Доработанную хвостовую часть перевезли в ЛИИ в ночь на 3 декабря. А в середине месяца после завершения испытаний на вибропрочность Як-50 подготовили к полетам, однако до конца года самолет больше в воздух не поднимался. Этому способствовала плохая погода и ремонт, который вызвало повреждение воздушного канала при гонке двигателя 22 декабря, а назначенный на 29 декабря полет не состоялся из-за отказа радиостанции, что потребовало ее замены.
2 января 1950 г. летчик- испытатель С.Н. Анохин совершил контрольный полет на доработанной машине.
Через три дня он выполнил полет с целью оценки поведения самолета на больших скоростях. Сделав четыре разгона до чисел М=0,98-0,99 на высотах 6000 м и 10000 м, летчик отметил, что подергивание педалей и РУС наблюдалось, но в более слабой степени по сравнению с полетами, производившимися до доработки самолета.
Так как тряску полностью устранить не удалось, созданная из специалистов ЦАГИ и ЛИИ комиссия в конце первой декады января провела исследование ее причин. Параллельно на машине устраняли выявленные недостатки в работе генератора, клапана кислородной системы и комбинированного клапана наддува и герметизации кабины. После обсуждения причин тряски хвостовой части фюзеляжа истребителя-перехватчика Як-50 начальник ЦАГИ С.Н. Шишкин дал указание провести работы по ее устранению в три этапа, которые требовалось выполнять последовательно с проведением контрольных полетов.
Первый этап предусматривал установку вместо имевшегося руля направления разрезного, а также измененного по предложению комиссии зализа стабилизатора с килем. На втором этапе требовалось установить демпфер в системе управления рулем направления. И, наконец, на третьем этапе предполагалось установить новый зализ киля с фюзеляжем и изменить стреловидность стабилизатора. В связи с этим хвостовую часть отстыковали и отправили в Москву для проведения доработок по первому этапу, которые завершили 20 января. Одновременно с этим на машину установили элероны с увеличенной компенсацией и установили рядом с ними дополнительные гребни.
Метеоусловия позволили поднять в воздух доработанную машину лишь 3 февраля. В этот день летчик-испытатель С.Н. Анохин выполнил три полета на высотах от 5200 м до 11500 м. При этом он отметил, что толчки, наблюдавшиеся на РУС пропали, но колебания в виде незначительного зуда на педалях ножного управления остались. Появлялись они на отметке М=0,95 и пропадали при М=0,98. После этих полетов при осмотре двигателя ВК-1 №9108 представителями завода №117 в нем была обнаружена мелкая металлическая стружка, что потребовало его замены. В свою очередь на хвостовой части фюзеляжа начались работы по установке гребня у основания руля направления.
С новым двигателем машина совершила контрольный полет 9 февраля, после чего в системе управления рулем направления установили демпфер ЦАГИ. Проведенный 16 числа испытательный полет на высоту 5000 м показал, что тряска педалей все еще имеет место, причем при М=0,98 она уже не пропадала. В связи с этим С.Н. Шишкин дал указание специалистам ЦАГИ и ЛИИ провести разбор результатов полета и разработать дальнейшие мероприятия по устранению тряски. Было рекомендовано увеличить вырез в середине руля направления и изменить схему весового балансира. Выполненный 11 марта на высоте 5000 м контрольный полет с переделанным рулем направления показал, что проблема все еще имеет место. Однако при этом летчик отметил значительные улучшения в части устранения этого дефекта.
Вопрос о дальнейшей доработке хвостового оперения Як-50 был рассмотрен и.о. начальника ЛИИ И.В. Остославским совместно со специалистами ЦАГИ и представителями главного конструктора. В итоге решили провести дополнительные местные изменения на руле высоты путем обреза внутренних торцов на 55 мм с каждой стороны. Доработку руля в ОКБ-115 завершили 18 марта. В этот же день хвостовую часть доставили в ЛИИ и установили на самолет. Погода также позволила в этот день поднять Як-50 в воздух. В течение 32 минут С.Н. Анохин гонял машину на высотах 5000 м и 9000-11000 м, доводя число М до 1. На больших высотах тряска уже не наблюдалась, а вот на высоте 5000 м при М=0,98 она, увы, имела тот же характер, что и ранее.
Следующим шагом стала установка удлиненного обтекателя на хвостовое оперение. Но состоявшийся 22 марта очередной полет на высотах 4800- 5000 м не принес желаемого результата. При М=0,97 появлялся зуд педалей и РУС, на М=0,98 он несколько увеличивался, а при М=0,99 оставался неизменным. Не наступил прогресс и после увеличения момента инерции руля направления примерно на 45%. Выполненный 25 марта контрольный полет на высотах 5000 м и 10000 м, в котором скорость доводилась до отметок М=0,98 и М=0,99 соответственно дал те же результаты. На больших высотах тряска педалей и РУС отсутствовала, а на высоте 5000 м характер тряски по сравнению с предыдущими полетами не изменился.
На этом этап заводских летных испытаний легкого истребителя-перехватчика Як-50 завершился. В общей сложности на машине было выполнено 43 полета общей продолжительностью 18 ч 48 мин. Они полностью подтвердили все выводы, сделанные на основе продувок моделей в аэродинамических трубах, а также предварительные результаты, о которых А.С. Яковлев докладывал М.В. Хруничеву. Действительно, полученные летные данные по основным показателям ставили Як-50 выше всех опытных отечественных истребителей вышедших на испытания в 1949 г.
