В связи с тем, что в данном районе не имелось ни одного полка истребительной авиации или авиации ПВО, лет- . чики 43-го АПИБ осуществляли функции ПВО в дневное время. Первоначально на самолеты Су-17 подвешивалось по две подвижные пушечные установки СППУ- 23, впоследствии на Су-17МЗ установки заменили на ракеты Р-60 и Р-60М. Ежедневно на дежурство заступала основная пара летчиков, а также в постоянной готовности в гарнизоне находилась пара усиления и пара для работы в СМУ.
43-й АПИБ находился на службе в Чойбалсане до 1990 г. после чего было принято решение о ликвидации группировки советских войск в Монголии. В течение крайних трех лет полк отлетал без аварий и показал высокие результаты исправности авиационной техники. ТЭЧ полка в 1989 г. была признана лучшей в Забайкальском военном округе. Благодаря колоссальным усилиям офицеров штаба 43-й АПИБ не был расформирован, а его знамя и регалии не списаны в архив.
В июне 1990 г. полк в составе 43 единиц авиационной техники перебазировался в поселок Гвардейское Крымской области, и получил новое наименование - 43-й отдельный морской штурмовой авиационный полк (ОМШАП). 1 декабря 1990 г. авиационная часть вошла в состав ВВС Черноморского флота и 20 декабря приступила к летной работе. В ее составе насчитывалось 44 самолета Су-17 различных модификаций и 18 Ту-16К на хранении, доставшиеся в наследство от расформированного 124-го МРАП ВВС ЧФ. Основными задачами полка в те годы была подготовка летного состава к боевым действиям по уничтожению корабельных ударных групп, десантных групп, транспортов и конвоев вероятного противника.
После распада СССР, в декабре 1991 г., 43-й ОМШАП остался под российской юрисдикцией. В свете начавшегося массового сокращения Вооруженных Сил наступили тяжелые времена. В соответствии с договоренностями между Российской Федерацией и Украиной часть боевой техники в количестве 24 самолетов была передана украинской стороне и перебазирована на аэродром Лиманское. Полк был сокращен до отдельной эскадрильи и стал называться 43-й ОМШАЭ. В его составе осталось 20 самолетов Су-17МЗ и 2 Су-17УМЗ.
Самолеты Су-17МЗ, аэр. Гвардейское
Прибытие первых Су-24 в Гвардейское, зима 2000 г.
В январе 1998 г. на вооружение эскадрильи для замены старой техники начали поступать фронтовые бомбардировщики Су-24 из состава 846-й гвардейской ОРАЭ ВВС Балтийского Флота. Несколько лет Су-24 находились в Анапе в Краснодарском крае, потому как власти Украины не давали разрешения на перелет самолетов в Крым. Су-17, которые к этому времени практически выработали ресурс, были выведены из боевого состава и разделаны на металлолом.
По вине украинских властей вопрос о перелете Су-24 решался почти 3 года. Все это время Черноморский Флот был лишен своей главной ударной силы - бомбардировочной авиации. Только после личного вмешательства Президента Российской Федерации В.В. Путина ситуация сдвинулась с мертвой точки. Первая четверка Су-24 приземлилась в Крыму в декабре 2000 г. Перебазирование было завершено в течение года, и личный состав приступил к освоению новой техники. Командир ОМШАЭ летчик-снайпер п-к В. Фисенко начал ставить на крыло первые летные экипажи. Переучивание давалось нелегко. После сдачи Су-17, отслуживших свой срок, летчики-черноморцы не летали почти 4 года. Вскоре в дополнение к бомбардировщикам эскадрилья получила несколько разведчиков Су-24МР. Наряду с возобновлением боевой подготовки постепенно возрождалась и материально-техническая база гарнизона.
В декабре 2004 г. эскадрилья вновь была преобразована в отдельный морской штурмовой авиационный полк.
Боеготовность полка постепенно возрастала. Это стало возможным на фоне положительных сдвигов в обеспечении учебного процесса авиационным топливом и ГСМ.
В августе 2008 г. летчики 43-го ОМШАП участвовали в операции по принуждению Грузии к миру. Экипажи п/п-ка Цуранова, п/п-ка Богданова, м-ра Семенова и м-ра Лукьянова с аэродрома Гвардейское выполнили несколько боевых вылетов в Южную Осетию на самолетах Су-24. Позднее они были переброшены в Анапу для работы по команде, но боевых вылетов не проводили. Кроме них в конфликте от полка принимали участие два экипажа разведчиков Су-24МР п-ка Багаева и п/п-ка Новикова. Общее руководство группой от МА ЧФ осуществлял п-к Фисенко.
Подготовка к ночному вылету
В середине 2009 г., в соответствии с решениями Министерства обороны по переводу Вооруженных Сил РФ на “новый облик”, 43-й ОМШАП в составе двух эскадрилий вместе с частями обеспечения на аэродроме Гвардейское был переформирован в 7058-ю Севастопольскую Краснознаменную ордена Кутузова авиационную базу Морской авиации ЧФ.
1 декабря 2011 г. авиабаза была расформирована. Единственная оставшаяся к тому времени штурмовая эскадрилья была включена в состав 7057-й авиационной базы МА ЧФ (аэродром Кача) без смены места дислокации. Боевое знамя полка было сдано в музей Морской Авиации Черноморского Флота.
Зимой 2014 г. самолеты полка принимали участие в обеспечении безопасности зимних Олимпийских игр, проводившихся в Сочи.
24 июня 2014 г. часть вновь изменила наименование на 43-й Севастопольский Краснознаменный ордена Кутузова III степени отдельный морской штурмовой авиационный полк.