1990-е гг. входивших в состав 138-й авиационной бригады. Эскадрилья также действует в интересах сил специального назначения и отвечает за аэрофотосъемку. На вооружении 138-й АЭ состоят пять самолетов Ан-26 (в пригодном к полетам состоянии находится один самолет), два Як-40 (один Як-40 в 2006 г. был приобретен у гражданской югославской авиакомпании), в том числе бывший РЭБовский самолет, сохранивший дополнительные антенны. В эскадрилье также имеется два D-28D2, вертолеты Ми-8 и «Газель».
В Батайнице базируется 1-е разведывательное авиационное звено: один самолет L-15M (МиГ-21М, оснащенный аэрофотоаппаратом КА-112А), и два L-17K (МиГ-21 бис с аэрофотоаппаратами «Vinten»); на звено возложены задачи ведения стратегической разведки.
На авиабазе Батайница также находится Летно-испытательный центр, который не входит в состав ВВС и ПВО Сербии, а с июля 2005 г. напрямую подчиняется Генеральному штабу вооруженных сил Сербии. В конце 2006 г. в центре имелось: один самолет J-22, один NJ-22. два N-62, один V-53. два N-60S (G-2 «Галеб») и два вертолета «Газель».
В первой половине 2007 г. части ВВС и ПВО Сербии, дислоцированные в Ла-девичах и Нише, предполагалось объединить в 98-ю авиабазу (по номеру базирующегося в Ладевичах 98-го истре-бительно-бомбардировочного авиаполка). Во второй половине 2006 г. в состав 98-го полка входило две эскадрильи - 241-я (десять J-22/NJ-22 и один N-62) и 252-я; в ноябре 2006 г. 252-ю эскадрилью перебазировали в Батайницу. В Ладевичах в 2006 г. также базировалась 353-я разведывательная авиационная эскадрилья (восемь IJ-22 и два INJ-22). На аэродроме Ниш дислоцировался 119-й вертолетный полк: 47 вертолетов Ми-8 и «Газель».
В состав 98-й авиабазы (Ладевичи) должны войти 241 -я истребительно-бом-бардировочная эскадрилья (самолеты J-22/NJ-22 и N-62), 714-я вертолетная противотанковая эскадрилья (вертолеты HN-42M «Гама») и разведывательное звено (самолеты 1J-22 и INJ-22). Аэродром Ниш также должен стать частью 98-й авиабазы, местом дислокации 119-й смешанной вертолетной эскадрильи, сформированной на базе 712-й противотанковой и 780-й транспортной вертолетных эскадрилий 719-го вертолетного полка.
Перспективным планом к 2010 г. боевой состав ВВС Сербии планируется сократить всего до четырех эскадрилий: истребительной, смешанной учебно-тренировочной, смешанной транспортной и эскадрильи боевых вертолетов.
В начале века ВВС Югославии оказались в состоянии глубочайшего кризиса, усугубленного нехваткой топлива и запасных частей. В 2005 г. средний налет на одного летчика оказался самым низким за всю историю ВВС Югославии - шесть часов! В 2006 г. средний налет вырос до 15 ч, а в 2007 г. его планируется довести до 30-40 ч (почти как в ВВС России…).
Осенью 2005 г. на совещании у президента Бориса Тадича был поднят вопрос о ликвидации ВВС вообще. Большая часть парка летательных аппаратов нуждается в незамедлительном ремонте. На 2007 г. правительство страны выделило на проведение ремонтных работ дополнительно 30 млн. евро, на которые предусмотрено прежде всего «поставить на крыло» все самолеты МиГ-29 (четыре боевых и одну спарку), а также, если позволят средства, отремонтировать один Ан-26, два вертолета Ми-17, три Ми-8 и два Ми-24. Капитальному ремонту подлежат еще порядка 20 самолетов «Орао», «Галеб» и вертолетов «Газель». Примерно на сотне летательных аппаратов запланирован мелкий и средний ремонт.
В сентябре 2004 г. ВВС Сербии и Черногории были довольно масштабно представлены на авиашоу CIAF'2004 в Брно, Словакия. В Брно прибыло пять реактивных самолетов (два G-4 «Супер Галеб», два NJ-22, два J-22) и самолет обеспечения Ан-26.
Самолеты «Галеб» и «Орао» с временными опознавательыми знаками ВВС Сербии
Вертолет НТ-40Е - Ми-8Т с установленной аппаратурой РЭБ
Нормализация отношений с НАТО началась еще в 2002 г., когда 25 апреля Югославия присоединилась к программе «Партнерство ради мира». Визит двух истребителей F-16CG из 510-й тактической истребительной эскадрильи ВВС США на авиабазу Батайница состоялся 23-24 июня 2006 г. В воздухе на подходах в Батайнице американские истребители встретила пара МиГов (МиГ-21 бис и МиГ-21 УМ) из 204-го иап. Четверка самолетов прошла на малой высоте над Батайницей, «знаменуя новые, партнерские, отношения между недавними оппонентами», - так писала западная пресса. Один из истребителей F-16 пилотировал майор Эндрю Уилз, который принимал участие в операции «Союзническая сила», тогда он служил в 555-й истребительной эскадрильи. Майор Уилз дал интервью сербским СМИ, где отметил, что в 1999 г. он, как любой солдат, всего лишь выполнял приказ. Однако Эмир Жижич тоже выполнял приказ, за что и получил 20 лет заключения.
В целом же визит американских истребителей вызвал в Сербии резко негативную реакцию, что неудивительно. К примеру, в Брно во время авиашоу CIAF американские пилоты не очень тактично подшутили над русским летчиком. В ответ образовалась славянская коалиция в лице сербов, чехов и словаков, «боевые действия» со стороны которой остановили лишь «дипломатические усилия» представителей России.