В ГДЛ работали выдающиеся ученые и конструкторы Николай Тихомиров, Валентин Глушко, Борис Петропавловский, Владимир Артемьев, Иван Клейменов и Георгий Лангемак. Тухачевский чувствовал, какую силу приобретет объединенный коллектив, но нерешительность и боязливость высшего армейского руководства мешала ему осуществить задуманное. Пользуясь тем, что ГДЛ вошла в состав Управления военных изобретений начальника вооружения РККА, а ГИРД был учрежден общественной организацией Осоавиа-хим, подчинявшейся Техническому штабу начальника вооружений, Тухачевский принял единоличное решение и, невзирая на препоны, перевел оба коллектива под одну крышу, выделив здание строящегося на окраине Москвы, в долине реки Лихоборки, Института сельскохозяйственного машиностроения.
Позже создание РНИИ было утверждено постановлением Совета Труда и Обороны, а сам он передан Народному комиссариату тяжелой промышленности, возглавляемому Серго Орджоникидзе. Начальником института назначен Иван Клейменов, заместителем начальника по научной части Сергей Королев. Именно здесь родились реактивные снаряды для прославленных в годы войны гвардейских минометов, более известных под названием "Катюша".
В то время судьба впервые спасла Королева. Энергичный, решительный, целеустремленный, он шел к цели, ломая преграды. Не все могли с ним сработаться. Число недовольных росло. Вскоре Королева понизили в должности. Он стал начальником отдела крылатых ракет, а заместителем начальника института назначен Георгий Лангемак. Именно эти два первых руководителя РНИИ - Клейменов и Лангемак - стали жертвами репрессий 1937 года. Оба они были арестованы и расстреляны.
Вероятно, не избежал бы этой участи и Королев, но приговоры в отношении начальников отделов были "более мягкими". В 1938 году Королева осудили на десять лет лишения свободы. Место ссылки - Колыма. В это же время был репрессирован Валентин Глушко.
Первый полет крылатой ракеты "212" произошел через полгода после ареста создателя. Затем был испытан королевский ракетопланер РП-318. Конструктор отбывал ссылку. Позже он признался, что вряд ли бы перенес ее ужасные условия. Судьба вновь улыбнулась ему.
Как известно, отбывавшему срок в тюрьме НКВД под названием ЦКБ-29, знаменитому авиаконструктору Андрею Туполеву поручили создать фронтовой бомбардировщик, необходимый армии. Учитывая важность задания и опыт Туполева, Берия разрешил ему перевести в ЦКБ-29 заключенных специалистов из любых тюрем страны. В числе других Туполев назвал Королева, хотя знал, что в последнее время тот отошел от авиационной тематики и занялся ракетами. Это спасло будущего создателя космической техники.
Некоторое время Королев работал в бригаде Владимира Мясищева. Затем переведен в бригаду Туполева. В июле 1941 года конструкторы переехали в Омск, где наладили выпуск бомбардировщика ТУ-2 на местном авиазаводе. В сорок втором Королев вновь вернулся к оставленной теме. Он получил назначение в ОКБ Казанского авиазавода № 16 и стал заместителем работавшего там Валентина Глушко по летным испытаниям ракетного ускорителя РД-1X3 для пикировщика ПЕ-2РД.
Только 27 июля 1944 года Королев был досрочно освобожден и в августе покинул Казань. Как уже было сказано, через год в Москве началось формирование Межведомственной технической комиссии по изучению трофейной ракетной техники. В сентябре сорок пятого, после беседы с заместителем наркома вооружений Василием Ря-биковым, Королев был направлен к командировку в Германию.
Разрозненные коллективы исследователей осели в Польше, Австрии, Чехословакии и, разумеется, самой Германии. Объем работ оказался поистине необъятным, и с целью повышения эффективности изучения сложной техники новый руководитель генерал Гайдуков принял решение об образовании на территории ракетного центра Пенемюн-де в марте 1946 года единой научной организации - института "Нордхаузен". Генерал Гайдуков возглавил этот институт, назначив своим заместителем и главным инженером Сергея Королева.
По итогам работы института "Нордхаузен" 13 мая 1946 года было принято постановление ЦК ВКП(б) и Совета Министров СССР № 1017-419 сс о развитии реактивной техники в стране (в те годы использовались термины "реактивная техника" и "реактивное вооружение", термины "ракетная техника" и "ракетное вооружение" вошли в деловую речь позже). Министерство вооружений, возглавляемое Дмитрием Устиновым, определено головным по разработке и производству баллистических ракет дальнего действия и зенитных управляемых ракет. Были созданы главные управления по реактивной технике в ряде министерств, а также Управления реактивного вооружения в ГАУ Советской Армии и в Военно-Морском Флоте. Этим же Постановлением было предусмотрено создание Государственного центрального полигона и специализированных войсковых частей.
В период становления отечественного ракетостроения под выпуск новой продукции были перепрофилированы авиационные, авиамоторные, автомобильные, артиллерийские заводы, предприятия радиопромышленности, сельскохозяйственного машиностроения и других отраслей. Министерства ракетостроения СССР, в отличие от всех других оборонных министерств (авиационной промышленности, радиопромышленности, судостроения и др.) никогда не существовало. В силу исключительного значения отрасли для обороноспособности страны, а также ввиду огромной сложности и новизны работ, связанных с кооперацией сотен и даже тысяч предприятий практически всех отраслей, с момента становления ракетной промышленности координация была возложена на Специальный Комитет по реактивной технике при Совете Министров Союза ССР, который возглавил первый заместитель Председателя Совета Министров, один из ближайших соратников Сталина Георгий Маленков.