Академию Р.Ш. Закиров окончил с отличием, получил назначение на должность заместителя командира полка в город Каган Туркестанского военного округа. Полк был базой подготовки летчиков для отправки в Афганистан. Воевать в Афганистане Закирову не пришлось, его участие в боевых действиях выразилось в выполнении отдельных задач. Вскоре он был назначен заместителем командира полка в ГДР, а в марте 1985 года стал командиром полка.
В 1998 году Рафаиль Шакурович возвратился на родину и был назначен командиром отдельного исследовательского инструкторского полка в Центре боевого применения и переучивания летного состава армейской авиации. Через год его назначили заместителем начальника центра по летнометодической и учебной работе, а еще через полгода перевели в Управление командующего армейской авиацией.
…В 90-е годы в стране была начата организация спасательной службы. Создавая такую службу, Сергей Шойгу ставил цель сделать ее высокомобильной и эффективной, для этого он планировал создать «чрезвычайную» авиацию. Единственную в стране структуру, которая соединила бы технические возможности авиационной и спасательной техники, могла экстренно реагировать на чрезвычайные ситуации в любых регионах страны и мира. Министр в первую очередь стремился подобрать команду единомышленников, профессионалов, способных справиться с самой сложной задачей, оказать помощь людям в любых условиях. Нужен был человек, который смог бы возглавить работу по созданию авиации МЧС. Таким человеком и стал военный летчик Рафаиль Закиров.
В 1991–1992 годах на Кавказе разразилась настоящая гражданская война. Для урегулирования военного конфликта была образована государственная комиссия, С.К. Шойгу назначили ее руководителем. Рафаилю Закирову как представителю Генштаба часто приходилось летать в Южную Осетию, тут он и познакомился с молодым председателем государственной комиссии. Ему импонировали смелость Шойгу в принятии решений, его жизненный принцип личного участия. Закиров, посвятивший четверть века военной службе, к тому времени успел не раз убедиться в том, насколько велико значение личных качеств человека, призванного руководить большим коллективом.
Наверное, в это время Закиров и задумался о возможности работы в команде Шойгу. Вскоре он подал рапорт о переводе из Управления авиации сухопутных войск в МЧС России. Пока решался вопрос перевода, Рафаилю Шакуровичу Закирову пришлось побывать в нескольких горячих точках.
В 1992 году он был командирован в качестве руководителя российской авиации в Камбоджу для работы под эгидой Организации Объединенных Наций. Российские вертолетчики под командованием Закирова выполняли самые ответственные и сложные задачи по эвакуации и перевозке людей, доставке гуманитарных грузов в различные регионы страны. Приходилось выполнять и уникальные операции, которые были не под силу западным специалистам (и западной винтокрылой технике), также выполняющим задания ООН.
Однажды в прибрежные воды океана упал Ми-8 камбоджийской компании: только винты торчали над водой. Нужно было поднять вертолет, но как и чем, вот вопрос! И тогда Закиров предложил использовать для спасения «восьмерки» вертолет Ми-26. Можно представить, насколько технически сложная и трудоемкая предстояла работа. Но огромный Ми-26 успешно справился с порученным делом: сначала он завис над затонувшей машиной, потом медленно, сантиметр за сантиметром, поднял ее из воды.
А на родине Рафаиля Шакуровича ждала радостная весть. За особые заслуги в освоении авиационной техники и многолетнюю безаварийную работу в военной авиации Указом Президента от 18 августа 1992 г. ему было присвоено почетное звание «Заслуженный военный летчик».
Министр ЧС С.К. Шойгу и Р.Ш. Закиров, смотр авиации ведомства, 2008 г.
В 1994 году Рафаиля Закирова снова направляют в горячую точку командовать авиационной группировкой миротворческих сил. На этот раз в Таджикистан, и опять он выступает в роли миротворца и спасателя.
Полковник Закиров пришел в МЧС по убеждению, с огромным желанием использовать свой богатый опыт руководителя для создания чрезвычайной авиации ведомства. Он пришел на работу в министерство, когда шло не только создание структуры авиации, но и формирование самой концепции авиационного обеспечения МЧС России. На долю Закирова пришлось создание органов управления авиацией, летных подразделений. Он смело ставил на всех уровнях вопросы о необходимости перевооружения авиационных частей региональных центров новой авиатехникой.
Постановлением Правительства Российской Федерации от 10 мая 1995 года было создано Государственное унитарное авиационное предприятие МЧС России. Формируя предприятие, укомплектовывая его подразделения летными и инженерно-техническими кадрами, Рафаиль Шакурович приглашал на работу лучших летчиков, штурманов, специалистов из числа уволившихся из армии, тех, кого знал, кому доверял и в кого верил — бывших военных. Возвращал в авиацию к летной работе тех, кто не сумел найти свое место в новых условиях. Звал в МЧС тех, кто, выйдя в запас, готов был и дальше работать на благо Отечества.