Подготовка к такому масштабному учению заняла не мало времени и началась задолго до начала активной фазы. В начале сентября на территорию Белоруссии начали прибывать российские военнослужащие. Несколько дней железнодорожным транспортом проходила передислокация личного состава и тяжелой техники. Первый военный эшелон доставивший передовую команду и военную технику прибыл на станцию Озерище под Минском 3 сентября. Это подразделение обеспечения совместно с белорусскими военнослужащими участвовало в развертывании систем управления.
На калининградские аэродромы Черняховск и Донское была переброшена авиационная группировка Западного военного округа, а также самолеты военно-транспортной авиации Ил-76МД. Истребители-бомбардировщики Су-34 совершили перелет в Черняховск с северного направления над нейтральными водами Балтики, не нарушая воздушных границ прибалтийских стран в сопровождении лидера транспортного Ил-76МД. Кроме этого из Черняховска были задействованы местные бомбардировщики Су-24М, пара разведчиков Су-24МР, перехватчики Су-27 (базируются на другом аэродроме Калининградской области — Чкаловск, в настоящее время закрытый в связи с капитальным ремонтом), ударные вертолеты Ми-24 и многоцелевые Ми-8. В Донское была перебазирована группа вертолетов Ми-24 и Ми-8. Здесь уже приходилось использовать тяжелый транспортный самолет Ан-22 “Антей». На аэродроме Пушкин с вертолетов снимались лопасти, далее осуществлялась погрузка на борт и переброска в Черняховск. Там проходила сборка и вертолеты уже своим ходом перелетали в Донское. Кроме этого с Донского работала пара местных Ка-27ПС и было организовано боевое дежурство нескольких Ка-27ПЛ.
Посадка Су-34 в Черняховске
Участники учения — экипажи Су-34 Воронежской авиабазы
В основу замысла учения «3апад-2013» были положены выводы и опыт локальных вооруженных конфликтов последних десятилетий. Особое внимание было обращено на то, что происходило в последние годы в Северной Африке и на Ближнем Востоке. В связи с этим в основу положена возможная ситуация, связанная с возрастанием активности незаконных вооруженных формирований и наемнических структур. Руководством учения основное внимание уделялось отработке современных форм и способов применения Региональной группировки войск, главной целью которой является защита Союзного государства. Отрабатывались совместные боевые действия, осуществлялось проведение морской блокады, локализация вооруженных конфликтов, проведение спецмероприятий по ликвидации незаконных вооруженных формирований.
На органы военного управления легла особая нагрузка. Опробована методика ликвидации диверсионно-разведывательных групп условного противника, проверено состояние прикрытия границ Союзного государства, противовоздушной обороны пунктов управления.
20 сентября совместное оперативное учение «3апад-2013» перешло в активную фазу, которая продолжалась несколько дней. По сценарию учения на территорию Союзного государства вторгаются хорошо вооруженные и подготовленные экстремистские группы и бандформирования, цель которых — подготовка и проведение террористических актов и дестабилизация обстановки в стране. Им оказывается внешняя поддержка в виде материально технической помощи, поставок вооружения и военного имущества. Для стабилизации обстановки на территории Союзного государства в Республику Беларусь были оперативно переброшены подразделения Вооруженных Сил Российской Федерации, которым в тесном взаимодействии с вооруженными силами Республики Беларусь предстояло блокировать и уничтожить условные незаконные бандформирования. Завершающий этап учения проходил на белорусском полигоне Гожский и на российском полигоне Хмелевка Калининградской области, где за действиями войск наблюдали Президенты Российской Федерации и Республики Беларусь Владимир Путин и Александр Лукашенко.
Действие на полигоне Г ожский началось 22 сентября, где сухопутные войска и авиация отрабатывали спецоперацию по отражению нападения незаконных вооруженных формирований, пытавшихся прорваться на территорию Союзного государства. По заранее спланированному сценарию колонны боевиков на автомобилях предпринимают попытку пересечь государственную границу. После их обнаружения по скоплениям условного противника наносятся авиационные удары штурмовиками Су-25 и вертолетами армейской авиации Ми-24 и Ми-8. На пути отхода «террористов» с вертолетов Ми-8 высаживается тактический десант российских и белорусских подразделений, а по позициям врага открывает огонь артиллерия. После подавления важных огневых точек в бой вступают мотострелковые подразделения, завершающие разгром условного противника.
Экипажи фронтовых бомбардировщиков Су-24М авиагруппы Черняховск
С территории Белоруссии действие плавно переходит на Балтику на полигон Хмелевка под Калининградом, где 26 сентября развернулся розыгрыш наиболее эффектного эпизода учения «3апад-2013». Хорошо организованная вооруженная группа бандформирований захватила прибрежную территорию и 2 населенных пункта, закрепившись и организовав круговую оборону. Морским путем условному противнику непрерывно шла доставка оружия, боеприпасов, продовольствия. К месту разворачивающихся событий стягиваются вооруженные силы Российской Федерации и Республики Беларусь. Войскам поставлена задача освободить захваченную территорию и уничтожить условного врага. Отряд кораблей Балтийского Флота стягивается в район событий и организует морскую блокаду с целью воспрепятствовать доставке грузов противнику. В Балтийском море начинается розыгрыш одного из эпизодов. Несколько вражеских судов прорывают морскую блокаду и приближаются к побережью. Союзные силы наносят удар по ним с помощью РСЗО «Град». Незаметно в дело вступают боевые пловцы-минеры, закреплявшие взрывчатку под днище кораблей, которые были подорваны через несколько минут. Одновременно на одно из вражеских судов с вертолета Ми-8 высаживается спецназ, который обезвреживает его экипаж.