Входившие в состав комиссии военные, в том числе будущий руководитель ЦНИИмаш – ведущей научной организации отрасли – Ю.А. Мозжорин, резко отрицательно прореагировали на это «особое мнение», решительно поддержав проект ОКБ-586. Они не ставили под сомнение возможность полуторакратного снижения стартового веса кислородной ракеты по сравнению с Р-16. Однако по определяющему при транспортировке критерию «сухого веса» разница составляла уже не более 10%. Кроме того, мобильность невозможно было обеспечить из- за громоздкости и низкой производительности средств получения жидкого кислорода. Для заправки предлагаемой ракеты требовалось 65 т жидкого кислорода. С учетом реальных потерь это подразумевало почти недельную круглосуточную работу создававшегося в то время передвижного железнодорожного кислородного завода ЖКДЗ-2, состоящего из 15 специальных вагонов.
Напряженность в отношениях глав ОКБ-1 и ОКБ-586 усилилась оттого, что на заседании комиссии 17 января 1958 г. Янгель осмелился «в недопустимой форме критиковать Королева за курс на применение жидкого кислорода в ракетной технике».
Понимая, что процесс создания новой МБР остановить невозможно, Королев решил его возглавить. Совместно с главными конструкторами двигателей, аппаратуры системы управления и стартового оборудования 14 апреля 1958 г. он направил руководителям промышленности и Вооруженных Сил предложения по развитию кислородных ракет. Отметив энергетические преимущества кислорода, доступность и неисчерпаемость сырья для его производства, указав на перспективы снижения потерь кислорода при перевозке, Королев подчеркнул двух-трехкратную дешевизну кислорода по сравнению с азотной кислотой. Разумеется, при этом не упоминалось о том, что затраты на заправку даже азотной кислотой составляют считанные проценты от стоимости ракеты, не говоря уже о ракетном комплексе в целом. Наиболее веским аргументом Королева стало то, что в те годы продолжительность операций по выходу на режим полетной работы бортовой аппаратуры систем управления была столь длительной, что позволяла, используя ряд технических новшеств, успеть за это время заправить кислородом ракету. При таком подходе практически уравнивались показатели готовности ракет на азотнокислотных окислителях и жидком кислороде. При этом игнорировалось, что в США уже отрабатывали бортовую аппаратуру с временем готовности в доли минуты. Королев и другие главные конструкторы предлагали в III кв. 1959 г. выпустить эскизный проект кислородной ракеты Р-9 со стартовым весом около 100 т, т.е. в 1,5 раза легче, чем Р-16. Ракету предлагалось разработать и испытать в 1959-1961 гг.
Тем не менее процесс создания новой МБР шел в ранее намеченном направлении, и правительство своим Постановлением от 28 августа 1958 г. №1003-476 утвердило разработку янгелевской Р-16 с началом летных испытаний летом 1961 г. Но и Королев не оставил надежду получить военный заказ. Рассчитывая на то, что его всеми признанный авторитет не сравним со значимостью днепропетровского главного конструктора, он в сентябре 1958 г. вновь обратился с предложениями по Р-9 к Н.С. Хрущеву во время посещения партийно-государственным руководителем полигона Капустин Яр, а в декабре направил Д.Ф. Устинову предложения о создании Р-9 со стартовым весом, уменьшенным на этот раз до 70-75 т.
К этому времени на «девятку» начал работать фактор времени. Информация, поступающая из-за океана, указывала на то, что в ближайшие годы США планируют развернуть сотни межконтинентальных ракет на своей территории и не меньшее количество баллистических ракет «Поларис» на подводных лодках.
Между тем, в соответствии с августовским постановлением 1958 г. пристрелочные и зачетные испытания Р-16 предусматривалось начать не ранее конца 1962 г. Соответственно, серийное производство Р-16 планировалось только с 1963 г. с общим объемом выпуска 80 ракет до конца семилетки (1959-1965 гг.).
В качестве ответа на предстоящее массовое развертывание американских ракет было предложено, начиная с 1961 г., приступить к строительству заглубленных стартовых станций для Р-7А с размещением пусковых установок в колоссальных шахтах глубиной 50 м при диаметре 30 м, с выводом продуктов сгорания двигателей в боковом направлении, в сторону расположенных поблизости естественных склонов местности. Основные технические решения по заглубленному старту предусматривалось проверить на экспериментальной позиции на ННИП-5 («Байконур»), строительство которой начиналось в 1959 г. До завершения этих работ по Постановлению ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 14 марта 1959 г. №276-124 предусматривалось осуществить в 1959-1961 гг. строительство по паре стартов для Р-7А на второй очереди объекта «Ангара», на новых объектах «Нева» (севернее г. Кирова) и «Днепр» (севернее г. Нижнего Тагила), а также одного старта на объекте «Дон» (у г. Тайшет). Тем же документом предписывалось в ближайшие месяцы провести рекогносцировку районов строительства заглубленных стартовых станций «семерки» или позиций ракет нового типа севернее Киева, южнее Брянска, севернее Костромы, Казани, Свердловска (ныне – Екатеринбурга), а также вдоль магистрали Пенза – Куйбышев (в настоящее время – Самара) – Челябинск – Омск – Новосибирск – Иркутск – Чита.
