вскоре к группе опытных фронтовиков присоединилась и знаменитая немецкая лётчица Ханна Рейч, имевшая значительный опыт полётов на планерах. Быстро пройдя курс учебной подготовки, она вскоре получила допуск к полётам на Ме163А и Ме163В, но, впрочем, также быстро, хотя и не по своей воле, покинула ряды испытателей ракетопланов. Во время одного из полётов в момент взлёта на буксире за Bf110, который пилотировал Опиц, на Ме163В-05 не отделилась двухколёсная тележка. Поскольку взлётно-посадочная полоса была длинной, а высота полёта небольшой, Рейч отцепила буксировочный фал и попыталась приземлиться. Однако механизм фиксации шасси, видимо, уже был частично приведен в готовность сброса, и в момент касания колеса внезапно отстыковались от фюзеляжа. После нескольких прыжков самолёт управляемый Рейч, не смог выдержать направление посадочной глиссады и сошёл с бетонной полосы. В результате амплитуда ударов о грунт резко возросла, и Рейч в конце концов выбросило из кабины. Пробив головой остекление, она упала на землю на скорости около 70 км/ч, но, несмотря на это, осталась жива и была немедленно отправлена в госпиталь. В целом, надо признать, её состояние было существенно лучшем, нежели у Диттмара, попавшего в руки медиков на полгода раньше. Вышла она оттуда тоже раньше – уже через полгода – после двух операций.
Данная авария заставила разработчиков Ме163 более внимательно рассмотреть систему шасси ракетоплана. В частности, была существенно изменена конструкция посадочных полозьев, которые получили амортизаторы. Заметно изменилась и конструкция фик-саторов и системы сброса колёсной тележки.
Тем временем постепенно один за другим из заводских цехов выходили Ме163В. Первые два самолёта серии «В» (борт. VD+EK и VD+EL) были выпущены головным предприятием в Аугсбурге. Облёт первого из них состоялся 26 июля 1942 г. в Лехфельде на буксире за Bf110, а через два дня начался второй этап стендовых огневых испытаний двигателей HWK 109-509А. До конца месяца был готов второй Ме163В, но двигателисты доктора Вальтера пока не могли гарантировать надёжной работы своего детища. Не желая замедлять программу испытаний, Липпиш санкционировал установку на Ме163В-2 (борт. VD+EL) сравнительно неплохо освоенного двигателя HWK R II-203b. Поскольку боевой ракетоплан имел заметно большую массу, нежели Ме163А, то с целью компенсации возросшей массы конструкции было решено залить топлива только на две минуты полёта. 17 августа 1942 г. эта машина, пилотируемая Опицем, впервые самостоятельно оторвалась от взлётно-посадочной полосы. В начальной стадии набора высоты пилот преждевременно сбросил тележку, и машина тут же получила чувствительный удар отскочивших подобно мячику от бетона колёс. К счастью, конструкция самолёта не получила серьёзных повреждений, но в одном из двух баков с окислителем, находившихся по обеим бортам пилотской кабины возникла трещина, и кабина начала наполняться ядовитыми парами «состава Т». Несмотря на то, что полётное задание включало взлёт и выполнение круга над аэродромом на высоте не более 2000 м, Опиц, будучи опытным лётчиком-испытателем, экипировался по полной программе – лётные очки и кислородная маска были с момента запуска на своих местах. Это его и спасло в атмосфере ядовитого тумана. В остальном полёт прошёл нормально, и это вызвало в среде разработчиков новую волну энтузиазма. Спустя много лет после войны Александр Липпиш вспоминал, «никто из нас не сомневался в успехе программы. Возможности новой машины были настолько потрясающими, что у нас даже мысли не возникало о том, что все наши усилия окажутся напрасны, и Германия, в конце концов, проиграет эту войну. Мы работали как одержимые. После каждого испытательного полёта в конструкцию самолёта вносились какие-либо улучшения, и постепенно из опытного летательного аппарата он превращался в боевой перехватчик.». Одним из результатов полёта 17 августа стало появление маленькой форточки, открываемой изнутри и предназначенной для проветривания.
Между тем, сборку остальных Ме163В перевели на одну из сборочных линий предприятия в Обертраублинге, находившегося на окраине Регенсбурга. Туда же переместился и лётно-технический состав Eprobungskommando 16, который к моменту первого самостоятельного взлёта Ме163В насчитывал две эскадрильи по 12 пилотов в каждой и пять человек командного состава
