Небольшое число гидросамолетов BV 138С в 1942-43 гг были переделаны в минные тральщики и получили обозначение BV 138MS (Minensuche - искатели мин). Самолеты модернизированные таким образом еще называли "Мауси-флюгцойг" - "самолет-мышеловка". Самолет использовался для траления магнитных мин на каналах, реках и у береговой черты. С BV 138MS снималось все вооружение. Вокруг корпуса монтировалась на подкосах магнитная обмотка, питавшаяся от вспомогательного мотора, установленного на месте носовой башни. Другие BV 138С оснащались локаторами FuG 200 "Хохент-виль" для поиска конвоев и наведения на них подлодок. В случае необходимости самолет мог вести 10 полностью экипированных диверсантов.
Все BV 138В и С могли оснащаться стартовыми ракетными ускорителями тягой до 500 кг. 70 BV 138С получили узлы крепления к катапульте для запуска с авиаматок "Бусард", "Фальке", "Остмарк", "Шпербер" и "Вестфален". Эти суда, оснащенные катапультой и подъемным краном, использовались в качестве плавучих баз BV 138 в полярных водах, вдалеке от основных баз.
BV 138С показал себя эффективным патрульным самолетом, чрезвычайно прочным, способным выносить тяжелые повреждения как от противника, так и от погоды. Его мореходные качества, вместе со способностью находиться долго в открытом море, привели к решению использовать самолет из своеобразной засады, когда BV 138 вылетали в Атлантику, садились на воду и дрейфовали два-три дня, до сообщения о проходе конвоя союзников. После этого BV 138 взлетал и атаковал конвой во взаимодействии с подводными лодками. Много внимания было уделено возможности обслуживания самолета экипажем вдали от базы так, что даже довольно сложный ремонт можно было провести в открытом море.
BV 138 оказался хорошо вооруженным. Три огневые точки обеспечивали хорошие зоны обстрела. Дальность стрельбы его пушек обеспечивала эффективную оборону. Состав экипажа был увеличен до 6 человек, но обычно состоял из пяти. С максимальным запасом топлива BV 138С-1 мог находиться в воздухе до 18 часов, хотя с нормальным только 6,5. В течение октября 1941 г одна эскадрилья с BV 138В-1, имея 10 машин, налетала более 500 часов в дальних разведывательных полетах, покрыв 100000 км. Надежность летающих лодок "Блом унд Фосс" была доказана. Кроме того, BV 138 продемонстрировала и возможность постоять за себя, записав вскоре после дебюта в норвежской операции на свой счет истребитель "Бленхейм", сбитый над Скагерраком, и "Каталину" - над Северным морем.
Весной 1940 г Технический департамент, осознавая необходимость в большем числе дальних разведчиков-гидросамолетов, приступил к рассмотрению возможности замены BV 138. Контракт на разработку был размещен на "Блом унд Фосс". Планировалось, что "эрзац-BV 138" станет увеличенным вариантом предшественника, имея взлетный вес 24 тонны, вооружение в дистанционно управляемых установках, бомбовую нагрузку в 2600 кг. Было предусмотрено место для 60 полностью экипированных десантников. "Блом унд Фосс" предложила восемь проектов, все из которых предусматривали использования дизелей Jumo 208 взлетной мощностью 1100 л. с. Это были: "проект-110" - увеличенный вариант BV 138 под два или три двигателя; "проект-Ill" -несимметричный, трехдвигательный вариант "110"; "проект-112" - как и "111", но с увеличенным корпусом, "проект-113" -трехдвигательная, двух-корпусная лодка с размерами и весом "112"-го, "проект-122" - четырехдви-гательный, двухбалочный; "проект-123"
- двухкорпусный эквивалент "122"; "проект-124" - был подобен "122", но имел убираемое шасси; "проект-125" -аналогичный вариант "123". Но ни один из этих проектов не был реализован -двигатели Jumo 208 не пошли дальше стенда, и BV 138 остался единственным до конца войны.
В конце 1941 г 20 BV 138С-1 были переведены в Констанцу на Черное море. Там они составили ядро морской разведки, действуя часто под прикрытием румынских истребителей. BV 138 из вели разведку и бомбили корабли до конца лета 1944 г, когда Черное море стало последним военным театром для летающих лодок "Блом унд Фосс".
Другими театрами для BV 138 были Балтика, Северная Атлантика и Арктика. Когда стала очевидна опасность для Германии от проведения конвоев союзников PQ по арктическому маршруту в Мурманск и Архангельск, действия эскадрилий гидросамолетов с норвежских баз получили новый импульс. Перелом в действиях против конвоев наступил в середине 1942 г, когда на севере Норвегии базировались 44 BV 138. Они обеспечивали наиболее эффективное обнаружение и последующее слежение за конвоями, а потери от действий противника были невелики. Но 8 сентября 1942 г, когда BV 138, вылетевший из Тромсо, обнаружил конвой PQ-18 у острова Ян-Майен, была открыта новая страница в истории полярных конвоев. С самого начала обнаружения BV 138 сопровождали конвой, но 9-го к конвою присоединился эскорт, имевший в своем составе авианосец "Эвенджер" с 12 истребителями "Си-Харрикейн"-НС из 802-го и 883-го эскадронов. Впервые конвой PQ получил прикрытие с воздуха. В результате тяжеловесам BV 138 оказалось весьма трудно поддерживать контакт с конвоем. Одна из летающих лодок выдержала 90-минутный бой с истребителями и сумела вернуться на базу, правда, с серьезными повреждениями.
