Распад Советского Союза и последовавшее значительное сокращение бюджетного финансирования НИОКР по военной технике оказали заметное влияние на дальнейшее развитие проекта, для поддержания которого «Сухому» пришлось ориентироваться, в основном, лишь на собственные силы, используя средства, выручаемые от начатых в 1992 г. экспортных поставок истребителей семейства Су-27. Дефицит финансирования заставил руководство ОКБ для продолжения работ по опытно-экспериментальному самолету пойти на ряд неординарных мер: двигатели пятого поколения были заменены в силовой установке более доступными пермскими Д-30Ф11 тягой в классе 16 000 кгс (модификация серийных Д-30Ф6, применяемых на истребителях-перехватчиках МиГ-31), от применения ряда систем бортового радиоэлектронного оборудования, «не обязательных» для начала летных испытаний, вовсе отказались, а для постройки летного экземпляра решено было использовать планер единственного заложенного образца для статических испытаний.
В то же время при рабочем проектировании и последующей постройке опытного самолета удалось реализовать целый ряд новых технических и технологических решений, ранее не применявшихся в отечественной авиации. Среди них система управления, обеспечивающая пилотирование самолета оригинальной компоновочной схемы с большой степенью продольной статической неустойчивости, крыло обратной стреловидности с широким применением композиционных материалов в нагруженных элементах конструкции, крупногабаритные фрезерованные панели двойной кривизны и т. п. Постройка машины велась опытным производством ОКБ Сухого в широкой кооперации с другими предприятиями промышленности: НАПО им. В.П. Чкалова изготавливало по документации Новосибирского филиала НИАТ панели двойной кривизны, ИАПО (ныне — Иркутский авиационный завод корпорации «Иркут») собирало консоли крыла, при этом толстостенные крупногабаритные панели крыла обратной стреловидности из полимерных композиционных материалов поставлялись Обнинским НПО «Технология», КнААПО изготавливало оперение и т. д.
Сборку планера самолета удалось завершить в середине 1996 г. После проведения этапа статических испытаний в конце года он снова отправился в сборочный цех для достройки перед началом летных испытаний. В июле 1997 г. самолет, получивший новое заводское обозначение С-37 (а затем и имя собственное «Беркут»), перевезли на летную станцию ОКБ в Жуковском, и, после комплекса наземных отработок, в сентябре он был выкачен на аэродром и выполнил первые рулежки. В первый полет 25 сентября 1997 г. машину поднял летчик-испытатель ОКБ Сухого Игорь Вотинцев. Первый этап летных испытаний продемонстрировал достаточно высокую сходимость экспериментальных результатов с расчетными данными. В дальнейшем, вплоть до 2003 г., было проведено еще несколько этапов испытаний. «Беркут» неоднократно принимал участие в летной программе авиасалонов МАКС, при этом с 2000 г. он представлялся под новым названием — Су-47.
Длина самолета, м 22,0
Размах крыла, м 17,5
Высота, м 5,6
Площадь крыла, м² 63,0
Масса пустого самолета, кг 19 000
Нормальная взлетная масса, кг 26 000
Максимальная взлетная масса, кг 34 000
Запас топлива, кг 14 000
Максимальное число М 2,0
Максимальная скорость, км/ч 2100
Максимальная скорость у земли, км/ч 1400
Практический потолок, м 18 000
Максимальная эксплуатационная перегрузка 9
Перегоночная дальность, км 4000
Тип двигателей Д-30Ф11
Тяга, кгс 2х16 000
Во второй половине 90-х гг. в ОКБ рассматривался и модифицированный боевой вариант «Беркута», в котором он мог бы стать полноценным многофункциональным сверхманевренным малозаметным истребителем пятого поколения с возможностью сверхзвукового крейсерского полета. В частности, прорабатывалось применение двигателей нового поколения АМНТК «Союз» типа Р-179 в классе тяги 20 000 кгс (дальнейшее развитие семейства мощных ТРДДФ «Союза», родоначальником которого был подъемно-маршевый двигатель Р79В-300 вертикально взлетающего истребителя Як-41М), новых сверхзвуковых регулируемых воздухозаборников (что сулило расширение диапазона скоростей самолета), рассматривалась новая компоновка отсеков вооружения и т. д. Разумеется, в отличие от опытно-экспериментального Су-47, боевой вариант «Беркута» предполагалось оснастить полноценным современным комплексом бортового оборудования и вооружения. Самолет в итоге получался истребителем тяжелого класса — даже немного тяжелее микояновского МФИ: его нормальная взлетная масса превышала 30 тонн, а максимальная «зашкаливала» за 40 тонн! Военно-воздушные силы же связывали к этому времени будущее истребительной авиации с самолетом значительно меньшей размерности: на рубеже веков ВВС, на основе исследований отраслевых и военных институтов, определили новую концепцию истребителя пятого поколения — как машины в классе «между» МиГ-29 и Су-27, т. е. с нормальной взлетной массой порядка 20–22 тонн. По такой концепции ОКБ Сухого в 1999 г. и приступило к разработке принципиально нового проекта истребителя пятого поколения, позднее получившего известность как ПАК ФА или Т-50.
Однако построенный уже почти полтора десятилетия назад экспериментальный «Беркут» забыт не был: начиная с 2004 г. и по сей день он активно используется в качестве летающей лаборатории по программе ПАК ФА — на нем проходят летную отработку отдельные технические решения и системы, которые найдут применение на серийных истребителях пятого поколения, проводятся другие летные эксперименты в интересах темы Т-50. На сегодня на Су-47 выполнено уже более 330 полетов, в т. ч. не менее сотни — в качестве летающей лаборатории. Помимо Игоря Вотинцева, машину поднимали в воздух летчики-испытатели ОКБ Сухого Юрий Ващук, Сергей Богдан, Сергей Костин и Роман Кондратьев.