В конце 1999 г. проект истребителя вновь подвергся изменениям. В целях снижения массы планера на 1,8 т (который все же заметно "потяжелел" после пересмотра аэродинамической компоновки) было решено на варианте STOVL уменьшить размах крыла на 0,76 м и сместить само крыло вперед на 0,45 м. В то же время размеры других вариантов истребителя остались неизменными. Общими новшествами для всех трех модификаций самолета Боинг JSF стало на 5% увеличенное вертикальное оперение, на 5% уменьшенное горизонтальное оперение и прямая законцовка крыла, обеспечивающая некоторое улучшение маневренных характеристик и снижение радиолокационной заметности. На передней верхней поверхности фюзеляжа появилось два дополнительных воздухозаборника, обеспечивающих работу системы охлаждения кабины и отсеков БРЭО.
При создании истребителя Боинг JSF используются самые передовые технологии, освоенные фирмой в ходе реализации программ Боинг 777, В-2, F-22 и "Оспри". Доля КМ в массе планера должна на 50% превосходить долю КМ на истребителе Локхид-Мартин F-22A (где она составляет 21%).
Модификация самолета Боинг JSF с коротким взлетом и вертикальной посадкой оснащена единым подъемно-маршевым двигателем, имеющим на 20% увеличенный вентилятор. ТРДДФ развивает нефорсажную максимальную тягу более 13600 кгс. Он оснащен новым компрессором и модернизированной турбиной низкого давления, обеспечивающей увеличение тяги на нефорсажном режиме.
Основное сопло ТРДДФ выполнено плоским, с отклонением вектора тяги в вертикальной плоскости. При осуществлении короткого взлета и вертикальной посадки оно перекрывается специальным устройством, направляющим истекающие газы в два поворотных сопла, расположенных по бокам фюзеляжа в районе центра масс самолета.
При создании нового истребителя фирма Боинг весьма серьезное внимание уделяет его авионике. На моделирующем стенде ведется отработка принципиально нового информационно-управляющего поля кабины JSF. Приборная доска самолета оснащена четырьмя экранными индикаторами, на которые выводится вся информация, представляемая летчику в полете. Традиционные стрелочные приборы (даже резервные), а также ИЛС отсутствуют.
В центральной части приборной доски размещено два многофункциональных цветных экранных индикатора фирмы Харрис, выполненных на жидких кристаллах с активной матрицей и имеющих формат 8x10 дюймов. Два индикатора Харрис меньшего формата (3x4 дюйма), также выполненных на ЖК с активной матрицей, расположены в верхней части приборной доски. Там же размещен и многофункциональный пульт управления (UFC).
Данный комплект авионики не будет устанавливаться на летно-демонстрационных самолетах Боинг Х-32, которые оснащены более простым и дешевым оборудованием.
Дисплеи форматом 8x10 дюймов могут работать в мультиэкранном режиме. При отображении тактической информации на фоне цифровой карты местности могут проецироваться зоны досягаемости ЗРК противника, а также зоны поражения целей бортовым оружием истребителя (в частности, КАБ JDAM). Так, на экран одновременно (в различных "окнах") может подаваться информация от БРЛС, работающей в режиме синтезирования апертуры, а также от тепловизионной системы переднего обзора TFL1R.
Система кабинной индикации должна сочетаться с нашлемным прицелом- индикатором (HMD), на который возложены задачи, ранее решаемые индикатором на лобовом стекле, представляя летчику пилотажную и прицельную информацию, а также информацию от инфракрасной распределенной системы D1S (Distributed Infrared System) – комплекса датчиков, установленных в различных местах планера и обеспечивающих сферический обзор пространства вокруг самолета. При этом нашлемный индикатор должен обеспечивать возможность "сквозного" виртуального видения через элементы планера (крыло, фюзеляж или пол кабины летчика).
Летные испытания демонстрационных самолетов типа Х-32 и Х-35 начнутся в первой половине 2000 г. После подведения их итогов будет выбран прототип серийного истребителя, к полномасштабной разработке которого фирмы Боинг и Локхид Мартин совместно приступят в 2001 г. В 2005 г. планируется начало летных испытаний первого опытного самолета JSF, а в 2008 г. истребитель предполагается принять на вооружение. Его серийное производство будет также осуществляться обеими фирмами совместно (чтобы не "обидеть" ни одного из участников. Рассматривается возможность распределения ответственности за производство тех или иных узлов и агрегатов истребителя по методу жеребьевки). В начале 2010-х гг. возможны и первые экспортные поставки.
ВВС, ВМС и корпус морской пехоты США планируют закупить, в общей сложности, около 3000 самолетов типа JSF. При этом потребности ВВС оцениваются в 1763, ВМС – в 480, КМП – в 609 и ВМС Великобритании – в 60 самолетов.
Самолет JSF иногда называют легким истребителем. Однако это не так: максимальная взлетная масса этой машины – 28 т – соответствует массе таких самолетов, как Су-27, F-15 или F- 22. В то же время по стоимости – 34-40 млн. долл. в зависимости от модификации, новая машина действительно будет находиться на уровне таких массовых самолетов, как МиГ-29, F-16 или "Мираж" 2000.