В апреле следующего года с поступлением самолётов началось их освоение. Предварительно на аэродроме Жуковский организовали приём зачётов и экзаменов на допуск к полётам. Перед полётами с лётчиками в течение 6-7 ч проводились тренировки на тренажёре, который обеспечивал возможность отработки навыков взлёта, пилотирования в воздухе и захода на посадку только до высоты выравнивания, что и было его существенным недостатком.
Вывозные и контрольные полёты лётчики-инструкторы производили на Ту-22У на заводском аэродроме в Казани после чего тренировались на Ту- 22Р на аэродроме Жуковский. Три лётных экипажа вылетели самостоятельно.
Переучивание лётного состава полка, вооружённого до этого самолётами Ил-28 началось 28 мая 1962 г. и завершилось в июне следующего года. Удалось выявить некоторые особенности самолёта: предполётная подготовка занимала 3-3,5 ч, предварительная до 7 ч. Безопасность полёта существенно зависела от центровки самолёта перед полётом и её следовало очень тщательно рассчитывать и контролировать, самолёт, кроме топлива, масла, жидкости АМГ-10, воздуха и др. заправлялся водой (в зимнее время с добавлением 40 % спирта) в количестве 240 л.
Лётный состав на Ту-22Р испытывал много неудобств: рабочие места следовало занимать за час до выруливания (перед первым вылетом), так как прогрев двигателей занимал порядка 30 мин (впоследствии сократился до 15, а затем до 5 мин), значительное время затрачивалось на проверку всего управления которая проводилась совместно с техником, все посадки выполнялись с тормозным парашютом и т.п.
Трудно приходилось и техническому составу: работающие двигатели издавали шум в широком диапазоне частот, что требовало при регулировании их параметров применения специальных средств защиты органов слуха и брюшной полости (для предохранения от расстройств желудка), установка на самолёт контейнера с тормозным парашютом занимала много времени. Весьма затруднительным было и техническое обслуживание самолёта, двигателей, систем. Качество самолёта оказалось таким, что его доработки производились в течение всего времени эксплуатации вплоть до списания в 1994 г. После балтийцев на Ту-22Р переучивался 30-й одрап авиации ЧФ.
Многолетний опыт эксплуатации самолётов Ту-22Р в авиации ВМФ сопровождался катастрофами, авариями и поломками. Был случай, когда по совершенно непонятным причинам самолёт взорвался в воздухе.
Можно по достоинству оценить мрачный юмор лётчиков, выполнявших полёты на этом самолёте в последние годы, когда они заявляли, что их как наиболее ценные и редкие экземпляры следует занести в "Красную книгу". Это недалеко от истины, заслуги личного состава в деле освоения так и недоделанного самолёта безусловно заслуживает уважения.
С поступлением на вооружение ракетного комплекса Ту-16К-1 6 в 1962 г. стало очевидным, что самолёт Ту-16Р не способен обеспечить для них целеуказание так как дальность обнаружения надводных целей с помощью его РЛС оказалась меньше дапьности пуска ракет КСР-2, достигавшей 180- 200 км. В связи с этим решили самолёт Ту-16Р модернизировать с целью повышения его возможностей. Проработки показали, что это не приведёт к существенным затратам.
Модернизированный в 1965 г. на ленинградском авиационном ремонтном заводе ВМФ самолёт Ту-16Р, получил обозначение Ту-16РМ-2. Испытания его проводились в 33 центре с привлечением лётных экипажей из 9 ГНИИ ВВС.
На доработанном самолёте РЛС РБП-4 (РБП-6) заменили на более совершенную Рн-1 К (как на Ту-16КСР-2) после чего дальность обнаружения крупных кораблей увеличилась со 120- 140 до 200-240 км, при этом бомбардировочное вооружение, носовую пушку и подвесную гермокабину демонтировали. Безусловно, дальность и продолжительность полёта разведывательного самолёта имеет немаловажное значение, а поскольку более экономичных двигателей промышленность так и не подготовила, то пошли по испытанному пути – увеличили заправку, установив дополнительно топливный бак на 7 000 л. Суммарная ёмкость топливной системы возросла до 51 000 л.
Ту- 16PM
Экипаж самолёта удалось сократить на одного человека. Обязанности по обслуживанию станции РТР в полёте возложили на штурмана-оператора.
Модернизированный самолёт Ту- 16РМ-2 с его оборудованием в большей степени существенно повышал возможности обеспечения в интересах частей, вооруженных комплексами Ту- 16КС, Ту-1 6К-1 6, Ту-1 6К-1 1-16. Но количество этих комплексов в морской авиации сокращалось так как на первое место выходил Ту-16К-10 с дальностью пуска ракет – 220 км, впоследствии увеличенной до 325 км причём с помощью станции ЕН крупные корабли обнаруживались на дальностях 400-450 км. И вновь возникла необходимость в более совершенном разведывательном самолёте для обеспечения ракетных комплексов Ту-16К-10СД.
Накопленный опыт свидетельствовал, что наведение и целеуказание упрощаются и достигается большее взаимопонимание если разведчик и ударные самолёты имеют РЛС с одинаковыми характеристиками. И пришли к единственно правильному в создавшихся условиях решению, требовавшему наименьших затрат, доработать самолёт-ракетоносец Ту-16К в разведывательный самолёт.