Для прицельного сбрасывания бомб, радиомаяков, а также точного десантирования людей и грузов в кабине штурмана устанавливались бомбардировочные прицелы.
На универсальной раме, монтируемой на створках грузового отсека, устанавливался один дневной аэрофотоаппарат. На ту же раму мог крепиться ночной аэрофотоаппарат. Все они могли устанавливаться в горизонтальном или вертикальном положении и предназначались для фоторазведки и плановой аэрофотосъемки маршрутов, площадей и отдельных объектов в дневных и ночных условиях. Для выполнения двухмаршрутной аэрофотосъемки на раму ставилась автоматическая качающаяся фотоустановка, которая обеспечивала установку фотоаппаратов.
Основой для первого этапа совершенствования военно-транспор- тной модификации самолета стал опыт эксплуатации, полученный испытателями и строевыми экипажами. Ан-12 заменяли стареющие поршневые машины, которые были плохо приспособлены для перевозки тяжелой и крупногабаритной техники. В ходе эксплуатации выяснилось, что самолет имеет значительные резервы и грех было этим не воспользоваться. Конструкторы пошли навстречу пожеланиям заказчика, и вскоре у Ан-12 величина полезной нагрузки была поднята до шестнадцати, а позднее и до двадцати тонн.
Недостатком двигателей АИ-20, свойственным и другим отечественным ГТД, была высокая дымность
Ан- 12Б чехословацких ВВС. Из стран Варшавского договора; помимо ЧССР, Ан-12 получили также Польша и Болгария
Увеличению разрешенной максимальной взлетной массы и полезной нагрузки способствовало и то, что с сотого серийного Ан-12 было принято решение частично отказаться от такого унаследованного от пассажирского Ан-10 излишества, как герметизация центральной части фюзеляжа. Отказ от этого позволил снизить массу планера и увеличить вес груза и топлива. Этому же способствовало и усиление шасси самолета, поскольку первоначально из-за ограничения по его прочности Ан-12 имели взлетный вес не более 54 т. Соответственно была ограничена и масса нагрузки. Первые машины могли поднять 14200 кг груза, а после усиления - 16000 кг
Для полетов на большую дальность в 1960 году один Ан-12 был доработан в Ан-12УД («увеличенной дальности»), в грузовой кабине которого разместили дополнительные топливные баки от бомбардировщика ЗМ общей емкостью 7600 л. Это позволило довести общий запас топлива на борту до 21870 л (вместо прежних 14500 л). Также увеличили запас масла и кислорода. На испытаниях, проведенных ОКБ Антонова совместно с ВВС в период с 20 по 27 октября 1960 года, модернизированный самолет с полезной нагрузкой 3000 кг достиг дальности 4900 км, что было на 1700 км больше, чем у "обычного" Ан-12. После испытаний Ан-12УД был передан в ВВС, эксплуатировался в строевой части но был разбит в мае 1968 года из-за ошибки экипажа.
Такой вариант увеличения дальности полета был сравнительно дешевым и простым, но далеко не самым совершенным - все же баки занимали добрую половину грузоотсека. Более изящным решением стало включение в топливную систему трех фюзеляжных дополнительных баков емкостью 5500 л (передняя группа, два бака) и 4350 л (задняя группа, один бак). Они устанавливались под полом грузовой кабины, там, где у Ан-10 находились грузовые отделения. Доработку под новые подпольные баки с 1963 по 1989 годы прошли многие Ан-12, а также последующие Ан-12А и Б, которые после этого стали называться Ан-12П, АП и БП. Кроме того, последние серии "бэшэк" ташкентского предприятия уже при постройке на заводе получали подпольные баки и выпускались сразу как Ан-12БП.
В 1961 году рассматривался также вариант Ан-12 с установкой под крыло двух подвесных баков емкостью по 6000 литров каждый и оснащением машин системой дозаправки топливом в полете. Но этот проект так и остался на бумаге.
В том же году начался выпуск новой модификации самолета - Ан-12А. Главным новшеством этого варианта стало добавление четырех мягких топливных баков - двух семисотлитровых в отсеках крыла возле внутренних силовых установок и двух четырехсотпяти десяти литровых возле внешних. Благодаря этому общая емкость топливных баков была доведена до 16600 л при полной заправке. Ан-12А получил также усовершенствованные ТВД АИ-20 2-й серии с новыми винтами, а в ходе выпуска - и АИ-20А 3-й серии с увеличенным ресурсом. Выпуск АИ-20А был налажен в Перми, а с 1966 года двигатель этой модификации освоил и запорожский завод. ТВД имел взлетную мощность 4000 л.с., и на крейсерском режиме его удельный расход топлива составлял 0,210 кг/л.с.-ч. Внесли и ряд других мелких изменений в конструкцию и оборудование самолета. На ранних Ан-12А кабина сопровождающих была рассчитана на 14 мест, а у более поздних самолетов - уже на 20 человек. Число мест для десантников в грузовом отсеке не превышало 86. Продолжилось и совершенствование оборудования самолетов.
Ан-12А строился относительно небольшой серией. Первые "ашки" поступили в полки ВТА зимой 1963 года.
Рациональная конструкция машины и заложенные в нее резервы позволили в дальнейшем в ходе выполнения капитальных ремонтов многие «чистые» Ан-12 доработать в Ан-12А, а затем некоторые и в Ан-12АП.