В 1946 г. МиГ-9 оснастили подвесными топливными баками на 260 л каплевидной формы, которые подвешивались под законцовки крыла. Дальность полета с ними увеличилась до 1100 км, но скороподъемность ухудшилась. На высоту 5000 м самолет стал забираться почти на 2 мин дольше (6,25 мин). Практический потолок уменьшился на 200 м.
Весной 1947 г. завод № 1 построил первые 48 самолетов МиГ-9. Смежники не поставили пушки в срок, и все истребители имели вместо них макеты. Машины были отправлены по железной дороге в Москву для участия в параде, намеченном на 1 мая. Смотр прошел успешно, а после него состоялось совместное совещание командования ВВС, руководства МАП, летного и технического составов по первым итогам эксплуатации МиГ-9. Вначале выступил командующий ВВС маршал К.А. Вершинин и заявил, что, хотя истребитель и может считаться современным боевым самолетом, передавать его на вооружение частей еще нельзя. Отмечены десятки недостатков, которые можно устранить только на заводе или при участии заводских представителей. 16 мая вышло постановление Совмина СССР о временной приостановке производства и устранении дефектов. Через пару месяцев выпуск МиГ-9 возобновили.
В том же году в воздух поднялась первая модификация истребителя — учебнобоевой двухместный МиГ-9Т (И-300Т или «ФТ-1»), разработанный в соответствии с постановлением правительства № 493- 192сс от 11 марта 1947 г. Вторую кабину для инструктора разместили на месте топливного бака № 1. Фонарь у обеих кабин был общим. Передняя кабина закрывалась откидной вправо секцией, а задняя — сдвижной. По отзывам летчика-испытателя Галлая, совершившего на МиГ-9Т первый полет 7 июня 1947 г., обзор из задней кабины был очень плохой, видимость инструктору закрывал козырек первой кабины, и самолет забраковали. Выявленные недостатки удалось устранить за месяц.
25 августа Галлай облетал новый вариант спарки — «ФТ-2». Обзор улучшили, изменив форму передней неподвижной части фонаря. На крыло поставили воздушные тормоза, которые давно просили пилоты боевых машин. Уменьшение запаса горючего компенсировали за счет подвесных баков. Госиспытания двухместного МиГ-9 прошли в сентябре-ноябре. По их результатам машину приняли на вооружение. В 1948 г. ей присвоили обозначение УТИ МиГ-9 «Спарка» без подвесных баков показывала лучшую маневренность, чем одноместные самолеты. Радиус виража на высоте 1000 м уменьшился на 50 м, а время — на 2-4 с. Улучшение маневренности получилось за счет удаления одного топливного бака, самолет стал легче на 124 кг, и нагрузка на крыло уменьшилась. В мае 1948 г. должны были начать серийное производство «спарок», но это решение отменили. Всего построили 2 самолета.
В сентябре 1947 г. на втором опытном образце УТИ МиГ-9 испытывали катапультируемое кресло, спроектированное в ОКБ Микояна конструктором С.Н. Люшиным на основе немецких кресел. 14 июля 1948 г. летчик-испытатель Г.А. Кондрашов совершил первое катапультирование из задней кабины УТИ МиГ-9. Перегрузка в момент выстрела составила 18д. Самолет летел на приборной скорости 450 км/ч и высоте 2800 м. Далее к испытанию кресла подключились парашютисты-испытатели А.В. Быстров и Н.Я. Гладков. Всего провели 15 катапультирований. Кресло приняли на вооружение и установили на МиГ-9М.
Попытка поставить тормозные щитки на боевой МиГ-9 была предпринята в 1947 г. Щитки по типу УТИ МиГ-9 имели прямоугольную форму и представляли собой поворотную секцию закрылка. Выпуск щитков производился пневматической системой, при этом они поворачивались на 90' и занимали положение, перпендикулярное воздушному потоку.
Первый полет одноместного МиГ-9, оборудованного щитками, состоялся 8 апреля 1947 г. Испытания прошли успешно, и в план серийного производства на следующий год включили выпуск истребителей с тормозными щитками, но ни одного такого самолета так и не построили, т.к. выпуск МиГ-9 в конце 1948 г. прекратили.
Всего выпустили 19 серий общим числом 609 самолетов. В 1946 г. — 15 машин, в 1947 г. — 292 (2 планера для обучения технического состава) и в 1948 г. — 302. Причем только в последний год производства на серийные МиГ-9 начали устанавливать переднее бронестекло.
В период серийного производства ОКБ-155 занималось совершенствованием машины. Так как стрельба из 37-мм пушки все еще могла привести к остановке двигателей, микояновцы попытались устранить этот недостаток переносом орудия на левый борт. Самолет получил обозначение И-302 («ФП»). Его первый полет прошел 12 сентября 1947 г. под управлением летчика-испытателя А.Н. Чаромского. Стрельбы показали, что изменений к лучшему не наступило. В феврале 1948 г. И-302 участвовал в исследованиях штопорных характеристик, в том числе с использованием противоштопорных ракет.
24 мая 1947 г. летчик-испытатель В.Н. Юганов совершил первый полет на И-307 («фф»), оснащенном форсажным двигателем BMW 003 с максимальной тягой 1050 кг, который немцы начали делать еще во время войны. После разгрома Германии на базе завода в Унзебурге советская администрация создала конструкторское бюро ОТБ-2, которое возглавлял А.М. Исаев, а конструктором у него числился немец доктор Карл Престель (Carl Prestel). Престелю удалось довести ТРД с форсажной камерой до стендовых испытаний.
