Но в полной мере освоить двухгодичный курс не удалось: начавшаяся 22 июня 1941 г. война перечеркнула многие планы и курсантов выпустили сержантами в сентябре 1941 г. Впрочем, в бой «желторотиков» командование решило не бросать, а направило выпускников по различным авиационным учебным заведениям для прохождения дополнительной подготовки. Анатолий попал на курсы офицерского состава в Конопское авиационное училище, эвакуированное в то время в Грозный. Здесь уже удалось окончательно освоить И-16 и познакомиться с новыми истребителями Як-1 и Як-7. Острая нехватка горючего приводила к тому, что полёты проводились редко, а курсанты изучали матчасть по техописаниям, а тактику боя по наставлениям.
Так проходили месяцы, но в жизни почти ничего не менялось. Учеба, караулы, наряды, снова учеба. Некоторое разнообразие вносило участие в кружке самодеятельности, который выступал на каждом празднике. Как выя. снилось, Анатолий неплохо отбивал чечётку и вместе со своим другом Алексеем Хлоповым не раз демонстрировал искусство под восторженные аплодисменты товарищей и начальства.
В марте 1943 г. жизнь круто изменилась: с окончанием училища Анатолию Морозову присвоили звание лейтенанта, после чего направили в 6-й запасной авиационный полк, который базировался в Рассказово под Тамбовом. Здесь молодому офицеру пришлось провести ещё несколько долгих месяцев. Горючего по прежнему было мало, а потому летать ему приходилось редко, что позволяло в лучшем случае только поддерживать имеющиеся навыки пилотирования, но никак не повышать своё мастерство.
«Основная деятельность поло, — вспоминал Анатолий Сергеевич, — была направлена на восстановление боеспособности выводимых с фронта на доукомплектование частей, многие из которых были обескровлены. Из разговоров с прилетавшими фронтовиками мы знали, что немецкие пилоты имеют значительный опыт и не прощают ошибок в бою. Ко всему прочему фронтовики не скрывали, что «мессеры» значительно превосходят наши «Яки» по скорости и навязывают нашимжестокие схватки на вертикалях не ввязываясь в бои на виражах.
Понятно, что в этих условиях командиры выводимых на доукомплектование частей в первую очередь старались набирать пилотов уже имевших боевой опыт и прибывавших в 6-й ЗАП из госпиталей. На нас, вчерашних курсантов, хотя и щеголявших в новеньких погонах, обращали внимание лишь в последнюю очередь, когда требовалось добирать части до полного штата. Но к лету поток «купцов» (так мы называли офицеров с фронта) резко возрос и постепенно наши ряды начали редеть. Наконец, буквально перед самым началом Орловско-Курской операции настала и моя очередь. Вместе с четырьмя другими лётчиками в июне 1943-го нас забрал с собой майор Куки, начальник воздушно-стрелковой службы 163-го истребительного авиаполка. Мы вылетели на «Яках» и вскоре приземлились на аэродроме базирования полка в местечке Калпна под Курском.».
Полком командовал подполковник П.А.Пологов, великолепный лётчик и толковый командир, для которого Великая Отечественная была уже третьей по счёту войной, поскольку свой боевой путь он начал в 1939-м над Халкин-Голом, а затем продолжил в 1940-м над Финляндией. К концу войны на его счету будет 660 боевых вылетов и 28 сбитых самолётов противника, за что он будет награжден званием Героя Советского Союза. Будучи опытным командиром подполковник Пологов распределил пополнение по подразделениям и Анатолий Морозов попал в 1 — ю эскадрилью, которой командовал капитан Манкёвич.
До того как попасть на фронт Манкевич довольно долго служил инструктором в Борисоглебской авиашколе, что позволило ему приобрести значительный лётный опыт. Как боевой командир он часто водил группы истребителей на задания, и концу войны на счету комэска было 182 боевых вылета и 17 сбитых самолётов противника.
Несмотря на невиданный накал боёв — Люфтваффе яростно сражались, пытаясь захватить потерянное весной господство в воздухе, — командование полка не спешило вводить в бой молодых, резонно полагая, что в схватках с немецкими асами «желторотикам» придётся нелегко. Однако противник явно не рассчитал свои силы и постепенно наступательный порыв его танковых и моторизованных соединений иссяк. Немецким лётчикам тоже приходилось нелегко: советские ВВС обладали существенным количественным превосходством, а качественное преимущество германской матчасти летом 1943-го уже не ощущалось так остро, как в 41 — м и 42-м. К тому же в июле началась высадка союзников в Италии и немецкому командованию пришлось перебросить на Средиземное море некоторые части, что еще больше ухудшило положение на Восточном фронте.
2 августа 1943 г. был получен приказ на прикрытие наступавших танковых частей и лейтенант Морозов был впервые включён в состав боевого воздушного патруля. Ведущим у Анатолия был командир звена старший лейтенант Михаил Кибкалов. «Почти сразу же после взлёта, — вспоминает Анатолий Сергеевич, — я увидел, что там, куда мы направляемся, весь горизонт затянут клубами дыма и пыли. Постепенно набрали высоту, подходим к линии фронта. Я был еще неопытен, а потому многого не видел.
