Малый патрульный катер
Вооруженное судно NB 11 "Красная звезда" в гавани, о.Вис, 1944 год
Овладев побережьем и большинством островов, немецкое командование создало управление морскими силами «Юг». Они состояли из захваченных итальянских кораблей, судов, построенных на Адриатике во время войны, а также доставленных из Германии. Организационно они входили в девятую флотилию миноносцев (семь бывших итальянских), 10-ю десантную флотилию (40-50 паромов «Зибель» и танконосцев), транспортную флотилию (60-80 малых судов), флотилию из 6- 8 минных тральщиков, отряд торпедных катеров, флотилию ПЛО и сторожевую флотилию (6-10 судов). При большом превосходстве немецких сил вооруженные суда НОАЮ никогда не решались нападать на немецкие конвои. Они нападали лишь на отдельные парусно-моторные суда и слабо вооруженные пароходы.
Основной задачей немецких и партизанских морских сил была зашита морских коммуникаций. Немцы осуществляли перевозки в основном с сильным охранением. Потери партизанских военно-морских сил в этом периоде резко возросли, причем к ним следует прибавить и потери от действий союзнических кораблей и авиации. Последние не слишком старались разобраться какая цель перед ними и бомбили, и обстреливали все, что им попадалось в поле зрения. Так, в 1944 г. ВМС НОАЮ потеряли два NB и два PC, потопленных англичанами.
Последующие события характеризуются наступательными действиями НОАЮ как на суше, так и на море. С сентября 1943 г. на Адриатике начали действовать корабли и авиация союзников, войска которых высадились на Апеннинском полуострове. Создание авиационной базы союзников вблизи итальянского города Фоджа значительно облегчило положение югославов на море и в то же время усложнило действия немецких военно-морских сил и ничтожных сил НДХ. Немцы бросили на борьбу захваченные итальянские корабли (эсминцы, миноносцы, торпедные катера), а также перебросили из Германии десантные паромы «Зибель», патрульные и взрывающиеся катера. Поначалу их морские силы получили и авиационную поддержку.
20 января 1944 г. Верховный штаб НОАЮ принял решение об отходе на о.Вис и организации его обороны вместе с союзниками Партизаны оставили Кварнерскис о-ва и в их руках остались только Дугиоток, Корнаты и Ластово. Решение об обороне о. Вис имело громадное значение для всего дальнейшего хода народно-освободительной борьбы. С этого острова югославы предпринимали нападения против немецких сил на островах и побережье, на Вис поступали военные материалы от союзников, на нем же базировались и их легкие силы. Между южной Италией и о. Вис установилась регулярная транспортная связь. В апреле на острове стала базироваться первая эскадрилья истребителей НОАЮ, а в июне туда перебазировался верховный штаб. Остров Вис стал главной базой югославских ВМС. К этому времени они насчитывали 10 больших парусно-моторных судов, 11 пароходов (в качестве NB). около 200 малых ПМС и т. д. Правда, около половины этих судов были неисправны, а на острове отсутствовали ремонтные средства.
В сентябре 1944 г. НОАЮ начала серию десантных операций по освобождению островов и побережья средней и южной Далмации. Напомним, что к этому времени войска Красной Армии вступали на территорию Югославии с Востока, и это. безусловно, самым серьезным образом повлияло на действия немецких сил на побережье.
Первый серьезный рейд партизаны произвели на о-ва Млет и Корчула еще 19-26 апреля. Уничтожив 400 немецких солдат и взяв в плен 459, бойцы НОАЮ вернулись на о. Вис. Их потери составили около 230 человек убитых и раненых, а также вооруженное судно NB7.
9-11 мая было совершено нападение на о. Шолта, а 31 мая-5 июня на остров Брач. Последняя операция осуществлялась при поддержке американских и английских солдат. На о. Брач противник потерял 350 убитых и 250 пленных. HOAIO потеряло около 400 убитых и раненых, а англичане и американцы – более 150. Большим несчастьем была гибель партизанского госпитального судна «Марин 2» (11 мая), потопленного немецкими торпедными катерами. На нем погибло более 65 человек, в основном раненых.
После выхода Болгарии из войны (9 сентября 1944 г.), германской труппе армий «Е» в Греции грозило быть отрезанной от метрополии. В ожидании эвакуации этих войск на север верховный штаб НОАЮ приказал 8-му корпусу всеми силами препятствовать движению вдоль побережья. Против 25 тысяч бойцов корпуса на Далматинском побережье находилось 40 тысяч немцев, усташей и четников. Но, владея инициативой, 8-й корпус НОАЮ, которому тогда подчинялась морская флотилия, мог сосредоточить на направление удара превосходящие силы Так началось освобождение Югославского приморья. Первые операции и десанты были направлены на освобождение средних и южных Далматинских островов: Корчула, Хвар, Брач, Шолта и т.д., а также п-ва Пелешац. Эти операции завершились к 24 сентября, и в них противник потерял более 2000 человек. Вскоре затем была освобождена и материковая прибрежная часть Южной Долмации.
Концентрация морских сил на о. Вис предоставила немцам возможность наносить по ним регулярные удары. До конца года в этом районе произошло несколько столкновений на море. Ночью на 23 октября на четыре судна НОАЮ совершили нападение три немецких торпедных катера у о. Маун. В этом бою единственный раз в ходе войны на Адриатике противник применил торпедное оружие, впрочем, безрезультатно. 14 декабря югославские силы вместе с двумя эсминцами англичан совершили рейд на остров Паг. По возвращении с рейда на мине погиб английский эсминец «Олденхэм» со 113 членами экипажа.