Иракцы постоянно нарушали достигнутое соглашение: их истребители то и дело появлялись в воздушном пространстве южной зоны, время от времени ЗРК и зенитки обстреливали союзные самолеты, сухопутные части с бронетехникой и артиллерией совершали марши южнее 32-й параллели. Когда союзники считали, что «Саддам зарывается», они организовывали довольно крупные операции, в ходе которых совершали массированные налеты на Багдад и расположенные в его окрестностях объекты. При этом часто страдало гражданское население.
Одной из наиболее крупных операций подобного рода был «Лис пустыни» (Desert Fox), которая прошла 16-19 декабря 1998 г. С британской стороны в ней участвовали 26 самолетов различных типов, в т.ч. 2 заправщика VC10, 18 GR.Mk 1 и 6 FMk 3. Целями для них были: 6 позиций ПВО, казармы Республиканской гвардии в Эль-Куте, штаб-квартира службы безопасности, узлы связи, авиаремонтный комплекс в н.п. Ас-Сахра, где шло переоборудование в БПЛА самолетов L-29 (союзники подозревали, что Хусейн собирается их использовать в качестве носителей химического и биологического оружия). Всего «Торнадо» совершили 28 вылетов, сбросив 48 «Пэйвуэй» II и 4 «Пэй-вуэй» III. Подсветка осуществлялась при помощи TIALD. Точность оказалась высокой: лишь 15% бомб не попали в цель. Практически все объекты, в т.ч. и авиаремонтный комплекс, были либо уничтожены, либо надолго выведены из строя.
Перехватчики вновь вели многочасовые патрулирования, но противника так и не встретили. Лишь однажды был шанс перехватить иракский МиГ-23, пытавшийся сбить беспилотный разведчик Predator, но вовремя предупрежденный с земли об опасности «сокол Саддама» отказался от боя и ушел восвояси.
«Торнадо» F.Mk 3 (per. № ZG753 / килевой код НН) из 111-й эскадрильи RAF. Шотландия, 24 февраля 2005 г.
«Торнадо» GR.Mk 1А (per. № ZA398 / килевой код S, сер. № BS065) из 2-й эскадрильи RAF. Англия. 19 мая 1999 г.
«Торнадо» GR.Mk 1 (килевой код GY) в окраске, типовой для операции «Буря в пустыне». Эскадрилья неизвестна. Самолет вооружен двумя УР ALARM. Конец 1990 г.
«Торнадо» GR.Mk 1А (per. №ZA371 / килевой код С, сер. №. BS053) из 2-й эскадрильи RAF. Англия, март 1995 г.
«Торнадо» IDS (код 43+87, per. № 226, сер. № GS060/4087) авиации Бундесмарине готовится к дозаправке от британского танкера VC10 в ходе учений Frisian Flag. Англия, 30 сентября 1999 г.
«Торнадо» IDS Королевских Саудовских ВВС. Конец 1980-х гг.
«Торнадо» IDS (код 45+79, per. № 694, сер. № GS220/4279) из эскадры JBG 31 Бундес люфтваффе. Англия, Фейфорд, 23 июля 1999 г.
«Торнадо» IDS (код ММ.7005, per. № 094, сер. № IS004/5007) из 156-й группо ВВС Италии. Англия, Фейфорд, 11 июля 2007 г.
В марте 2003 г. для иракского диктатора пробил «час ноль». Вооруженные силы США совместно с союзниками приступили к «окончательному решению иракского вопроса», начав операцию «Свобода для Ирака» (Iraqi Freedom). Соединенное Королевство отправило в помощь Вашингтону свой контингент, который действовал в рамках собственной операции Telic. Среди прочей авиатехники были привлечены 44 «Торнадо». В Кувейте, на Али-аль-Салем, базировались 18 GR.Mk 4 из состава II, 9-й, 31-й и 617-й эскадрилий RAF. На базе Эль-Удейд в Катаре располагались еще 12 «четверок» из II, 12-й и 617-й АЭ. Саудовская база Принц-Султан стала родным домом для четырнадцати перехватчиков FMk 3 из 43-й и 111-й эскадрилий.
Боевые действия начались 20 марта 2003 г. В этой кампании тактика применения «Торнадо» и используемое вооружение претерпели значительные изменения. Полеты у земли выполнялись редко, удары старались наносить из зон вне досягаемости низковысотных средств ПВО противника, кассеты и свободнопадающие бомбы использовали лишь в 20% вылетов. Зато экипажи «Торнадо» активно применяли управляемое оружие, в т.ч. его новые образцы. Так, 21 марта состоялся дебют крылатых ракет «Сторм Шэдоу». В тот день звено 617-й эскадрильи отправилось на задание, и под фюзеляжем каждой машины было подвешено по две КР. На маршруте англичане встретили сильный зенитный огонь. Один из ведомых, выполняя энергичный маневр уклонения от выпущенной по нему ЗУР, сбросил ПТБ. Оставшийся запас топлива не позволил экипажу продолжить выполнение задания, и он вернулся на базу. Коллеги действовали более успешно и произвели пуски ракет, которые поразили выбранные цели.
На следующий день впервые против РЛС противника была применена модернизированная ALARM Mk 2. В общей сложности до 15 апреля; дня официального завершения этой войны, с «Торнадо» было запущено 47 таких ракет и 27 «Сторм Шэдоу». По результатам испытаний в реальных боевых условиях обе системы получили рекомендации к принятию на вооружение RAF.
Как пишут британские источники, авиация столкнулась с достаточно сильным противодействием ПВО: на каждый самолет пришлось по 8-10 выпущенных зенитных ракет. Но противнику не удалось сбить ни одного «Торнадо». Тем не менее, от одного экипажа Фортуна отвернула свой лик. 23 марта борт ZG710 из 9-й эскадрильи, возвращаясь с задания, направлялся к Али-аль-Салему. Машина шла с постоянным снижением, и, когда оказалась на высоте порядка 5500 м, ее внезапно потряс сильный удар. Самолет взорвался, при этом погиб экипаж в составе флайт-лейтенантов Кевина Барри Мейна и Дэвида Рис Вильямса. Оказалось, что англичане стали жертвами «дружественного огня» американского ЗРК Patriot. Его расчет принял «Торнадо» за противорадиолокационную ракету противника (самолет имел характерный для нее профиль полета – по прямой со снижением).