Четыре раза в каждый год проводились работы по обеспечению специспытаний на острове Новая Земля, в суровом регионе, где и хорошей погоды то почти не было. Это было правительственное задание особой важности, которое просто не могло быть не выполнено. Приходилось проводить громадный объем работ по доставке большого количества техники и материалов и строительству спецобъектов. Все это надо было успеть сделать в очень сжатые сроки в летний период, который был чрезвычайно коротким, а подготовка велась круглый год.
С особой гордостью Алексей Алексеевич вспоминает слова командующего флотом адмирала И. Капитанца, который, вызвав подчиненных со всех гарнизонов, зачитал приказ, состоявший всего из одной фразы: «Службу полковника Макарычева ставлю в пример офицерам флота».
Это был уже 1986 г, когда Алексей Алексеевич покидал ставшие родными заполярные широты, получив приказ о назначении начальником ГлавСпец ВСУ космодрома Байконур.
В то время на Байконуре полным ходом работало строительное управление (знаменитая в/ч 12235), созданное генерал-майором Г.М. Шубниковым, которого Макарычев считает легендарным человеком и всегда отзывается о нем с особой теплотой. Действительно, трудно представить как его группа, высадившись в январе 1955 г. на станции Тюра-Там в чрезвычайно короткие сроки сдала и ввела в эксплуатацию знаменитые стартовые площадки, с которых были проведены запуски первого искусственного спутника Земли и первый запуск в космос Ю.А. Гагарина, а также монтажно-испытательный комплекс и другие объекты. Это был настоящий подвиг выполнить такой объем работ в условиях полного бездорожья, отсутствия станции разгрузки вагонов, отсутствия электричества и источников питьевой воды. Проводилась специальная обработка, в ходе которой полностью снимали растительный слой местности. Кроме того, сложные климатические условия, летом жара под 40 °C, зимой сильные морозы и ледяной ветер.
Новые задачи, поставленные перед Алексеем Макарычевым были примерно в десять раз больше. Предстояло обеспечить и провести полный комплекс работ по программе «Энергия-Буран». Для этого было создано Главное специальное военное строительное управление, в котором пришлось создавать огромное количество строительных организаций, заниматься тщательным подбором кадров и одновременно выполнять сложнейшие задачи.
Не успел он сойти с трапа самолета на аэродроме Крайний, как офицер связи вручил ему специальную шифрограмму, по которой предписывалось разгрузить 900 железнодорожных вагонов на следующее утро и лично доложить о выполнении работ Министру Обороны Советского Союза маршалу Д. Язову. Как вспоминает Алексей Алексеевич, узнав какой объем работ предстоит выполнять, на душе стало тревожно. Полчаса в одиночестве ходил во взлетной полосе в раздумье. Разговор с самим собой закончил жестко: «Работать!»
С этой задачей и всеми последующими Алексей Макарычев справился. Уже через пару месяцев досконально знал каждый объект, людей, освоил специфику строительства для космических войск. Многое из того, что строилось на Байконуре, по объемам сложности в техническом и технологическом отношении, не имело аналогов в Советском Союзе. Это требовало большого напряжения сил, высочайшей организованности, широкого профессионализма, умелой координации огромного коллектива строительства. Коллектив, воспитанный генерал-майором Г.М. Шубниковым, был полностью готов к таким работам. Это были люди-патриоты, уже прослужившие на Байконуре к тому времени по 25 лет.
Среди сложнейших поставленных задач были такие, как строительство самых больших в Европе азотно-кислородного завода и завода холода для термостатирования компонентов ракетного топлива. Для этих целей также были построены гигантские резервуары, значительно превышавшие по объему, строившиеся ранее. Намного была увеличена численность рабочих, монтажников, добавлялось и количество строительной техники. На станцию приходило огромное количество железнодорожных вагонов с изделиями и материалами, которые потом распределялись по строительным объектам. Также были построены монтажно-испытательные корпуса, различные удаленные объекты, осуществлявшие контроль за полетами — это специальные станции в Джезказгане, Караганде и Барнауле. Информационно-вычислительный центр (ИВЦ) на Байконуре был построен с нуля и строился таким образом, что когда сдали первый этаж, там сразу же приступали к работе специалисты, и при этом шла отделка следующих этажей.
Помимо всего прочего решалась важная задача резервирования электроэнергии. Во время начала подготовки к пуску очень важно было обеспечить непрерывное электроснабжение. А перебои с внешними источниками электроснабжения случались довольно часто: то гроза, то короткое замыкание. Было понятно, что необходимо иметь свой такой источник. Для этого из Тюмени перегнали три энерго-поезда, которые работали на БАМе и в сжатые сроки была введена собственная электростанция мощностью 72 МВт. Все последующие работы проводились уже своими силами.
Однажды руководство космических войск поставило задачу создать и построить кратковременный мощнейший источник водоснабжения, чтобы было возможно отсекать звук взлетающей ракеты. В течение пяти месяцев задача была выполнена, источник, потреблявший огромное количество воды был введен в строй.