После прекращения активных работ по опытному самолету "98", его решили в июле 1958 года списать (Акт на списание должен был быть готов к 15.10.58 г) и сдать на металлолом.
Официальное начало работ по самолету "128" несколько продлило его жизнь, но уже в качестве летающей лаборатории для отработки системы вооружения нового перехватчика. Постановление СМ СССР № 608-293 на разработку комплекса Ту-28-80 вышло 4 июля 1958 года, а вслед за ним последовали Постановление № 1013-482 от 28.08.58 г и Приказ ГКАТ № 385 от 20.09.58 г, в которых определялись порядок работ по разработке и серийному производству нового комплекса перехвата и где ставилась задача по созданию летающей лаборатории на базе "98-ой" машины:
"…Создать на базе опытного Ту-98 экспериментальный самолет лабораторию для отработки в полете системы управления реактивным оружием, начав его летные испытания в первом полугодии 1959 г. Работы по Ту-98 прекратить.
Так закончился последний полет летающей лаборатории "98ЛЛ"
Летчик-испытатель М.В. Козлов
Тихомирову ОКБ-15 поставить ОКБ-156 для летающей лаборатории в 4-м квартале 1958 г один макет действующей аппаратуры наведения на базе Ураган – 5 Б и 1 экземпляр Ураган-5Б-80 ("Смерч") для установки на Ту-28 в 3-м квартале 1959 г и один экземпляр для проведения госиспытаний в 4-м квартале 1959 года.
ОКБ-4 Бисновата дать в 1-м квартале 1960 г ракеты К-80…"
Переделкой самолета "98" подлетающую лабораторию, получившей обозначение "98ЛЛ" (Ту-98ЛЛ, в официальных документах также фигурирует обозначение Ту-98А) занимался Воронежский филиал ОКБ на заводе N 64, под руководством А.И.Путилова (старейшего работника ОКБ, в прошлом руководителя работ по самолетам семейства "Сталь"). В 1959 году летающая лаборатория была готова. При переоборудовании с опытного самолета "98" были демонтированы носовая штурманская кабина, РЛС "Инициатива", РЛС "Аргон", все пушечное и бомбардировочное вооружение. Установлена новая носовая часть под размещение макетной аппаратуры РЛС "Смерч" (затем и реальной станции), под крылом установили два пилона с пусковыми установками под ракеты К-80. В том же 1959 году начались полеты на летающей лаборатории по программе отработки системы ракетного вооружения, полеты проводил летчик-испытатель М.В.Козлов, ведущий летчик-испытатель по самолету "128". Полеты на летающей лаборатории продолжались до осени 1960 года. В основном отрабатывались вопросы, связанные с размещением и работой ракет в составе комплекса, в частности в ноябре-декабре 1960 г предполагалось начать отработку ракет К-80 с тепловой ГСН. Последний полет самолет совершил 21 ноября 1960 года. В тот день после взлета (самолет пилотировал М.В. Козлов) не убрались основные стойки шасси, а вслед за этим на посадке, из-за поломки консольного болта крепления сережек средней части складывающегося подкоса, сложилась левая стойка шасси. При посадке самолет получил повреждения. Хотя машину можно было сравнительно быстро восстановить, делать этого не стали. Испытания по отработке элементов комплекса Ту-28-80 продолжили на летающей лаборатории, созданной на базе Ту-104.
Впервые информация о новом советском сверхзвуковом фронтовом бомбардировщике просочилась на Запад в 1956 году, видимо в ходе визита генерала Туайнинга летом 1956 года в СССР, хотя самолет "98" ему не представляли (показаны были Ту-91, Ил-54 и Ил-40). В 1957 году самолет летал над Тушинским аэродромом в сопровождении опытных истребителей Е-4 и Е-5, во время подготовки к традиционному воздушному параду, который в том году не состоялся. Самолет по классификации NATO получает обозначение "Backfin". Вскоре западные аналитические службы приписывают новый советский самолет ОКБ А.С.Яковлева и на страницах западных изданий появляется обозначение Як-42 (видимо, параллельно с информацией по туполевскому сверхзвуковику на Запад попали кусочки сведений по яковлевским работам). В мае 1959 года в западногерманском журнале "Fliger" появляется статья подзаголовком – Яковлев Як-42 "Backfin". Самым интересным в этой статье была приведенная схема самолета, очень сильно напоминавшая один из поздних вариантов проекта "98". Основной вопрос, который обсуждался в этой статье: для чего Советы сделали этот самолет – для тактических или стратегических задач? В статье писалось о серийном производстве самолета в мифических объемах – до 15 машин в месяц. В конце статьи приводились такие данные самолета:
двигатели 2 х АМ-3
тяга на форсажном режиме, кгс 2 х 10200 экипаж, чел 4
размах крыла, м 20,40
длина самолета, м 30,40
высота самолета, м 8,05
площадь крыла, м2 83,60
максимальная взлетная масса, кг 58000 масса пустого самолета, кг 25500
масса топлива, кг 27000
боевая нагрузка, кг 5000
посадочная масса, кг 32500-33000
максимальная сверхзвуковая скорость, км/ч на высоте 15200 м 1590
на высоте 10000 м 1420
крейсерская скорость, км/ч на высоте 13600 м 965
на высоте 18000 м 980
потолок, м 19500
дальность полета, км 3000-4000
длина разбега, м 1850
длина пробега, м 1650
вооружение: бортовые пушки,атомные и водородные бомбы
Как самолет ОКБ А.С.Яковлева "98-ая" фигурирует на Западе чуть ли не до второй половины 60-х годов. В этот период машина наконец-то идентифицируется на Западе, как Ту-98.