Несмотря на то, что "Коммандо" не достигла состояния боеготовности, первый боевой вылет летчики совершили 7 октября на перехват бомбардировщиков, возвращавшихся после нанесения удара по целям в глубине Германии. Новый командир штаффеля, базирующегося в Хисипе, лейтенант Франц Шалль (он тоже заслужил Рыцарский крест на Восточном фронте) и ветеран EKdo 262 фельдфебель Гельмутом Леннарцом сбили по одному "Либерейтору".
Иначе развивались события на аэродроме Ахмир. Штаффелькапитана Пауля Блю, лейтенанта Герхарда Коберта и оберфенриха Гейнца Расселя на взлете перехватили истребители союзников. Блю и Коберт стали добычей "Мустанга" под управлением 20-летнего лейтенанта Урбана Дрю из 361-й истребительной авиагруппы; это были 5-я и 6-я победы лейтенанта Дрю.
Подловленный на уязвимом режиме "ягдфлигер" становился не более чем неповоротливой уткой. Пауль Блю сумел выпрыгнуть с парашютом, у Коберта шансов спастись не было – от пулеметной очереди взорвался топливный бак и его Ме-262 мгновенно превратился в огненный шар. Третий пилот, оберфенрих Рассель, даже не успел оторваться от земли, когда шасси его истребителя буквально снесла очередь американского истребителя. Самолет заскользил на брюхе по полосе, и раньше, чем он остановился, из фюзеляжа стали выбиваться языки пламени. Рассель, однако, успел покинуть машину, прежде чем пламя охватило весь самолет.
Непосредственным результатом, мягко говоря, неудачных действий Ме-262 из Ахмира стало прикомандирование "Коммандо Новотны" двух штаффелей поршневых FW-190D, чье задачей являлась охрана реактивных самолетов на взлете и посадке. Оснащенные FW-190D 9./JG54 и 10./JG54 базировались в Ахмире и Хисипе соответственно. Уже 12 октября 9-й штаффель потерял шесть "Фокке-Вульфов", прикрывая работу Ме-262 с аэродрома Ахмир. В этот день Блю и Леннарц сбили по одному "Мустангу". Но радость успеха омрачила тяжелые повреждения, полученные их собственными самолетами. Оба пилоты совершили вынужденные посадки, после которых Ме-262 ремонту уже не подлежали ремонту.
Истребители FW-190 оказались способными защитить Ме-262 от истребителей союзников на взлете и посадке (правда, какой ценой!), но они не могли предотвратить летные происшествия с истребителями команды Новотны. Так, 13 октября пришлось списать еще два Ме-262, после чего Новотны прекратил полеты на две недели, до тех пор, пока представители фирмы Мессершмитт не проанализируют весть накопленный к этому времени боевой опыт и опыт технической эксплуатации реактивных истребителей. По мнению разработчиков, это было трезвое решение.
Боевая работа возобновилась 28 октября, фортуна по-прежнему была переменчива к подчиненным Новотны. Лейтенант Шрейбер сбил Р-38, лейтенант Шалль – P-51D, но на посадке в Хисипе самолет Шалля получил повреждения из-за возникшего шимми носового колеса. В Ахмире оберлейтенант Блю сделал удивительное открытие: опасность представляют не только истребители союзников, но и здания по периметру аэродрома, с одним из которых он и столкнулся. После четырех аварий в пяти полетах Блю уже не мог оставаться командиром штаффеля. Его место немедленно занял оберлейтенант Георг-Петер Эдер, ожидавший назначения командиром формировавшегося третьего штаффеля "Коммандо Новотны".
Два снимка Me 262 из состава "Командо Новотного"
На следующий день пилоты Ме-262 сбили два "Тандерболта", а Шрейбер записал на счет Люфтваффе первый уничтоженный разведчик "Лайтнинг" F-5. Шрейбер в полной мере испытал на себе превратности фортуны: после того как он завалил разведчика, его "мессер" столкнулся со "Спитфайром" и Шрайберу пришлось воспользоваться парашютом. В течение следующей недели летчики Новотны сбили еще пять американских истребителей, правда, из строя за этот промежуток времени вышло десять Ме-262. Оберфенриха Вилли Банцаффа сбили дважды: первый раз американцы над Голландией 1 ноября, второй – английский "Темпест" над Люнебургом всего 48 часов спустя. Таким образом, из десяти потерянных машин, лишь две были сбиты (этими самолетами управлял Банцафф), три разбились на посадке из-за отказа двигателей, и еще пять получили повреждения меньшей степени тяжести.
Адольф Галланд 7 ноября прибыл в "Коммандо" с инспекцией, Галланд сопровождал генерал-полковника Альфреда Келлера. Келлер был известен в Люфтваффе как глава NSFK – национал-социал исткого авиационного корпуса. Перед лицом высокого начальства майор Новотны предпринял максимум усилий, дабы на следующее утро продемонстрировать, на что способны Ме- 262. Насколько упала боеспособность подразделения, говорит следующий факт – благодаря "максимальным усилиям" на утро удалось подготовить к вылету лишь четыре истребителя, по два на каждом аэродроме, в Хисипе и Ахмере.
Но даже заявленная цифра в четыре самолета оказалась излишне оптимистичной. На аэродроме Ахмер Вальтер Новотны не смог запустить двигатели своего истребителя, в тот день Новотны собирался впервые вылететь на боевое задание на реактивном самолете. В Хисипе фельдфебель Эрих Бюттнер на рулежке пропорол колесо основной опоры шасси, в результате стойка пробила плоскость крыла. В воздух поднялись лишь ведомый Новотны – оберлейтенант Гюнтер Вегманни и командир штаффеля, базирующегося в Хисипе лейтенант Шалль; они сбили два американских истребителя, Р-47 и P-51D соответственно.