Значительно теснее стало и на верхней палубе отсека ЦП — в посту командира и в штурманской рубке. Новый астронавигационный перископ, астрокорректор «Сегмент-8», имел навешенный в нижней части прибор — гировертикаль, что удлиняло шахту перископа, доходившую теперь до палубы ЦП. На верхнюю палубу ЦП и боевой пост командира были вынесены репитеры приборов готовности к стрельбе ракетами и коммутатор громкоговорящей связи «Каштан». При стрельбе ракетами из подводного положения командирский пост в прочной рубке терял свое значение, обеспечивая только режим перископного плавания и погружения-всплытия.
Приборы корабельных систем предстартовой подготовки (КСПО), телеметрического контроля (СТК), единого времени (СЕВ), аварийного подрыва ракет (АПР), а также испытательно-пусковое электрооборудование систем управления пуском ракет (ИПЭСУ) размещались на приборной палубе IV отсека, как в проекте 629.
На верхней палубе ракетного отсека (аналогично проекту 629) разместили койки личного состава и двухместную каюту офицеров, а также нагреватели, охладители и вентиляторы системы поддержания микроклимата в шахтах.
На приборной палубе между шахтами сформировали два боевых поста с аппаратурой управления корабельными системами предстартовой подготовки и обслуживания (АУ КСППО), два поста с приборами измерительно-пускового электрооборудования системы управления (ИПЭСУ), приборы системы «Ставрополь», контроля температуры, газового состава и наличия воды в шахтах, аппаратуру системы единого времени и т. д.
На нижней палубе отсека (под распорной платформой) установили аппаратуру телеметрии «Трал-629Б», предназначавшуюся для записи параметров движения ракеты на подводном участке траектории и фиксирования состояния систем комплекса и аппаратуры борта ракет во время предстартовой подготовки, старта и начального участка траектории движения. Работа всех систем комплекса, телеметрии и связи синхронизировалась при помощи аппаратуры системы единого времени СЕВ-12Л. Здесь же размещались агрегаты питания навигационного комплекса «Сигма-629Б» и насос 6МВх2 системы заполнения кольцевого зазора шахт.
В междубортном пространстве в районе ракетного отсека вместо ЦАЗ и цистерн замещения веса ракет были сформированы две цистерны кольцевого зазора (ЦКЗ) и две цистерны замещения отрицательной плавучести ракет (ЦЗОПИ). Перед стартом вода из соответствующей ЦКЗ насосом 6МВх2 перегонялась в «свою» шахту, после чего давление в шахте выравнивалось с забортным и можно было открывать крышку шахты. Поскольку ракета имела отрицательную плавучесть более двух тонн, во избежание сильного подвсплытия подводной лодки после старта ракеты ЦЗОПИ в определенный момент заполнялась. Для «одержания» корабля по глубине предусмотрели цистерну быстрого погружения, снабдив ее быстродействующим клапаном вентиляции, позволявшим принимать в цистерну определенную порцию воды «на подушку».
С учетом роста энергопотребления установили новую аккумуляторную батарею 48-СМ вместо 46-СУ. В результате переоборудования несколько увеличилось водоизмещение подводной лодки (с 2850 до 2875 т), незначительно изменились и другие характеристики.
На достройку, швартовные и заводские ходовые испытания, комплексные проверки и погружение на предельную глубину с тензометрированием в конструктивно новых узлах прочного корпуса ракетного отсека ушло более трех месяцев.
Зима 1961–1962 гг. выдалась суровой. В начале декабря Белое море сковал сплошной лед, и для проведения АКИ было решено перевести корабль в одну из бухт Кольского полуострова, где базировались подводные ракетоносцы проекта 629 и поблизости имелась техническая позиция для подготовки баллистических ракет к испытаниям.
Для проводки корабля был выделен ледокол «Ермак», обеспечивавший сопровождение судов в Архангельский лесной порт, и 2 января 1962 г. подлодка проекта 629Б с крупно выведенным на бортах ограждения шахт бортовым номером 777 под командованием капитана 1 ранга С.И. Бочкина отошла от стенки завода и самым малым ходом двинулась в кильватер «Ермаку».
В начале 1962 г. в Комиссии по военно-промышленным вопросам при Совете Министров СССР рассматривался вопрос о ходе отработки комплекса Д-4 с ракетой Р-21. Для ускорения завершения работ, в чем были очень заинтересованы руководители ВМФ и промышленности, решено было объединить этапы летно-конструкторских испытаний комплекса Д-4 с подводной лодки проекта 629Б с этапом пристрелочных и зачетных испытаний в один этап совместных испытаний промышленности и ВМФ с выделением 5–7 ракет.
Командир ПЯ проекта 629Б К-142 С.И.Бочкин.
2 февраля 1962 г. ЦК КПСС и Совет Министров СССР утвердили состав государственной комиссии по проведению совместных АКИ. В нее вошли представители заинтересованных госкомитетов и ВМФ. Председателем комиссии был назначен С.С. Хомчик (командир соединения ракетных подводных лодок проекта 629 на Северном флоте), техническим руководителем — заместитель главного конструктора СКБ-385 С.Г. Перегудов, заместителями председателя — главный инженер I ГУ Госкомитета по судостроению И.Б. Михайлов и начальник отдела капитан 1 ранга А.К. Косьмин. На правах членов государственной комиссии в испытаниях участвовали главные конструкторы В.П. Макеев, Н.А. Семихатов, А.М. Исаев, Н.Н. Исанин, Я.Е. Евграфов, Е.Г. Рудяк, А.Г. Иосифьян, Н.С. Лидоренко. Ведущим по комплексу от НИИ вооружения ВМФ был Б.А. Хачатуров.