Святой Нектарий родился 1 октября 1846 года, во вторник, в селе Силиврии в восточной Фракии, в то время находившемся под турецким игом, в семье небогатых, благочестивых родителей Димосфена и Василики Кефала. Его отец был родом из Янины, моряк по профессии, мать — из Силиврии. Святой был пятым ребенком в семье, у него было пять или шесть братьев и сестер: Димитрий, Григорий, Смарагда, Севастия, Мария и Харалампий (его имя упоминается в завещании святого, однако некоторые источники считают его учителем, заменившим святого в деревне Лити на о. Хиос). Во святом Крещении святой Нектарий был наречен Анастасием.
Первые познания об основах христианства он получил от матери. В селе Силиврии он окончил начальную и два класса средней школы. В детстве святой был умнейшим ребенком с прекрасной памятью, что предопределило его учительские и богословские способности и наклонности с раннего детства. Очень характерен, например, случай, когда святой еще ребенком сшивал бумажные листы в книгу, чтобы записывать Слово Божие, как он признавался матери.
Когда он достаточно подрос, то переселился в Константинополь, где сначала работал на табачной фабрике, не столько для того чтобы помогать семье, сколько для продолжения образования.
Характерен случай, который свидетельствует о простоте и непосредственной детской вере Анастасия. Испытывая крайнюю нужду, Анастасий не мог купить себе необходимую одежду для работы на фабрике. И вот, находясь в стесненных обстоятельствах, Анастасий решил написать письмо Самому Богу. Взяв листок бумаги, он написал следующее: «Христе мой, у меня нет ни фартука, ни обуви. Прошу Тебя, пошли их мне. Ведь ты знаешь, как я люблю Тебя». Написав это письмо, он отправился на почту с целью послать его Христу. По Промыслу Божиему, по пути он встретил торговца, жившего по соседству.
— Анастасий, ты куда идешь? — спросил он.
После недолгих расспросов, узнав о намерениях Анастасия, сосед поручился, что сам отправит письмо. Так и случилось, но, подходя к зданию почты, торговец обратил внимание на странный адрес на письме и будучи не в силах сдержать любопытства, вскрыл письмо. Это короткое, но исполненное такой простоты и веры послание так растрогало сердце торговца, что тот написал Анастасию «ответное» письмо и вложил в него необходимую сумму денег.
Тогда же Анастасий начал изучать и собирать изречения из поучений святых отцов и классических греческих философов, из которых составил двухтомник «Сокровищница изречений святых и философов», изданный в 1895 году. Эти изречения он собирал не столько для личного пользования, сколько в качестве назидательного урока своим собратьям. Показательным примером этой черты его характера, было то, что движимый любовью, он писал некоторые из этих изречений на оберточной бумаге, в которую заворачивали табак на фабрике. Святой стремился к тому, чтобы те, кто покупал табак, читая эти записи, могли получать душевную пользу. Главной причиной, побудившей его к такой практике, было отсутствие средств на издание книги изречений. Еще не достигнув двадцати лет, он принял на себя обязанность школьного смотрителя в Константинопольской школе подворья Иерусалимского храма Воскресения Христова (директором этой школы был его дядя по материнской линии Александр Триандафилидис). Будучи смотрителем, несмотря на то, что одновременно он еще преподавал в младших классах, он продолжал учебу. В это время, страна получила первое благословение святого — чудо, произошедшее по дороге в Константинополь. Когда он с семьей отправился на парусном корабле в Константинополь чтобы вместе отпраздновать Рождество Христово, внезапно начался шторм. Пассажиры подверглись большой опасности, некоторые даже стали роптать на Бога. Однако Анастасий, исполненный горячей веры, взмолился к Богу: «Боже мой, я хочу выучить богословие чтобы заградить уста хулящих Твое Святое Имя». Молитвами святого кораблю удалось пристать к берегу и достичь места назначения. Таким образом были спасены и пассажиры, и сам будущий святитель.
После Константинополя настала очередь принять у себя «святого XX века» острову Хиос. Первое время святой работал сельским учителем в деревне Лити и параллельно проповедовал в местных храмах.
После семилетнего служения проповедником и учителем Анастасий в возрасте 27 лет поступил послушником в обитель Неамони, находящуюся на о. Хиос. После трёхлетнего искуса он был пострижен в монахи и наречен Лазарем. Как умному и образованному монаху, ему доверили послушание секретаря монастыря. Спустя несколько месяцев он был рукоположен в иеродиаконы местным митрополитом Григорием и получил при хиротонии имя Нектарий. В том же году иеродиакон Нектарий с благословения священноначалия поехал в Афины, чтобы продолжать учёбу. Здесь уместно сообщить, что расходы на обучение покрыли братья Яннис и Димосфен Хореми. На остров святой вернулся спустя три года, привезя с собой, кроме багажа, диплом об окончании гимназии.