Сразу после событий 1999 г. в высшем эшелоне вооруженных сил Югославии началась дискуссия на тему «как нам обустроить ВВС» с учетом недавнего боевого опыта. Возобладало мнение о необходимости упразднить ВВС, сделав отдельно авиационный корпус и отдельно корпус ПВО. На корпус ПВО возлагались бы задачи защиты от воздушного нападения и завоевания превосходства в воздухе, на авиационный корпус - авиационная поддержка сухопутных войск и флота. Разделение произошло в 2002 г. Штаб авиационного корпуса разместился в Земуне. В корпус вошли 12 авиационных и вертолетных эскадрилий на четырех авиабазах. На базах сформировали бригады, в которые входили подразделения обеспечения.
МиГ-21 бис из 83-го иап, авиабаза Ниш, 1999 г.
Остатки уничтоженных по договору истребителей МиГ-21 бис, авиабаза Батайница. Красным написано буква ‹xD» - Destroy
МиГ-21 МС с контейнером под фюзеляжем
Реорганизация сопровождалась мощными «сказками» о грядущей модернизации с поступлением в войска новых радиотехнических средств, ЗРК, самолетов. На волне славянской солидарности, а в 1999 г. в России действительно очень близко к сердцу восприняли удары по Югославии, предполагалось, что Москва окажет помощь по ценам «ниже рыночных». В числе прочего, Белград рассчитывал получить многоцелевые истребители класса Су-30МК в количестве, достаточном для вооружения двух авиационных эскадрилий.
В 2003 г. Югославия стала Сербией и Черногорией. В силу «модных» тенденций перед ВВС в частности и перед вооруженными силами в целом была поставлена задача «борьбы с терроризмом». Вообще-то, вооруженные силы предназначены в первую очередь для отражения внешней агрессии. Опыт Сербии и Черногории (равно как и еще одной очень большой страны, населенной преимущественно славянами) показывает, что красивыми фразами о борьбе с терроризмом и масштабными реорганизациями существующего наследия прикрывается полная импотенция верхов по части реальной модернизации вооруженных сил. С образованием нового государства на свет незамедлительно появилась программа реформирования ВВС, которые разделили на авиационный корпус и корпус ПВО. Однако уже в 2005 г. оба корпуса расформировали, создав взамен новый вид вооруженных сил - ВВС и ПВО. Основу авиационного корпуса составляли бригады, полки и отдельные эскадрильи. Бригад было четыре, по числу авиабаз, во вновь созданных ВВС и ПВО планировалось оставить сначала 13 эскадрилий, а к 2007 г. оставить только 5-6 эскадрилий, в том числе две истребительно-бомбардировочные, одну транспортную и две вертолетные. Уже в 2005 г. очевидной стала утопичность данного плана, так как Черногория хотела независимости.
По результатам референдума в июле 2006 г. Черногория получила независимость, Югославия де факто прекратила свое существование как государство. ВВС союзного государства были разделены по территориальному принципу: по местам базирования. К Сербии отошли самолеты и вертолеты, дислоцированные на авиабазах Батайница, Ладевичи, Ниш и Ковин - 89 боевых самолетов и 94 вертолета; по состоянию на 1 января 2006 г. в составе ВВС Югославии имелось 94 боевых самолета и 111 вертолетов. К Черногории отошла часть дислоцированной в Голубовчи 172-ой смешанной авиационной бригады. ВВС и ПВО Сербии в 2006 г. претерпели реорганизацию, перейдя на НАТОвскую модель, при которой авиационные части и части обеспечения сведены в авиабазу. Официально формирование «авиационная база» введено 15 ноября 2006 г. Первая база - Батайница - сформирована на основе 204-го истребительного авиационного полка. В состав 204-й авиабазы вошли три авиационные эскадрильи (101-я, 252-я и 138-я), одно авиационное звено, 24-й батальон технического обслуживания и 177-й батальон ПВО. 101-я эскадрилья была сформирована заново на основе вооруженной самолетами МиГ-21 бис/УМ 126-й эскадрильи и вооруженной самолетами МиГ-29 127-й эскадрильи. На вооружении 101-й эскадрильи состоит 28 МиГов-21-х и пять МиГов-29-х, однако в пригодном к полетам состоянии поддерживается всего несколько истребителей МиГ-21 и одна спарка МиГ-21 УМ. Пара самолетов МиГ-21 постоянно несет боевое дежурство с подвешенными ракетами. Самый старый сербский МиГ-21 построен в 1977 г., самый новый - в 1983 г.
Як-40 ВВС Югославии
Самолеты V-53 (Utva-75} используются для начальной подготовки пилотов и поддержания летных навыков у опытных летчиков
До реорганизации 252-я истребитель-но-бомбардировочная эскадрилья (семь самолетов N-62 и четыре J-22/NJ-22) базировалась в Батайнице. После реорганизации эскадрилья стала смешанной, на нее возложены задачи подготовки летчиков и буксировки мишений. На вооружении 252-й смешанной АЭ состоит единственный самолет N-62T, для первоначального обучения пилотов используются самолеты V-53, ранее состоявшие на вооружении расформированной 251-й истребительно-бомбардировочной эскадрильи. С расформированием 251-й эскадрильи авиабаза в Ковине была закрыта. В состав 252-й эскадрильи также входит вертолетное звено - восемь вертолетов «Газель», предназначенных для обучения пилотов.
Все транспортные и пассажирские перевозки осуществляются вновь сформированной 138-й смешанной транспортной авиационной эскадрильей; эскадрилья формировалась на базе 677-й смешанной и 890-й смешанной вертолетных эскадрилий, в