В документе отмечалось, что большая работа проводилась по повышению надежности систем механизации крыла, шасси и управления стабилизатором. Для предотвращения причин проявившихся отказов системы управления стабилизатором разработанные мероприятия были выполнены во всем парке. До проведения доработок существовало требование: перед каждым полетом производить проверку перекладки стабилизатора на пи кирование и кабрирование. В результате на земле удалось выявить 3 отказа. В полете отказов не было. В эксплуатации произошли случаи невыпуска предкрылков (один в 1986 г. и несколько в 1987 г.), случаи невыпуска закрылков, отказы в системе выпуска спойлеров, что повлекло за собой необходимость доработок. Были случаи неуборки шасси. Левинских признавал, что ОКБ допустило просчеты в разработке конструкции и технологических процессов по спойлерам, предкрылкам, закрылкам, системе управления шасси, и это привело к доработке указанных систем уже в процессе эксплуатации.
Раскапотированная ВСУ типа ТА-12
Обслуживание ВСУ типа ТА-6В
Як-42 проходит обслуживание в ленинградском аэропорту Пулково. 1980-е годы
После развала Советского Союза произошел распад Аэрофлота. На базе его территориальных управлений было создано большое количество новых, зачастую мелких авиакомпаний, к которым и перешла часть парка самолетов Як-42. На его эксплуатации сказалось общее снижение объема авиаперевозок в условиях резкого повышения цен на билеты.
Тем не менее, Як-42 оставался востребованным, не в последнюю очередь благодаря своей экономичности. Например, в России такие лайнеры использовал целый ряд авиакомпаний, в т.ч.: «Авиалинии Кубани», «Саратовские авиалинии», ЮТэйр, «Як-Сервис», «Грозный- Авиа», «Газпромавиа». Среди украинских эксплуатантов можно отметить: «Донбасо, -Крым», «Львовские авиалинии». Як-42 также оказались в парке авиакомпаний Армении, Грузии, Казахстана, Киргизии, Латвии, Литвы. Молдавии и Туркменистана.
В начале 2000-х годов в России в качестве оператора Як-42 выступила лизинговая компания «Авиатехнология». В 2002 г. в ее собственности числилось почти 30 Як-42, которые сдавались авиаперевозчикам в эксплуатационный лизинг. Прошедшие доработку Як-42 с установленными звукопоглощающими панелями удовлетворяли требованиям Главы 3 ИКАО по шуму, что позволяло эксплуатировать их на международных линиях без ограничений. Заказчиками «Авиатехнологии» стали авиакомпании «Алания», «Карат» и «Самара», которые использовали эти самолеты для регулярных и чартерных рейсов как внутри России, так и в зарубежные аэропорты (например, «Самара» осуществляла чартерные программы на линиях в Турцию и на Кипр).
По данным на начало 2011 г., сотня Як-42 находилась в парке 35 российских авиакомпаний. Наиболее крупными эксплуатантами на тот период являлись «Кубань» и «Саратовские авиалинии». Однако в последние годы Як-42 испытывает растущую конкуренцию со стороны пассажирских самолетов иностранного производства, вытесняющих российскую авиатехнику. Так, в 2013 г. ЮТэйр вернула все Як-42 арендодателю – компании «Тулпар Эйр». К 2013 г. в гражданской авиации России эксплуатировались 44 самолета Як-42 и Як-42Д (по другим данным – около 50).
Тем не менее, в 2013 г. Як-42 продолжали выполнять значительный объем работы в своем сегменте. По итогам того года среди основных реактивных самолетов на региональных авиалиниях РФ наибольший объем пассажирооборота оказался у самолетов CRJ100/200 (1,9 млрд. пасс-км), второе место у Як-42 (1,7 млрд. пасс-км), третье – у Ан-148 (893 млн. пасс-км). При этом надо учитывать, что и CRJ, и Ан-148 – самолеты существенно меньшей размерности, а «сто сорок восьмых» в то время было еще и в четыре раза меньше, чем Як-42.
По состоянию на начало 2014 г., в России для региональных авиасообщений использовались 30 самолетов Як-42, входивших в парк пяти эксплуатантов, в т.ч. «Саратовские авиалинии» располагали девятью такими лайнерами, «Газпромавиа» – семью, «Грозный Авиа» – шестью. Однако почти все эти авиакомпании вынашивали планы замены Як-42 на другие типы. В других постсоветских странах этот процесс уже практически завершен. До недавнего времени такие самолеты еще летали в авиакомпаниях Украины и Казахстана. Однако по состоянию на 31 марта 2014 г. в реестре гражданских воздушных судов Украины Як-42 уже не значатся. Согласно справочнику JP airlines fleets 2013/14, в Казахстане числится 8 лайнеров этого типа (из них 4 – на хранении).
Як-42Д авиакомпании «ЮТэйр» заходит на посадку в аэропорту Внуково в апреле 2012 г.
Взлетает Як-42Д авиакомпании «Донбассаэро». Харьков, 29 июня 2000 г.
Як-42Д авиакомпании «Газпромавиа» оторвался от ВПП аэропорта Геленджик 8 сентября 2012 г.
Нужно отметить, что Як-42 оказался одним из самых безопасных пассажирских самолетов. После катастрофы 28 июня 1982 г. с лайнерами этого типа произошло еще 7 тяжелых летных происшествий, однако все они были связаны с навигационными и пилотажными ошибками экипажей или неправильными действиями наземных служб. Сам самолет больше не подводил ни разу.
Пожалуй, наибольший резонанс получили две катастрофы. 26 мая 2003 г. Як-42Д (UR-42352, зав. № 4520421811395) авиакомпании «Украинские Средиземноморские линии», выполнявший чартерный рейс из Бишкека в Сарагосу, врезался в гору при промежуточной посадке в турецком аэропорту Трабзон. Погибли 62 испанских военнослужащих, возвращавшихся из Афганистана, и 13 членов экипажа. Комиссия, расследовавшая катастрофу, пришла к выводу, что она стала следствием потери экипажем понимания текущей ситуации, нарушения требований, установленных РЛЭ самолета и схемой захода на посадку, выполнения неточного захода на посадку, неправильного использования автоматизированных систем управления полетом, отсутствия должного уровня подготовки и снижения ниже установленной высоты снижения для данного района.