Практически одновременно началась и отработка бортового вооружения. Первоначально было решено установить две 20-мм автоматические пушки MG151/20E с боезапасом по 100 снарядов. Хотя на поршневых «мессерах» и «фокерах» эта артсистема прекрасно себя показала, её существенно более высокие поражающие характеристики по сравнению с MG FF, имевшей тот же калибр, всё же не в полной мере удовлетворяли конструкторов реактивных машин. Но пока это было лучшее, что имелось в распоряжении конструкторов зимой 1941 – 1942 гг.
Существенные претензии имелись и к силовой установке. Основных было две: 950 кг окислителя «Т» и топлива «Z» «вылетали в трубу» двигателя HWK R II-203b в течение всего 4,5 минут. Невысокой была и надёжность силовой установки. Одной из причин этого было то, что в случае неправильной регулировки подачи окислителя, топливо могло попросту «забить» двигатель, поскольку горение при «сбросе газа» в камере сгорания проходило неустойчиво. Более того, недостаточная точность регулировки подачи топлива и окислителя в камеру сгорания могли привести к взрыву. Причём надо отметить, что два таких инцидента имели место. Один из них произошёл в Кумерсдорфе, где в результате взрыва HWK R II-203b практически полностью было разрушено здание, а второй – в испытательной станции в Траэне. В обоих случаях не обошлось без жертв.
В результате топливо «Z» заменили на состав «С», представлявший собой трёхкомпонентную смесь, 30% которой составлял гидразингидрат, 58% – метанол, а остальные 12% – вода. Бесцветная жидкость с запахом аммиака была чрезвычайно токсична, при попадании на кожу вызывала ожоги, а в присутствии окислов железа мог произойти самопроизвольный взрыв. Окислитель – состав «Т», впрочем, тоже был «отнюдь не компотом». Причина заключалась в том, что 80% перекись водорода (в отличие от более слабых концентраций этого вещества применяемых в косметике и медицине) является нестабильной и в присутствии тех же самых окислов железа бурно разлагается вплоть до взрыва. При попадании на кожу также вызывает ожоги, а её пары, попавшие в кабину, заставляли слезиться глаза пилотов. Достоинств у этой «сладкой парочки» было два: соединившись, они образовывали самовоспламеняющееся топливо, а емкости для хранения топлива и баки Ме163 можно было промывать обычной водой.
В ходе длительных и чрезвычайно опасных опытов двигателисты и химики выяснили, что наибольший эффект достигается при соединении 100 весовых частей состава «Т» и 36 частей состава «С». В ходе химической реакции, сопровождаемой колоссальным выделением тепла, компонентами выхлопа был азот, двуокись углерода и вода. При этом скорость истечения газов из камеры сгорания составляла 1700 м/с. На малой тяге выхлопные газы имели ярко-красный цвет, а на режиме «максимал» – почти бесцветный жёлто-зелёный.
Основным элементом будущего серийного самолёта был, конечно, новый ракетный двигатель Вальтера R II-211, получивший серийное обозначение HWK 109-509А. Двигатель работал по «горячему циклу» и, как тогда предполагалось, должен был иметь регулируемую тягу в диапазоне от 100 до 1500 кг. Согласно расчётам предполагалось, что расход топлива на форсаже не будет превышать 3 кг в секунду. Практически полностью изменив внутреннюю компоновку, Липпиш разместил во внутренних баках самолёта, сохранившего свои основные размеры, свыше 1660 литров топлива и окислителя, что теоретически обеспечивало 12 минут моторного полёта. Предполагалось, что на взлёт и набор высоты 12.000 м уйдёт три минуты, после чего тягу предполагалось уменьшить, переведя двигатель на маршевый режим, что обеспечивало 30-минутный полёт на скорости около 950 км/ч. В результате боевой радиус действия ракетного перехватчика на бумаге получался 240 км, что практически соответствовало аналогичному параметру Bf109, но при почти вдвое большей крейсерской скорости!
Правда, когда началась разработка серийного варианта Ме163, которому даже присвоили обозначение Lil63S, в распоряжении Липпиша не имелось даже макета двигателя HWK 109-509А. Единственно на что могли рассчитывать его сотрудники, так это на то, что конструкторское бюро Вальтера не выйдет за пределы геометрических и весовых ограничений, согласованных в последней декаде декабря 1941 г. Впрочем, такая «мелочь», как отсутствие силовой установки, конечно, не смутила Липпиша, и постройка серийных образцов продолжалась довольно высокими темпами, хотя и не такими, как планировалось вначале, что и привело к сокращению финансирования программы.
Последний факт обычно связывают с самоубийством Эрнста Удета, которое произошло 17 ноября 1941 г. Сменивший его Эрхард Мильх имел куда более высокий уровень технического образования, и уже поэтому многие научно-технические достижения рассматривал с точки зрения экономики государства, ввязавшегося в войну на истощение. Однако отказываться от перспективных разработок (а то, что реактивные двигатели являются недалёким будущим авиации, понимали уже многие) Мильх не собирался, он лишь с большей эффективностью старался использовать имеющиеся в его распоряжении средства.
