В начале 60-х годов с целью отработки новых более эффективных методов прорыва ПВО противника на Ту- 95-х проводились одиночные и групповые полеты на небольших высотах. Специально подготовленные экипажи строевых частей выполняли полеты на высотах в несколько сот метров от земли, ниже зоны видимости PЛC того периода.
Как отмечалось выше, первые Ту- 95 начали поступать в 106 -ю ТБАД с весны 1956 года. Летный и технический персонал довольно быстро освоил новые машины. Сказалась высокая квалификация отобранных в дивизию людей (например, командир Ту-16, попадая на Ту-95-й, оказывался лишь на должности правого летчика). Уже летом 1956 года над Тушино группа Ту-95 демонстрировала возросшие возможности советской стратегической авиации.
Однако следует отметить, что освоение и организация технического обслуживания первых самолетов имела и свои сложности. Двигатели НК-12, установленные на первых Ту-95, были оснащены только ручной системой флюгирования воздушных винтов. Вскоре это привело к потере первого строевого самолета Ту-95. 24 ноября 1956 года на самолете Ту-95 N" 310 после взлета разрушился диск турбины двигателя НК-12, самолет стал быстро терять высоту, а экипаж не смог с помощью ручной системы зафлюгиро- вать винты отказавшего двигателя. В результате экипаж и самолет погибли. Двигатели были доработаны и с конца 50-х годов на самолеты начали ставить модифицированные НК-12МВ с системой автофлюгирования. За долгие годы эксплуатации эта система спасла не один экипаж Ту-95.
Мощный дифференциальный редуктор двигателя И К-12 требовал объемной маслосистемы, причем значительная часть масла постоянно находилась в редукторе. При низких температурах окружающего воздуха масло застывало, и требовался длительный прогрев двигателей перед запуском от наземного подогревателя. Это снижало боевую готовность и стоило многих бессонных ночей инжснсрно-тсхничсско- му составу, которому приходилось выезжать на аэродром за 3-4 часа до начала предполетной подготовки. На оперативных аэродромах, где не было моторных подогревателей, двигатели запускали через каждые 3-6 часов в зависимости от температуры наружного воздуха, а сразу после выключения закрывали теплоизоляционными чехлами (проблема обострилась с началом эксплуатации машин с арктических аэродромов). Помимо неоправданных временных и трудовых затрат, эта операция приводила к дополнительному расходу ресурса двигателей в моточасах, величина которого и так была невысокой на первых серийных двигателях. Эта проблема была решена только после создания в НИИ Нефтяной промышленности нового сорта масла, позволявшего запускать НК-12 без подогрева при температурах наружного воздуха до минус 25 градусов.
Недостатки в эргономике кабины, хронически присущие отечественным машинам, особенно отрицательно сказывались на летной эксплуатации таких машин, как Ту-95. В ходе утомительных боевых дежурств и длительных полетов (первый из которых в строевых частях продолжительностью 17 ч 53 мин по периметру СССР выполнил экипаж В.Г.Маслова) это стало особенно явным. Сиденья оказались неудобными, спинки почти не отклонялись, внутренняя поверхность кабины была покрашена в черный цвет. Общую ненаучную оценку эргономики дал бывший офицер-танкист, переквалифировавшийся в начфины 1006-го ТБАП: "Как в танке!", – воскликнул он, попав в кабину "девяностопятого". Бортпаек, предлагавшийся интендантами ВВС, оставлял желать лучшего; брали свое – домашнее, а хранить в длительном полете все это было негде, холодильника на борту не было. Штатные соки лучше в полете было не использовать, могли быть неприятности, усугублявшиеся отсутствием на борту нормального туалета. Воздух, подаваемый в кабину СКВ, был сухим и содержал масляную пыль и т.д.
Четыре выпущенных Tv-95MP по две машины поступили на вооружение полков 106-й и 79-й ТБАД и имели постоянное базирование в Узине и Семипалатинске. В случае необходимости они временно базировались на других авиабазах (например, в Хороле на Дальнем Востоке, в районе Ссвсроморска – на Севере); в конце 70-х их появление отмечалось на бывших американских аэродромах во Вьетнаме. В 60- е годы в ходе Кубинского кризиса и после него Ту-95, а затем и Ту-95МР вели регулярную воздушную разведку американских авианосных соединений в Атлантике. Обычно работала пара из одного Ту-95 и одного Tv-95MP. Ту- 95 засекал американские корабли с помощью радиолокационной станции, а затем Tv-95MP проводил детальную фоторазведку. В 70-е и 80-е годы Ту – 95МР обычно работали в одиночку. Эти разведывательные наряды позволяли советскому военному командованию постоянно быть в курсе передвижений флота США в Атлантике, дополняя информацию, получаемую с помощью космических средств разведки.
Опыт локальных войн на Ближнем Востоке потребовал доработки Ту-95 для выполнения тактических задач. Ту- 95 и Ту-95М по инициативе командования Дальней Авиации были дооборудованы средствами, позволявшими им нести 45 бомб калибра 250 кг. Основным назначением Ту-95 с такой бомбовой нагрузкой было нанесение ударов по аэродромам противника для вывода из строя взлетно -посадочных полос.