После утверждения постановления у Н.С. Хрущева, видимо, оставались сомнения в целесообразности явно разорительного строительства циклопических сооружений. На Совете обороны 24 марта он дал поручение проработать альтернативные предложения.
Тут-то и наступил звездный час «девятки».
Руководители госкомитетов по радиоэлектронике, авиационной технике, судостроению и главные конструкторы С.П. Королев, М.С. Рязанский, В.П. Бармин, Н.А Пилюгин, А.М. Исаев, министр обороны Р.Я. Малиновскй и его заместитель М.Ф. Неделин направили ЦК КПСС докладную записку с предложением создать мобильную, не требующую дорогостоящих стартовых сооружений ракету Р-9 в двух вариантах: кислородной Р-9А со стартовым весом 80 т и стотонной Р-9В с двигателями, работающими на азотной кислоте и близком к керосину горючем ТМ-185 – топливной паре, успешно опробованной на Р-12.
Обе ракеты имели длину 24 м при диаметре 2,68 м и могли оснащаться как автономной, так и комбинированной (с радиоуправлением) системой управления. Максимальная дальность с термоядерным зарядом, рекомендованным к тому времени для Р-16, должна была составить 12000-13000 км для кислородного варианта Р-9А и 9000-10000 км – для Р-9В на высококипящих компонентах.
ОКБ-1 предлагало выполнить эскизный проект Р-9В совместно с ОКБ-586 и ОКБ-2 А.М. Исаева, имевшего большой опыт разработки азотнокислотных двигателей, а также обещало затем полностью передать эту работу днепропетровской организации. Но в случае принятия этого предложения обнулялась почти трехлетняя работа ОКБ-586 по Р-16.
В соответствии с докладной запиской, при привлечении необходимых сил и средств летные испытания варианта Р-9А можно было начать в 1960 г., а в следующем году – приступить к выпуску серийных изделий. Однако на этой докладной записке отсутствовала подпись непосредственного руководителя большинства подписавших ее главных конструкторов – председателя Госкомитета по оборонной технике К.Н. Руднева.
Его критическая позиция в отношении «девятки» была более чем оправдана. Работы по Р-16 велись с 1956 г., уже началась наземная отработка ее агрегатов, в том числе огневые стендовые испытания экспериментальных вариантов маршевых двигателей. Хотя установленные в 1958 г. сроки испытаний и сдачи Р-16 на вооружение и не удовлетворяли руководство страны, их можно было сдвинуть на более ранний период. Это было целесообразней, чем начинать практически с нуля разработку «девятки». Кроме того, при опережающих сроках создания Р-9 утрачивался смысл работ по Р-16. Все «большое ракетостроение» практически монополизировалось ОКБ-1 и лично Королевым, перед которым, помимо прочих, уже были поставлены важнейшие задачи, связанные с освоением космоса.
Показательным являлось и то, что в докладной записке даже не предусматривалась подпись главного двигателиста В.П. Глушко. Сказались как его давно уже испорченные отношения с С.П. Королевым, так и нежелание заниматься сложными в отработке мощными кислородными двигателями.
С другой стороны, у Р-9 имелись и могущественные сторонники. Их тоже можно было понять. Дело даже не в лучшей точности Р-9Ас комбинированной системой управления и не в меньшем весе и габаритах, допускающих перевозку собранного изделия (Р-16 перевозилась на двух тележках, отдельно по ступеням). Ведь в итоге ни Р-16, ни Р-9А не стали мобильными комплексами даже в понимании 1950-х гг. с уровнем подвижности, обеспеченной на Р-12. Главное заключалось в том, что Р-9А подстраховывала Р-16, в которую было заложено слишком много элементов новизны – прежде всего применение «гептила», на использование которого в Р-9В не решился Королев.
В конце концов решили начать проектирование Р-9А и одновременно ускорить разработку янгелевского изделия. Подобного рода компромиссы в дальнейшем стали своего рода традицией, радостной для конструкторов, но разорительной для экономики страны.
Докладные ЦК КПСС с предложениями по ускорению работ по Р-16 и по созданию Р-9А были направлены 18 и 20 апреля 1959 г., а через месяц – одновременно утверждены соответствующие постановления партии и правительства.
Постановление от 17 мая 1959 г. №521-235 поручило ОКБ-1 разработку МБР Р-9А со стартовым весом 80 т на дальность 12000-13000 км. Точность попадания при использовании на ракете комбинированной системы управления должна была составлять около 10 км, а с применением автономной СУ без радиокоррекции – около 15 км. При этом руководство страны справедливо отвергло предложения по Р-9В, решив не дублировать уже достаточно далеко продвинутые работы по Р-16, тем более – не свертывать их. В тот же день оно Постановлением №514-232 придало импульс для ускорения работ по Р-16 с тем, чтобы начать ее летные испытания в конце 1960 г.
Разработка Р-9А (обозначение «Р-9» уже не употреблялось в официальных документах) осуществлялась кооперацией, сложившейся еще в конце 1940-х гг. Система управления создавалась в НИИ-885 главными конструкторами Н.А. Пилюгиными и М.С. Рязанским, гироприборы – в НИИ-944 под руководством В.И. Кузнецова, наземное оборудование – сотрудниками ГСКБ «Спецмаш», возглавляемыми В.П. Барминым. Традиция была нарушена тем, что наряду с задействованием ОКБ-456 во главе с Глушко на создание жидкостного ракетного двигателя (ЖРД) первой ступени, на второй ступени нашлось место под солнцем для авиационного двигателестроительного ОКБ-154 С.А. Косберга, только с 1957 г. начавшего сотрудничать с ОКБ-1 по двигателям для космических носителей.