К началу индо-пакистанского конфликта 1971 г. истребителями МиГ-21ФЛ были перевооружены уже восемь эскадрилий индийских ВВС. Причиной конфликта стала поддержка индийским руководством населения Восточного Пакистана (нынешнего государства Бангладеш) в его стремлении к независимости. После ответных действий со стороны Пакистана индийские военные осуществили крупномасштабную военную операцию, в ходе которой пакистанским вооруженным силам было нанесено сокрушительное поражение.
Война 1971 г. наглядно продемонстрировала высокий боевой потенциал и отличные возможности самолетов МиГ-21ФЛ. Пять эскадрилий этих истребителей в ходе боевых действий находились в западном секторе (Западное авиационное командование) и преимущественно решали задачи завоевания и поддержания господства в воздухе, а также обеспечения истребительного прикрытия самолетам штурмовой и ударной авиации (ударные группы самолетов HF-24 Marut и Су-7БМК всегда сопровождались истребителями МиГ-21ФЛ) и ведения разведки, а три остальные — в восточном (Восточное командование) и в основном использовались в роли истребителей-бомбардировщиков.
Боевой счет индийских «МиГов» оказался весьма внушительным. Сначала о победах в западном секторе боевых действий. 12 декабря 1971 г. на перехват вражеского самолета с авиабазы Джамнагар были подняты два истребителя МиГ-21ФЛ из состава 47-й эскадрильи, пилотировавшиеся капитанами (флайт-лейтенантами) Сони и Сайгалом. После обнаружения противника истребитель МиГ-21ФЛ капитана Сони вышел в атаку и пушечным огнем сбил вражеский F-104A. Пилот его успел катапультироваться, а сам самолет упал в море.
В полете — МиГ-21ФЛ, февраль 2013 г.
Для тренировок пилотов МиГ-21ФЛ в 60-е гг. из СССР в Индию поставлялись двухместные самолеты МиГ-21У
Данная потеря и обстоятельства боя официально признаны Пакистаном, причем сам летчик считается пропавшим без вести.
На следующий день группа из четырех МиГ-21ФЛ этой эскадрильи нанесла удар по позициям РЛС противника в районе Бадин, в ходе которого был потерян один самолет. 16 декабря наносившие удар по целям в районе Найя-Чор самолеты HF-24 Marut были атакованы тремя пакистанскими истребителями F-6 (китайская копия МиГ-19), но на помощь пришли сопровождавшие их два МиГ-21ФЛ из 29-й эскадрильи. В ходе трехминутного воздушного боя один F-6 был сбит пушечным огнем. Победу на свой счет записал капитан Самар Шах.
Утром 17 декабря пилот МиГ-21ФЛ из 47-й эскадрильи майор (скводрон-лидер) Икбал Биндра ракетой К-13А сбил следовавший на малой высоте пакистанский F-104A. По воспоминаниям майора Биндры, первая ракета прошла мимо (пакистанский летчик сумел увернуться), а вторая взорвалась перед кабиной F-104A. Поскольку самолет противника был поврежден, но продолжал полет, индийский летчик принял решение добить его пушечным огнем. Вскоре пакистанский самолет задымил, упал и взорвался.
Еще несколькими часами спустя, как указывают индийские источники, два истребителя МиГ-21ФЛ, пилотируемые капитанами Нираджем Кукреджей и Аруной Даттой из состава 29-й эскадрильи, сопровождавшие четыре самолета HF-24 Marut, атаковали ракетами К-13А и сбили два пакистанских F-104A. Правда, официально пакистанцы признают потерю в этот день только одного F-104A, сбитого, по их данным, капитаном Даттой.
В восточном секторе 4 декабря 1971 г четыре МиГ-21ФЛ из состава 28-й эскадрильи первыми решили задачу по штурмовке наземных объектов противника — нанесли удар по авиабазе Тезгаон около Дакки. Истребительное прикрытие обеспечивали два МиГ-21ФЛ, вооруженные ракетами К-13А. По данным индийских источников, в ходе одного из таких налетов над Даккой пилотом МиГ-21ФЛ капитаном Джайендрой Раджем из 4-й эскадрильи был сбит истребитель F-86 (в пакистанских источниках данный факт не подтверждается).
В последующем «МиГи» регулярно наносили удары по ряду пакистанских аэродромов, что не позволяло противнику использовать их в полной мере. Кроме того, практически не встречая на данном участке сопротивления, летчики МиГ-21ФЛ постоянно наносили удары по различным наземным целям (бункеры, полевые склады, орудийные позиции, автомашины и пр.) и по речным судам. Во время таких налетов преимущественно использовались неуправляемые ракеты калибра 57 мм. «Почти каждую ночь самолеты МиГ-21 «терроризировали» пакистанские войска, проносясь на сверхзвуковой скорости почти над головами врага и обстреливая его ракетами, — говорится в индийской «Официальной истории войны 1971 г.». — Причем главной задачей было не уничтожить какую-то определенную цель, а постоянно держать противника в напряжении».
14 декабря четыре самолета из состава 28-й эскадрильи атаковали цели в Дакке. Ориентирование на местности индийские летчики осуществляли по… туристическим картам, однако, благодаря своей отличной подготовке, смогли успешно нанести точный удар 57-мм ракетами по зданию резиденции губернатора Восточного Пакистана, где в это время проходило заседание руководства противников его отделения. После такого «аргумента» (а каждый МиГ-21ФЛ нес по 32 ракеты), как указывают индийские источники, губернатор А.Х. Малик ушел в отставку, «марионеточное правительство самораспустилось», а командующий вооруженными силами Пакистана в Восточном Пакистане через два дня подписал капитуляцию.