В 1986 г. в полках корабельной штурмовой авиации произошли оргштатные изменения, в результате которых удалось избавиться от самолётов МиГ-21, которые не пришлись ко двору и принесли четыре катастрофы (две в ВВС СФ и две в 33-м центре). Решили, что Су-25 вполне их заменят, тем более что ВВС также начали избавляться от МиГ-21.-
Д.Ф. Устинов осматривает Ту-144
Ту22М2
Усиление штурмовой авиации берегового базирования происходило и за счёт переучивания на более совершенные, но столь же не отвечающие потребностям и интересам авиации флотов Су-17МЗ.
Продолжалось усиление противолодочной авиации: поступил ДПЛС Ту-142М, корабельные вертолёты второго поколения Ка-27, транспортно-десантные Ка-29, приобретено несколько лёгких вертолётов "Четок" (К-1) индийского производства с принятием в эксплуатацию приказанием главкома ВМФ от 22 февраля 1984 г.
Продолжались дальнейшие работы по совершенствованию противолодочных сил и средств.
В отличие от ПЛА, количество разведывательных самолётов сокращалось, а их возможности снижались. Лишь один полк ВВС БФ в 1985-1986 г. переучился на Су-24МР. По всем данным разведывательная авиация вступала в завершающую фазу своего существования.
На качестве поступающей техники сказывался монополизм отдельных конструкторских бюро, имевших строго определённую, на уровне своего потенциала ориентацию в вопросах строительства ЛА, а также оборудования и оружия. Ввиду начавшихся урезаний ассигнований на оборону возникли сложности с заданием конкурсных разработок и организацией фундаментальных научных исследований. Объём государственных испытаний авиационной техники нередко сокращался, полученные результаты завышались. Продолжала углубляться устойчивая тенденция к сближению интересов военных руководителей высокого ранга с представителями промышленности в ожидании подачек в виде лауреатов различных премий, государственных наград, оплачиваемых фирмами зарубежных поездок на авиасалоны, а то и просто в экзотические страны на всевозможные выставки.
В этой связи можно привести очень наглядный пример. На всех этапах разработки СВВП Як-38 активную помощь ОКБ оказывал А.А. Мироненко. Ему же принадлежит громадная заслуга в обеспечении подготовки лётного состава. Учитывая эти обстоятельства, А.А. Мироненко включили в список на присвоение звания лауреата государственной премии. Но вследствие ухода с занимаемой должности его из списков исключили и вписали фамилию вновь назначенного командующего авиацией ВМФ генерал-полковника авиации Г.А. Кузнецова, весьма далёкого от проблем, связанных с Як-38.
Не совсем объяснимые процессы наблюдались в ряде отраслей промышленности, и в частности в судостроении. В обстановке, когда следовало бы ужесточить требования к промышленности и повысить качество разработок, через согласующие органы и правительство прошло Постановление, которое позволяло предприятиям ВПК выпускать, а флоту принимать боевые корабли без вооружения и оборудования, если руководители с этим согласятся.
Военный совет ВМФ принял постановление, в котором рекомендовал авиации "продумать" целесообразность придания ВМФ функции заказов морской авиационной техники. Руководство морской авиации подготовило соответствующий документ, в котором соглашалось с подобным подходом, и в обоснование его вернулись к событиям более чем тридцатилетней давности (1955).
Реорганизация (когда авиация ВМФ лишилась заказывающих органов и др. организаций) привела к тому, что все вопросы развития, разработки, испытаний и заказов авиационной техники оказались в ведении ВВС. В период, когда корабельная, противолодочная, разведывательная авиация, предназначенные для решения задач на море, находились на начальном этапе своего развития, это еще было оправдано. Однако теперь, со специализацией морской авиационной техники, особенно в части создания корабельных самолётов и вертолётов, увязки их бортовой радиоэлектронной аппаратуры с корабельными системами, разноведомственность стала тормозить развитие авиации ВМФ.
В этой обстановке заслуживает внимания создание в соответствии с директивой Генерального штаба научно-исследовательского подразделения проблем эксплуатации и ремонта авиационной техники ВМФ на правах научного управления в ГОСНИИ ЭРАТ в конце 1987 г. Для проведения экспериментальных работ в институте выделили помещения для лабораторий с образцами самолётов Як-38, вертолетов Ка-27, средств поиска и поражения ПЛ, системы дешифрирования средств объективного контроля, другое оборудование, а также самолёт-лабораторию Ан-26. Наибольшее внимание обращалось на исследование образцов техники и оружия, состоявших на вооружении авиации ВМФ, научное сопровождение самолётов-амфибий и экранопланов после их передачи авиации ВМФ. Была подготовлена эксплуатационно-техническая документация по экранопланам и предложения по их дальнейшему совершенствованию. Специалисты управления принимали активное участие в заводских и государственных испытаниях ТАВКР "Кузнецов".
К началу 1980-х годов в боевом составе флота находилось три корабля с групповым базированием авиации и до 60 кораблей, на которых эпизодически базировались один-два вертолёта, в связи с чем возникла необходимость если не обучения, то хотя бы ознакомления флотских офицеров с некоторыми документами.