Тем не менее эффект от воздушной операции НАТО в долговременной перспективе сказался самым негативным образом. Из-за нехватки запасных частей и невозможности ремонта аэродромы превращались в «железные ряды», в которых самолеты доживали (догнивали) свой век - очень знакомая ситуация… В относительно короткий срок были восстановлены лишь ангары на авиабазах Батайница и Ладевичи, однако их использовали не для стоянки самолетов, а для проведения регламентных и ремонтных работ - по-русски это называется ТЭЧ. Ощущалась острейшая нехватка керосина, потребность в авиационном топливе в 2003 г. была удовлетворена всего на 20% от количества, необходимого для поддержания минимального уровня боеготовности. Весной 2004 г. были прекращены полеты пяти уцелевших после войны самолетов МиГ-29 (четыре боевых, одна спарка). Переговоры о ремонте и продлении ресурса МиГов велись с представителями 121-го АРЗ (Кубинка), но заинтересованные стороны тогда не сошлись в цене. Сдвиг в положительную сторону все-таки наметился. В 2002-2004 гг. прошли ремонт десять истребителей МиГ-21, на двух МиГ-21 бис были установлены контейнеры с аэрофоаппаратами Vinten (такими АФА оснащены разведчики IJ-22); разведчики МиГ-21 Р с контейнерами Vinten сняли с вооружения по выработке ресурса планеров. Начались летные испытания легкого ударного самолета G-4M «Супер Га-леб». До 1992 г. было построено 85 самолетов G-4 «Галеб» для ВВС Югославии и шесть - для Мьянмы, По Дей-тонским соглашениям югославским ВВС разрешалось иметь в своем составе 28 вооруженных самолетов G-4, еще три «Галеба» в конце 1990-х - начале 2000-х гг. использовались в качестве буксировщиков мишеней.
Программа модернизации учебно-тренировочного самолета в легкий штурмовик была инициирована еще в середине 1980-х гг., но начавшиеся вооруженные конфликты не позволили ее тогда реализовать. В отсутствии средств, необходимых для закупки новых самолетов, командование ВВС Югославии вынужденно вернулось к плану модернизации «Галеба». НИОКР и модернизацию УТС в ударные машины планировалось проводить на фирме SOKO в Мостаре, но после выхода Боснии из состава Югославии все работы были перенесены в Сербию на завод фирмы UTVA в Панцево. В прототип самолета G-4M был модернизирован самолет G-4 (23646) из 252-й истребительно-бомбардировоч-ной эскадрильи. У самолета G-4M по сравнению с G-4 значительно увеличены боевые возможности: четыре под-крыльевых пилона, предназначенных для подвески боевой нагрузки, усилены (на один внутренний пилон можно подвешивать груз массой до 500 кг вместо 350 кг, на внешний - 350 кг вместо 250 кг); на законцовках крыла смонтированы пилоны для подвески ракет воздух-воздух Р-60. В ассортимент боевой нагрузки включены 100-кг британские кассетные бомбы BL-755 и американские УР AGM-65B «Мэйверик». Подфюзеляжный узел подвески на «Га-лебе», предназначенный только для установки пушки ГШ-23, на «Супер Га-лебе» доработан под установку сбрасываемой боевой нагрузки или дополнительного топливного бака. Максимальная масса боевой нагрузки самолета G-4M составляет 1950 кг, на 34% больше, чем у самолета G-4.
Из-за увеличения массы самолета летные характеристики модернизированной машины несколько снизились. Прототип поступил в Летно-испытатель-ный центр в Батайнице летом 1998 г., 22 марта 1999 г летчик-испытатель полковник Драгое Грожданович выполнил на нем первый полет, а через два дня началась операция «Союзническая сила». С прототипа сняли пилоны для ракет Р-60, которые были использованы для изготовления импровизированных же зенитно-ракетных комплексов. После окончания войны прототип вернули на завод фирмы UTVA для выполнения ремонтных работ. Вторично «Супер Галеб» появился в испытательном центре летом 2001 г., летные испытания начались в марте 2002 г.
Критическое положение сложилось с транспортной авиацией - из девяти Ан-26 в пригодном к полетам состоянии оставалась всего одна машина, построенная в 1984 г., борт 71386, К настоящему времени положение по части транспортных самолетов не улучшилось. Для VIP-перевозок использовался один Як-40, построенный в 1972 г.; всего в ВВС имелось четыре Як-40, но три самолета в мае 2004 г. были проданы частной компании из Черногории. Из двух D-28D2 поддерживался в пригодном к полетам состоянии один (за счет второго), он использовался в интересах военно-топографической службы, выполняя аэрофотосъемку и картографирование местности.
При довольно внушительной численности транспортных вертолетов (два Ми-17 и 29 Ми-8), реально пригодными к полетам оставалось не более десятка геликоптеров. В 2005 г. речь шла о замене вертолетов Ми-8 новыми машинами, аналогичной грузоподъемности и пассажировместимости, однако планы остались планами - нет средств.
Лучше всего обстояли дела с вертолетами «Газель». Процент пригодных к полетам «Газелей» был самым высоким среди летательных аппаратов всех типов (всего в начале века в ВВС Югославии насчитывалось порядка 70 «Газелей» модификаций SA.341Н (HN-42M) и SA.341L (HN-45M)).
В октябре 2001 г. впервые публично были продемонстрированы два боевых вертолета Ми-24В, но «крокодилы» относились не к ВВС, а к спецназу.