В постановлении от 13 мая 1946 года было отмечено, что работы, выполняемые министерствами и ведомствами по ракетному вооружению, контролируются Специальным Комитетом по реактивной технике. Никакие учреждения, организации и лица, без особого разрешения Совета Министров, не имеют права вмешиваться в процесс создания ракетного оружия. Этим же постановлением было определено, что головными по разработке и производству ракетного вооружения являются Министерство вооружений (ракеты на жидком топливе), Министерство сельскохозяйственного машиностроения (пороховые ракеты) и Министерство авиационной промышленности (реактивные самолеты-снаряды).
Основными смежными министерствами определены Министерство электропромышленности (аппаратура управления и РЛС), Министерство судостроительной промышленности (гироскопы и морские системы управления), Министерство химической промышленности (жидкое ракетное топливо), Министерство авиационной промышленности (жидкостные ракетные двигатели и испытания ракет), Министерство машиностроения и приборостроения (стартовые комплексы и пусковые установки), Министерство сельскохозяйственного машиностроения (ракетные взрыватели и пороха).
16 мая 1946 года приказом Министра вооружений Дмитрия Устинова на базе артиллерийского завода № 88 главного конструктора Грабина неподалеку от подмосковной станции Подлипки создан сверхсекретный Научно-исследовательский институт № 88 Министерства вооружений СССР. Это была первая в нашей стране организация по созданию серийной ракетной техники. Директором НИИ стал видный организатор артиллерийского производства Лев Гонор, главным инженером - Юрий Победоносцев, начальником отдела № 3 по разработке отечественного аналога трофейной немецкой ФАУ-2 - Сергей Королев.
Об этих приказах и назначениях конструкторы узнали, находясь в Германии. К августу сорок шестого удалось набрать достаточное для сборки двадцати ракет количество деталей. Половина ракет была собрана в Германии, остальные части вывезены в СССР. Изучив конструкторскую документацию, захватив с собой немецких специалистов, группа сотрудников "Нордхаузена" покинула Пенемюнде в начале 1947 года. Прибыв в Подлипки, они немедленно приступили к созданию ракет.
Первоначально структура Научно-исследовательского института № 88 была всеохватной. Институт имел в своем составе специальное конструкторское бюро (СКБ), группу научно-исследовательских и проектных отделов и опытный завод. Отделы СКБ занимались разработкой баллистических ракет (начальник отдела С.Королев), зенитных ракет (начальники отделов Е.Синильщиков, С.Рашков, П.Костин) и двигателей к зенитным ракетам (начальники отделов Н.Уманский, А.Исаев). Конструктор Доминик Севрук занимался жидкостными ракетными двигателями, тактическими и зенитными ракетами. Круг исследований научных и проектных отделов был поистине необъятен. Здесь пытались решать сложнейшие проблемы аэро- и газодинамики, топлива и материаловедения, прочности и систем управления.
25 апреля 1950 года в институте были сформированы ОКБ-1 по баллистическим ракетам (главный конструктор С.Королев) и ОКБ-2 по зенитным ракетам (главный конструктор К.Тритко). В 1951 году тематика зенитных ракет передается в Министерство авиационной промышленности, институт и конструкторский коллектив Королева продолжают разработку одного направления - баллистических ракет дальнего действия. Так постепенно определилась главная тематика.
Первая серия из десяти опытных ракет ФАУ-2 под индексом изделие "Т" была собрана на опытном заводе НИИ-88 в Подлипках. Все детали и агрегаты вывезены из Германии. В октябре сорок седьмого эти ракеты доставили на территорию 4-го Государственного полигона, строительство которого заканчивалось в районе села Капустин Яр Астраханской области. 18 октября с полигона был осуществлен первый в нашей стране пуск баллистической ракеты дальнего действия. Ракета пролетела 206,7 км, отклонившись от цели на 30 км влево. Это был далеко не блестящий вариант, но, главное, ракета полетела.
Во втором цикле испытаний были запущены 10 ракет ФАУ-2, собранных советскими и немецкими специалистами в Германии на заводе "Кляйнбодунген". До цели дошли только пять, показав дальность 274 км. Максимальная масса ракеты 12,7 т. Максимальная высота полета 86 км. Изделия "Т" и "Н" имели одноступенчатую схему с неот-деляемой ГЧ. Двигательная установка - ЖРД.
Пуски ракет осуществляла Бригада особого назначения (БОН) резерва Верховного главнокомандования. Она была сформирована на базе гвардейского минометного полка 15 августа 1946 года вблизи деревни Берка земли Тюрингия восточнее города Зондерсхаузен в Германии. Бригада подчинялась непосредственно командующему артиллерией Советской Армии, ее командиром назначили генерала Александра Тверец-кого. Это было первое в стране войсковое подразделение, осуществлявшее пуски ракет.
Летом 1947 года личный состав БОН РВГК переехал из Германии в СССР, на полигон Капустин Яр, и, обустроившись, приступил к испытаниям. Первым начальником ракетного полигона стал боевой генерал Василий Вознюк.